RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-211ENST00000467464 NISCHQ9Y2I1 1504 aa29.97■■■□□ 2.39
PTPRF-211ENST00000467464 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.76■■□□□ 1.87
PTPRF-211ENST00000467464 ABCC9O60706 1549 aa26.59■■□□□ 1.85
PTPRF-211ENST00000467464 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.37■■□□□ 1.65
PTPRF-211ENST00000467464 NACADO15069 1562 aa25.27■■□□□ 1.64
PTPRF-211ENST00000467464 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-211ENST00000467464 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-211ENST00000467464 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP24.92■■□□□ 1.58
PTPRF-211ENST00000467464 DNAJC5BQ9UF47 199 aa24.83■■□□□ 1.57
PTPRF-211ENST00000467464 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24.8■■□□□ 1.56
PTPRF-211ENST00000467464 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.76■■□□□ 1.55
PTPRF-211ENST00000467464 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.75■■□□□ 1.55
PTPRF-211ENST00000467464 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.71■■□□□ 1.55
PTPRF-211ENST00000467464 SCRIBQ14160 1630 aa24.4■■□□□ 1.5
PTPRF-211ENST00000467464 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.38■■□□□ 1.49
PTPRF-211ENST00000467464 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.04■■□□□ 1.44
PTPRF-211ENST00000467464 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.02■■□□□ 1.44
PTPRF-211ENST00000467464 CECR2Q9BXF3 1484 aa23.94■■□□□ 1.42
PTPRF-211ENST00000467464 NCAPD3P42695 1498 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-211ENST00000467464 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.33■■□□□ 1.33
PTPRF-211ENST00000467464 SMARCA4P51532 1647 aa23.32■■□□□ 1.32
PTPRF-211ENST00000467464 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.23■■□□□ 1.31
PTPRF-211ENST00000467464 SMARCA2P51531 1590 aa23.22■■□□□ 1.31
PTPRF-211ENST00000467464 HMGXB3Q12766 1538 aa23.21■■□□□ 1.31
PTPRF-211ENST00000467464 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.14■■□□□ 1.29
PTPRF-211ENST00000467464 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.11■■□□□ 1.29
PTPRF-211ENST00000467464 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.06■■□□□ 1.28
PTPRF-211ENST00000467464 NESP48681 1621 aa22.92■■□□□ 1.26
PTPRF-211ENST00000467464 ERCC6Q03468 1493 aa22.89■■□□□ 1.25
PTPRF-211ENST00000467464 CUX2O14529 1486 aa22.85■■□□□ 1.25
PTPRF-211ENST00000467464 WIZO95785 1651 aa22.78■■□□□ 1.24
PTPRF-211ENST00000467464 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.76■■□□□ 1.23
PTPRF-211ENST00000467464 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP22.71■■□□□ 1.23
PTPRF-211ENST00000467464 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.66■■□□□ 1.22
PTPRF-211ENST00000467464 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.63■■□□□ 1.21
PTPRF-211ENST00000467464 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.61■■□□□ 1.21
PTPRF-211ENST00000467464 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa22.59■■□□□ 1.21
PTPRF-211ENST00000467464 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.57■■□□□ 1.2
PTPRF-211ENST00000467464 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP22.56■■□□□ 1.2
PTPRF-211ENST00000467464 CFTRP13569 1480 aa22.45■■□□□ 1.18
PTPRF-211ENST00000467464 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.43■■□□□ 1.18
PTPRF-211ENST00000467464 WDR62O43379 1518 aa22.39■■□□□ 1.17
PTPRF-211ENST00000467464 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.38■■□□□ 1.17
PTPRF-211ENST00000467464 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.36■■□□□ 1.17
PTPRF-211ENST00000467464 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.3■■□□□ 1.16
PTPRF-211ENST00000467464 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-211ENST00000467464 PRDM2Q13029 1718 aa22.11■■□□□ 1.13
PTPRF-211ENST00000467464 TOPBP1Q92547 1522 aa21.99■■□□□ 1.11
PTPRF-211ENST00000467464 IFT140Q96RY7 1462 aa21.92■■□□□ 1.1
