RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474038.1

LIMS1-212, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene LIMS1, Length 679 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-212ENST00000474038 NISCHQ9Y2I1 1504 aa36.88■■■■□ 3.49
LIMS1-212ENST00000474038 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa32.93■■■□□ 2.86
LIMS1-212ENST00000474038 ABCC9O60706 1549 aa32.67■■■□□ 2.82
LIMS1-212ENST00000474038 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa31.19■■■□□ 2.58
LIMS1-212ENST00000474038 NACADO15069 1562 aa31.05■■■□□ 2.56
LIMS1-212ENST00000474038 DCAF8L2P0C7V8 631 aa31.02■■■□□ 2.56
LIMS1-212ENST00000474038 MYO15BQ96JP2 1530 aa30.71■■■□□ 2.51
LIMS1-212ENST00000474038 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP30.64■■■□□ 2.5
LIMS1-212ENST00000474038 UNC13AQ9UPW8 1703 aa30.53■■■□□ 2.48
LIMS1-212ENST00000474038 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP30.48■■■□□ 2.47
LIMS1-212ENST00000474038 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa30.45■■■□□ 2.47
LIMS1-212ENST00000474038 DNAJC5BQ9UF47 199 aa30.36■■■□□ 2.45
LIMS1-212ENST00000474038 BICRAQ9NZM4 1560 aa30.31■■■□□ 2.44
LIMS1-212ENST00000474038 SCRIBQ14160 1630 aa30.09■■■□□ 2.41
LIMS1-212ENST00000474038 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa29.86■■■□□ 2.37
LIMS1-212ENST00000474038 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP29.52■■■□□ 2.32
LIMS1-212ENST00000474038 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa29.52■■■□□ 2.32
LIMS1-212ENST00000474038 CECR2Q9BXF3 1484 aa29.37■■■□□ 2.29
LIMS1-212ENST00000474038 SMARCA4P51532 1647 aa28.71■■■□□ 2.19
LIMS1-212ENST00000474038 NCAPD3P42695 1498 aa28.66■■■□□ 2.18
LIMS1-212ENST00000474038 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa28.66■■■□□ 2.18
LIMS1-212ENST00000474038 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP28.59■■■□□ 2.17
LIMS1-212ENST00000474038 SMARCA2P51531 1590 aa28.57■■■□□ 2.16
LIMS1-212ENST00000474038 HMGXB3Q12766 1538 aa28.49■■■□□ 2.15
LIMS1-212ENST00000474038 MROH2BQ7Z745 1585 aa28.45■■■□□ 2.14
LIMS1-212ENST00000474038 PEG3Q9GZU2 1588 aa28.4■■■□□ 2.14
LIMS1-212ENST00000474038 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP28.39■■■□□ 2.13
LIMS1-212ENST00000474038 NESP48681 1621 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-212ENST00000474038 ERCC6Q03468 1493 aa28.16■■■□□ 2.1
LIMS1-212ENST00000474038 WIZO95785 1651 aa28.13■■■□□ 2.09
LIMS1-212ENST00000474038 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP28.01■■■□□ 2.07
LIMS1-212ENST00000474038 CUX2O14529 1486 aa27.97■■■□□ 2.07
LIMS1-212ENST00000474038 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa27.97■■■□□ 2.07
LIMS1-212ENST00000474038 CADPSQ9ULU8 1353 aa27.82■■■□□ 2.04
LIMS1-212ENST00000474038 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa27.81■■■□□ 2.04
LIMS1-212ENST00000474038 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP27.8■■■□□ 2.04
LIMS1-212ENST00000474038 PDS5BQ9NTI5 1447 aa27.79■■■□□ 2.04
LIMS1-212ENST00000474038 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP27.77■■■□□ 2.04
LIMS1-212ENST00000474038 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa27.58■■■□□ 2.01
LIMS1-212ENST00000474038 CFTRP13569 1480 aa27.57■■■□□ 2
LIMS1-212ENST00000474038 MRC2Q9UBG0 1479 aa27.56■■■□□ 2
LIMS1-212ENST00000474038 FANCD2Q9BXW9 1451 aa27.52■■■□□ 2
LIMS1-212ENST00000474038 CEP164Q9UPV0 1460 aa27.51■■■□□ 2
LIMS1-212ENST00000474038 WDR62O43379 1518 aa27.48■■□□□ 1.99
LIMS1-212ENST00000474038 CCDC88BA6NC98 1476 aa27.46■■□□□ 1.99
LIMS1-212ENST00000474038 PRDM2Q13029 1718 aa27.33■■□□□ 1.97
LIMS1-212ENST00000474038 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP27.3■■□□□ 1.96
LIMS1-212ENST00000474038 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP27.29■■□□□ 1.96
