RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475195.5

ATG4B-216, Transcript of autophagy related 4B cysteine peptidase, humanhuman

TSL 2

Gene ATG4B, Length 762 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4B-216ENST00000475195 NISCHQ9Y2I1 1504 aa40.21■■■■■ 4.03
ATG4B-216ENST00000475195 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa35.74■■■■□ 3.31
ATG4B-216ENST00000475195 ABCC9O60706 1549 aa34.99■■■■□ 3.19
ATG4B-216ENST00000475195 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa33.67■■■□□ 2.98
ATG4B-216ENST00000475195 NACADO15069 1562 aa33.65■■■□□ 2.98
ATG4B-216ENST00000475195 DCAF8L2P0C7V8 631 aa33.54■■■□□ 2.96
ATG4B-216ENST00000475195 MYO15BQ96JP2 1530 aa33.51■■■□□ 2.95
ATG4B-216ENST00000475195 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP33.46■■■□□ 2.95
ATG4B-216ENST00000475195 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa33.32■■■□□ 2.92
ATG4B-216ENST00000475195 UNC13AQ9UPW8 1703 aa32.89■■■□□ 2.86
ATG4B-216ENST00000475195 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP32.72■■■□□ 2.83
ATG4B-216ENST00000475195 BICRAQ9NZM4 1560 aa32.69■■■□□ 2.82
ATG4B-216ENST00000475195 SCRIBQ14160 1630 aa32.52■■■□□ 2.8
ATG4B-216ENST00000475195 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.35■■■□□ 2.77
ATG4B-216ENST00000475195 DNAJC5BQ9UF47 199 aa32.3■■■□□ 2.76
ATG4B-216ENST00000475195 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP31.8■■■□□ 2.68
ATG4B-216ENST00000475195 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa31.67■■■□□ 2.66
ATG4B-216ENST00000475195 CECR2Q9BXF3 1484 aa31.47■■■□□ 2.63
ATG4B-216ENST00000475195 SMARCA4P51532 1647 aa31.17■■■□□ 2.58
ATG4B-216ENST00000475195 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP31.14■■■□□ 2.58
ATG4B-216ENST00000475195 NCAPD3P42695 1498 aa31.1■■■□□ 2.57
ATG4B-216ENST00000475195 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa31.06■■■□□ 2.56
ATG4B-216ENST00000475195 SMARCA2P51531 1590 aa31■■■□□ 2.55
ATG4B-216ENST00000475195 MROH2BQ7Z745 1585 aa30.96■■■□□ 2.55
ATG4B-216ENST00000475195 PEG3Q9GZU2 1588 aa30.95■■■□□ 2.54
ATG4B-216ENST00000475195 HMGXB3Q12766 1538 aa30.88■■■□□ 2.53
ATG4B-216ENST00000475195 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP30.75■■■□□ 2.51
ATG4B-216ENST00000475195 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP30.62■■■□□ 2.49
ATG4B-216ENST00000475195 WIZO95785 1651 aa30.6■■■□□ 2.49
ATG4B-216ENST00000475195 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP30.28■■■□□ 2.44
ATG4B-216ENST00000475195 NESP48681 1621 aa30.28■■■□□ 2.44
ATG4B-216ENST00000475195 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.23■■■□□ 2.43
ATG4B-216ENST00000475195 CADPSQ9ULU8 1353 aa30.16■■■□□ 2.42
ATG4B-216ENST00000475195 ERCC6Q03468 1493 aa30.13■■■□□ 2.41
ATG4B-216ENST00000475195 PDS5BQ9NTI5 1447 aa30.04■■■□□ 2.4
ATG4B-216ENST00000475195 CFTRP13569 1480 aa29.98■■■□□ 2.39
ATG4B-216ENST00000475195 CCDC88BA6NC98 1476 aa29.97■■■□□ 2.39
ATG4B-216ENST00000475195 CUX2O14529 1486 aa29.92■■■□□ 2.38
ATG4B-216ENST00000475195 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa29.89■■■□□ 2.38
ATG4B-216ENST00000475195 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP29.83■■■□□ 2.37
ATG4B-216ENST00000475195 FANCD2Q9BXW9 1451 aa29.76■■■□□ 2.35
ATG4B-216ENST00000475195 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP29.72■■■□□ 2.35
ATG4B-216ENST00000475195 CEP164Q9UPV0 1460 aa29.7■■■□□ 2.35
ATG4B-216ENST00000475195 MRC2Q9UBG0 1479 aa29.69■■■□□ 2.34
ATG4B-216ENST00000475195 PRDM2Q13029 1718 aa29.65■■■□□ 2.34
ATG4B-216ENST00000475195 WDR62O43379 1518 aa29.61■■■□□ 2.33
ATG4B-216ENST00000475195 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
ATG4B-216ENST00000475195 ABCC8Q09428 1581 aa29.33■■■□□ 2.29
ATG4B-216ENST00000475195 TOPBP1Q92547 1522 aa29.29■■■□□ 2.28
ATG4B-216ENST00000475195 DNMBPQ6XZF7 1577 aa29.23■■■□□ 2.27