PTPRF-211ENST00000467464 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.91■■□□□ 1.1
PTPRF-211ENST00000467464 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.9■■□□□ 1.1
PTPRF-211ENST00000467464 ABCC8Q09428 1581 aa21.9■■□□□ 1.1
PTPRF-211ENST00000467464 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.79■■□□□ 1.08
PTPRF-211ENST00000467464 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.78■■□□□ 1.08
PTPRF-211ENST00000467464 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.77■■□□□ 1.08
PTPRF-211ENST00000467464 OSCARQ8IYS5 282 aa21.76■■□□□ 1.07
PTPRF-211ENST00000467464 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP21.72■■□□□ 1.07
PTPRF-211ENST00000467464 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.71■■□□□ 1.07
PTPRF-211ENST00000467464 CUX1P39880 1505 aa21.7■■□□□ 1.06
PTPRF-211ENST00000467464 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.69■■□□□ 1.06
PTPRF-211ENST00000467464 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.66■■□□□ 1.06
PTPRF-211ENST00000467464 SOGA1O94964 1423 aa21.64■■□□□ 1.06
PTPRF-211ENST00000467464 TRIM41Q8WV44 630 aa21.6■■□□□ 1.05
PTPRF-211ENST00000467464 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.6■■□□□ 1.05
PTPRF-211ENST00000467464 WDR97A6NE52 1622 aa21.55■■□□□ 1.04
PTPRF-211ENST00000467464 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.51■■□□□ 1.03
PTPRF-211ENST00000467464 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.51■■□□□ 1.03
PTPRF-211ENST00000467464 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.51■■□□□ 1.03
PTPRF-211ENST00000467464 CHD1O14646 1710 aa21.49■■□□□ 1.03
PTPRF-211ENST00000467464 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.49■■□□□ 1.03
PTPRF-211ENST00000467464 ARHGEF11O15085 1522 aa21.49■■□□□ 1.03
PTPRF-211ENST00000467464 GRIN2BQ13224 1484 aa21.45■■□□□ 1.03
PTPRF-211ENST00000467464 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa21.45■■□□□ 1.02
PTPRF-211ENST00000467464 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.44■■□□□ 1.02
PTPRF-211ENST00000467464 FBLN2P98095 1184 aa21.41■■□□□ 1.02
PTPRF-211ENST00000467464 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa21.4■■□□□ 1.02
PTPRF-211ENST00000467464 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.39■■□□□ 1.01
PTPRF-211ENST00000467464 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP21.38■■□□□ 1.01
PTPRF-211ENST00000467464 TOP2BQ02880 1626 aa21.37■■□□□ 1.01
PTPRF-211ENST00000467464 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa21.37■■□□□ 1.01
PTPRF-211ENST00000467464 SYNJ1O43426 1573 aa21.37■■□□□ 1.01
PTPRF-211ENST00000467464 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.36■■□□□ 1.01
PTPRF-211ENST00000467464 SYNJ2O15056 1496 aa21.36■■□□□ 1.01
PTPRF-211ENST00000467464 PBRM1Q86U86 1689 aa21.32■■□□□ 1
PTPRF-211ENST00000467464 ARAP1Q96P48 1450 aa21.32■■□□□ 1
PTPRF-211ENST00000467464 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.31■■□□□ 1
PTPRF-211ENST00000467464 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.24■□□□□ 0.99
PTPRF-211ENST00000467464 ADAMTS12P58397 1594 aa21.21■□□□□ 0.99
PTPRF-211ENST00000467464 GRIN2AQ12879 1464 aa21.19■□□□□ 0.98
PTPRF-211ENST00000467464 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.16■□□□□ 0.98
PTPRF-211ENST00000467464 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.14■□□□□ 0.98
PTPRF-211ENST00000467464 NUP160Q12769 1436 aa21.14■□□□□ 0.98
PTPRF-211ENST00000467464 CEP170Q5SW79 1584 aa21.11■□□□□ 0.97
PTPRF-211ENST00000467464 ERCC6L2Q5T890 1561 aa21.04■□□□□ 0.96
PTPRF-211ENST00000467464 SHROOM2Q13796 1616 aa21■□□□□ 0.95
PTPRF-211ENST00000467464 IGF1RP08069 1367 aa20.96■□□□□ 0.95
PTPRF-211ENST00000467464 KIF27Q86VH2 1401 aa20.93■□□□□ 0.94
PTPRF-211ENST00000467464 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa20.92■□□□□ 0.94
PTPRF-211ENST00000467464 TRHP20396 242 aaPredicted RBP20.88■□□□□ 0.93
PTPRF-211ENST00000467464 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.87■□□□□ 0.93
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