RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471978.5

C9orf3-213, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 2

Gene C9orf3, Length 478 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-213ENST00000471978 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.02■■■■■ 6.56
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C9orf3-213ENST00000471978 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.62■■■■■ 5.21
C9orf3-213ENST00000471978 NACADO15069 1562 aa47.35■■■■■ 5.17
C9orf3-213ENST00000471978 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.25■■■■■ 5.15
C9orf3-213ENST00000471978 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.78■■■■■ 5.08
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C9orf3-213ENST00000471978 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.49■■■■■ 5.03
C9orf3-213ENST00000471978 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa46.28■■■■■ 5
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C9orf3-213ENST00000471978 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.61■■■■■ 4.89
C9orf3-213ENST00000471978 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.08■■■■■ 4.81
C9orf3-213ENST00000471978 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.06■■■■■ 4.8
C9orf3-213ENST00000471978 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.93■■■■■ 4.78
C9orf3-213ENST00000471978 NCAPD3P42695 1498 aa43.72■■■■■ 4.59
C9orf3-213ENST00000471978 SMARCA4P51532 1647 aa43.64■■■■■ 4.58
C9orf3-213ENST00000471978 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.64■■■■■ 4.58
C9orf3-213ENST00000471978 SMARCA2P51531 1590 aa43.52■■■■■ 4.56
C9orf3-213ENST00000471978 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.47■■■■■ 4.55
C9orf3-213ENST00000471978 HMGXB3Q12766 1538 aa43.41■■■■■ 4.54
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C9orf3-213ENST00000471978 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.2■■■■■ 4.51
C9orf3-213ENST00000471978 MROH2BQ7Z745 1585 aa43.18■■■■■ 4.5
C9orf3-213ENST00000471978 ERCC6Q03468 1493 aa43.09■■■■■ 4.49
C9orf3-213ENST00000471978 NESP48681 1621 aa42.95■■■■■ 4.47
C9orf3-213ENST00000471978 CUX2O14529 1486 aa42.89■■■■■ 4.46
C9orf3-213ENST00000471978 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.68■■■■■ 4.42
C9orf3-213ENST00000471978 WIZO95785 1651 aa42.67■■■■■ 4.42
C9orf3-213ENST00000471978 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.57■■■■■ 4.41
C9orf3-213ENST00000471978 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.46■■■■■ 4.39
C9orf3-213ENST00000471978 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.43■■■■■ 4.38
C9orf3-213ENST00000471978 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.42■■■■■ 4.38
C9orf3-213ENST00000471978 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.39■■■■■ 4.38
C9orf3-213ENST00000471978 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.38■■■■■ 4.37
C9orf3-213ENST00000471978 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP42.15■■■■■ 4.34
C9orf3-213ENST00000471978 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.05■■■■■ 4.32
C9orf3-213ENST00000471978 CFTRP13569 1480 aa41.98■■■■■ 4.31
C9orf3-213ENST00000471978 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.95■■■■■ 4.31
C9orf3-213ENST00000471978 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.93■■■■■ 4.3
C9orf3-213ENST00000471978 WDR62O43379 1518 aa41.93■■■■■ 4.3
C9orf3-213ENST00000471978 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.7■■■■■ 4.27
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C9orf3-213ENST00000471978 PRDM2Q13029 1718 aa41.54■■■■■ 4.24
C9orf3-213ENST00000471978 TOPBP1Q92547 1522 aa41.16■■■■■ 4.18
C9orf3-213ENST00000471978 IFT140Q96RY7 1462 aa41.1■■■■■ 4.17
C9orf3-213ENST00000471978 ABCC8Q09428 1581 aa41.1■■■■■ 4.17
C9orf3-213ENST00000471978 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.03■■■■■ 4.16
C9orf3-213ENST00000471978 OSCARQ8IYS5 282 aa41.02■■■■■ 4.16
C9orf3-213ENST00000471978 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.01■■■■■ 4.16
C9orf3-213ENST00000471978 TRIM41Q8WV44 630 aa40.85■■■■■ 4.13
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C9orf3-213ENST00000471978 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.77■■■■■ 4.12
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C9orf3-213ENST00000471978 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.69■■■■■ 4.16e-7■■■□□ 16.6
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C9orf3-213ENST00000471978 SOGA1O94964 1423 aa40.6■■■■■ 4.09
C9orf3-213ENST00000471978 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.55■■■■■ 4.08
C9orf3-213ENST00000471978 CUX1P39880 1505 aa40.55■■■■■ 4.08
C9orf3-213ENST00000471978 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.48■■■■■ 4.07
C9orf3-213ENST00000471978 CHD1O14646 1710 aa40.41■■■■■ 4.06
C9orf3-213ENST00000471978 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.41■■■■■ 4.06
C9orf3-213ENST00000471978 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.41■■■■■ 4.06
C9orf3-213ENST00000471978 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.41■■■■■ 4.06
C9orf3-213ENST00000471978 FBLN2P98095 1184 aa40.4■■■■■ 4.06
C9orf3-213ENST00000471978 WDR97A6NE52 1622 aa40.36■■■■■ 4.05
C9orf3-213ENST00000471978 ARHGEF11O15085 1522 aa40.32■■■■■ 4.05
C9orf3-213ENST00000471978 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.27■■■■■ 4.04
C9orf3-213ENST00000471978 GRIN2BQ13224 1484 aa40.2■■■■■ 4.03
C9orf3-213ENST00000471978 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.17■■■■■ 4.02
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C9orf3-213ENST00000471978 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.11■■■■■ 4.01
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C9orf3-213ENST00000471978 PBRM1Q86U86 1689 aa40.04■■■■■ 4
C9orf3-213ENST00000471978 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.01■■■■■ 4
C9orf3-213ENST00000471978 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40■■■■□ 3.99
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C9orf3-213ENST00000471978 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.96■■■■□ 3.99
C9orf3-213ENST00000471978 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.96■■■■□ 3.99
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C9orf3-213ENST00000471978 NUP160Q12769 1436 aa39.53■■■■□ 3.92
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C9orf3-213ENST00000471978 CEP170Q5SW79 1584 aa39.51■■■■□ 3.92
C9orf3-213ENST00000471978 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.38■■■■□ 3.89
C9orf3-213ENST00000471978 SHROOM2Q13796 1616 aa39.31■■■■□ 3.88
C9orf3-213ENST00000471978 KIF27Q86VH2 1401 aa39.23■■■■□ 3.87
C9orf3-213ENST00000471978 IGF1RP08069 1367 aa39.19■■■■□ 3.86
C9orf3-213ENST00000471978 JPH4Q96JJ6 628 aa39.16■■■■□ 3.86
C9orf3-213ENST00000471978 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP39.15■■■■□ 3.86
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