ATG4B-216ENST00000475195 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa29.15■■■□□ 2.26
ATG4B-216ENST00000475195 IFT140Q96RY7 1462 aa29.13■■■□□ 2.25
ATG4B-216ENST00000475195 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP29.04■■■□□ 2.24
ATG4B-216ENST00000475195 CUX1P39880 1505 aa29.03■■■□□ 2.24
ATG4B-216ENST00000475195 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP28.99■■■□□ 2.23
ATG4B-216ENST00000475195 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP28.99■■■□□ 2.23
ATG4B-216ENST00000475195 SOGA1O94964 1423 aa28.94■■■□□ 2.22
ATG4B-216ENST00000475195 FGD5Q6ZNL6 1462 aa28.93■■■□□ 2.22
ATG4B-216ENST00000475195 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa28.91■■■□□ 2.22
ATG4B-216ENST00000475195 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP28.83■■■□□ 2.21
ATG4B-216ENST00000475195 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP28.83■■■□□ 2.212e-11■■■□□ 18.5
ATG4B-216ENST00000475195 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP28.83■■■□□ 2.21
ATG4B-216ENST00000475195 TOP2BQ02880 1626 aa28.78■■■□□ 2.2
ATG4B-216ENST00000475195 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa28.78■■■□□ 2.2
ATG4B-216ENST00000475195 WDR97A6NE52 1622 aa28.76■■■□□ 2.2
ATG4B-216ENST00000475195 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP28.76■■■□□ 2.2
ATG4B-216ENST00000475195 SYNJ1O43426 1573 aa28.74■■■□□ 2.19
ATG4B-216ENST00000475195 OSCARQ8IYS5 282 aa28.71■■■□□ 2.19
ATG4B-216ENST00000475195 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa28.7■■■□□ 2.19
ATG4B-216ENST00000475195 GRIN2BQ13224 1484 aa28.59■■■□□ 2.17
ATG4B-216ENST00000475195 GAPVD1Q14C86 1478 aa28.58■■■□□ 2.17
ATG4B-216ENST00000475195 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.55■■■□□ 2.16
ATG4B-216ENST00000475195 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP28.53■■■□□ 2.16
ATG4B-216ENST00000475195 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa28.51■■■□□ 2.15
ATG4B-216ENST00000475195 CHD1O14646 1710 aa28.46■■■□□ 2.15
ATG4B-216ENST00000475195 PBRM1Q86U86 1689 aa28.46■■■□□ 2.15
ATG4B-216ENST00000475195 FBLN2P98095 1184 aa28.44■■■□□ 2.14
ATG4B-216ENST00000475195 SYNJ2O15056 1496 aa28.41■■■□□ 2.14
ATG4B-216ENST00000475195 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP28.41■■■□□ 2.14
ATG4B-216ENST00000475195 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.34■■■□□ 2.13
ATG4B-216ENST00000475195 FHAD1B1AJZ9 1412 aa28.27■■■□□ 2.12
ATG4B-216ENST00000475195 KIF27Q86VH2 1401 aa28.25■■■□□ 2.11
ATG4B-216ENST00000475195 ADAMTS12P58397 1594 aa28.24■■■□□ 2.11
ATG4B-216ENST00000475195 CLASP1Q7Z460 1538 aa28.22■■■□□ 2.11
ATG4B-216ENST00000475195 GRIN2AQ12879 1464 aa28.21■■■□□ 2.11
ATG4B-216ENST00000475195 IGF1RP08069 1367 aa28.21■■■□□ 2.11
ATG4B-216ENST00000475195 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa28.18■■■□□ 2.1
ATG4B-216ENST00000475195 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa28.18■■■□□ 2.1
ATG4B-216ENST00000475195 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa28.18■■■□□ 2.1
ATG4B-216ENST00000475195 ARHGEF11O15085 1522 aa28.18■■■□□ 2.1
ATG4B-216ENST00000475195 NUP160Q12769 1436 aa28.12■■■□□ 2.09
ATG4B-216ENST00000475195 TRIM41Q8WV44 630 aa28.11■■■□□ 2.09
ATG4B-216ENST00000475195 CEP170Q5SW79 1584 aa28.07■■■□□ 2.08
ATG4B-216ENST00000475195 CUL7Q14999 1698 aa28.03■■■□□ 2.08
ATG4B-216ENST00000475195 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa27.99■■■□□ 2.07
ATG4B-216ENST00000475195 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa27.97■■■□□ 2.07
ATG4B-216ENST00000475195 CYB5RLQ6IPT4 315 aa27.95■■■□□ 2.06
ATG4B-216ENST00000475195 ARAP1Q96P48 1450 aa27.94■■■□□ 2.06
ATG4B-216ENST00000475195 SHROOM2Q13796 1616 aa27.91■■■□□ 2.06
ATG4B-216ENST00000475195 JPH4Q96JJ6 628 aa27.87■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 1026.6 ms