LIMS1-212ENST00000474038 TOPBP1Q92547 1522 aa27.04■■□□□ 1.92
LIMS1-212ENST00000474038 DNMBPQ6XZF7 1577 aa26.97■■□□□ 1.91
LIMS1-212ENST00000474038 ABCC8Q09428 1581 aa26.95■■□□□ 1.9
LIMS1-212ENST00000474038 IFT140Q96RY7 1462 aa26.94■■□□□ 1.9
LIMS1-212ENST00000474038 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP26.91■■□□□ 1.9
LIMS1-212ENST00000474038 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP26.79■■□□□ 1.88
LIMS1-212ENST00000474038 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP26.77■■□□□ 1.88
LIMS1-212ENST00000474038 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP26.76■■□□□ 1.87
LIMS1-212ENST00000474038 OSCARQ8IYS5 282 aa26.75■■□□□ 1.87
LIMS1-212ENST00000474038 CUX1P39880 1505 aa26.71■■□□□ 1.87
LIMS1-212ENST00000474038 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa26.7■■□□□ 1.87
LIMS1-212ENST00000474038 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP26.69■■□□□ 1.86
LIMS1-212ENST00000474038 FGD5Q6ZNL6 1462 aa26.68■■□□□ 1.86
LIMS1-212ENST00000474038 SOGA1O94964 1423 aa26.66■■□□□ 1.86
LIMS1-212ENST00000474038 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP26.58■■□□□ 1.84
LIMS1-212ENST00000474038 TRIM41Q8WV44 630 aa26.57■■□□□ 1.84
LIMS1-212ENST00000474038 CHD1O14646 1710 aa26.51■■□□□ 1.83
LIMS1-212ENST00000474038 WDR97A6NE52 1622 aa26.48■■□□□ 1.83
LIMS1-212ENST00000474038 FBLN2P98095 1184 aa26.45■■□□□ 1.82
LIMS1-212ENST00000474038 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa26.44■■□□□ 1.82
LIMS1-212ENST00000474038 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa26.4■■□□□ 1.82
LIMS1-212ENST00000474038 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa26.4■■□□□ 1.82
LIMS1-212ENST00000474038 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa26.4■■□□□ 1.82
LIMS1-212ENST00000474038 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP26.39■■□□□ 1.82
LIMS1-212ENST00000474038 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa26.39■■□□□ 1.82
LIMS1-212ENST00000474038 GRIN2BQ13224 1484 aa26.38■■□□□ 1.81
LIMS1-212ENST00000474038 SYNJ1O43426 1573 aa26.37■■□□□ 1.81
LIMS1-212ENST00000474038 TOP2BQ02880 1626 aa26.37■■□□□ 1.81
LIMS1-212ENST00000474038 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa26.37■■□□□ 1.81
LIMS1-212ENST00000474038 ARHGEF11O15085 1522 aa26.35■■□□□ 1.81
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LIMS1-212ENST00000474038 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP26.35■■□□□ 1.81
LIMS1-212ENST00000474038 PBRM1Q86U86 1689 aa26.33■■□□□ 1.81
LIMS1-212ENST00000474038 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa26.32■■□□□ 1.8
LIMS1-212ENST00000474038 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP26.29■■□□□ 1.8
LIMS1-212ENST00000474038 SYNJ2O15056 1496 aa26.26■■□□□ 1.79
LIMS1-212ENST00000474038 CLASP1Q7Z460 1538 aa26.2■■□□□ 1.79
LIMS1-212ENST00000474038 CYB5RLQ6IPT4 315 aa26.14■■□□□ 1.78
LIMS1-212ENST00000474038 ARAP1Q96P48 1450 aa26.13■■□□□ 1.77
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LIMS1-212ENST00000474038 ERICH3Q5RHP9 1530 aa26.04■■□□□ 1.76
LIMS1-212ENST00000474038 FHAD1B1AJZ9 1412 aa26.01■■□□□ 1.75
LIMS1-212ENST00000474038 CEP170Q5SW79 1584 aa25.97■■□□□ 1.75
LIMS1-212ENST00000474038 NUP160Q12769 1436 aa25.96■■□□□ 1.75
LIMS1-212ENST00000474038 ERCC6L2Q5T890 1561 aa25.86■■□□□ 1.73
LIMS1-212ENST00000474038 KIF27Q86VH2 1401 aa25.83■■□□□ 1.73
LIMS1-212ENST00000474038 SHROOM2Q13796 1616 aa25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-212ENST00000474038 IGF1RP08069 1367 aa25.79■■□□□ 1.72
LIMS1-212ENST00000474038 TRHP20396 242 aaPredicted RBP25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-212ENST00000474038 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa25.73■■□□□ 1.71
LIMS1-212ENST00000474038 CUL7Q14999 1698 aa25.72■■□□□ 1.71
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