RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		56.92	■■■■■ 6.7
USP4-208	ENST00000464168	ABCC9	O60706	1549 aa		51.25	■■■■■ 5.79
USP4-208	ENST00000464168	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		51.02	■■■■■ 5.76
USP4-208	ENST00000464168	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		48.67	■■■■■ 5.38
USP4-208	ENST00000464168	NACAD	O15069	1562 aa		48.33	■■■■■ 5.33
USP4-208	ENST00000464168	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		48.3	■■■■■ 5.32
USP4-208	ENST00000464168	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		48.16	■■■■■ 5.3
USP4-208	ENST00000464168	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	47.76	■■■■■ 5.24
USP4-208	ENST00000464168	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.65	■■■■■ 5.22
USP4-208	ENST00000464168	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		47.5	■■■■■ 5.2
USP4-208	ENST00000464168	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		47.31	■■■■■ 5.16
USP4-208	ENST00000464168	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	47.13	■■■■■ 5.13
USP4-208	ENST00000464168	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		47	■■■■■ 5.11
USP4-208	ENST00000464168	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46.62	■■■■■ 5.05
USP4-208	ENST00000464168	SCRIB	Q14160	1630 aa		46.53	■■■■■ 5.04
USP4-208	ENST00000464168	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		46.25	■■■■■ 4.99
USP4-208	ENST00000464168	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		46.19	■■■■■ 4.98
USP4-208	ENST00000464168	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	46.13	■■■■■ 4.97
USP4-208	ENST00000464168	NCAPD3	P42695	1498 aa		44.69	■■■■■ 4.74
USP4-208	ENST00000464168	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		44.53	■■■■■ 4.72
USP4-208	ENST00000464168	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		44.41	■■■■■ 4.7
USP4-208	ENST00000464168	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.38	■■■■■ 4.69
USP4-208	ENST00000464168	SMARCA2	P51531	1590 aa		44.34	■■■■■ 4.69
USP4-208	ENST00000464168	HMGXB3	Q12766	1538 aa		44.27	■■■■■ 4.68
USP4-208	ENST00000464168	ERCC6	Q03468	1493 aa		44.23	■■■■■ 4.67
USP4-208	ENST00000464168	CUX2	O14529	1486 aa		44.2	■■■■■ 4.67
USP4-208	ENST00000464168	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	44.15	■■■■■ 4.66
USP4-208	ENST00000464168	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	44.04	■■■■■ 4.64
USP4-208	ENST00000464168	NES	P48681	1621 aa		44.01	■■■■■ 4.64
USP4-208	ENST00000464168	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.97	■■■■■ 4.63
USP4-208	ENST00000464168	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.87	■■■■■ 4.61
USP4-208	ENST00000464168	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		43.62	■■■■■ 4.57
USP4-208	ENST00000464168	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	43.5	■■■■■ 4.55
USP4-208	ENST00000464168	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		43.43	■■■■■ 4.54
USP4-208	ENST00000464168	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		43.33	■■■■■ 4.53
USP4-208	ENST00000464168	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		43.33	■■■■■ 4.53
USP4-208	ENST00000464168	WIZ	O95785	1651 aa		43.28	■■■■■ 4.52
USP4-208	ENST00000464168	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		43.03	■■■■■ 4.48
USP4-208	ENST00000464168	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	42.95	■■■■■ 4.47
USP4-208	ENST00000464168	WDR62	O43379	1518 aa		42.92	■■■■■ 4.46
USP4-208	ENST00000464168	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		42.83	■■■■■ 4.45
USP4-208	ENST00000464168	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		42.81	■■■■■ 4.44
USP4-208	ENST00000464168	CFTR	P13569	1480 aa		42.79	■■■■■ 4.44
USP4-208	ENST00000464168	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.73	■■■■■ 4.43
USP4-208	ENST00000464168	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	42.46	■■■■■ 4.39
USP4-208	ENST00000464168	TRIM41	Q8WV44	630 aa		42.38	■■■■■ 4.37
USP4-208	ENST00000464168	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.32	■■■■■ 4.37
USP4-208	ENST00000464168	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		42.24	■■■■■ 4.35
USP4-208	ENST00000464168	PRDM2	Q13029	1718 aa		42.17	■■■■■ 4.34
USP4-208	ENST00000464168	IFT140	Q96RY7	1462 aa		42	■■■■■ 4.31
USP4-208	ENST00000464168	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.98	■■■■■ 4.31
USP4-208	ENST00000464168	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.97	■■■■■ 4.31
USP4-208	ENST00000464168	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.86	■■■■■ 4.29
USP4-208	ENST00000464168	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.77	■■■■■ 4.28
USP4-208	ENST00000464168	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	41.65	■■■■■ 4.26
USP4-208	ENST00000464168	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		41.6	■■■■■ 4.25
USP4-208	ENST00000464168	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		41.6	■■■■■ 4.25
USP4-208	ENST00000464168	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		41.6	■■■■■ 4.25
USP4-208	ENST00000464168	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	41.6	■■■■■ 4.25	2e-6	■■■■□ 23.9
USP4-208	ENST00000464168	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	41.58	■■■■■ 4.25
USP4-208	ENST00000464168	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	41.54	■■■■■ 4.24
USP4-208	ENST00000464168	ARHGEF11	O15085	1522 aa		41.49	■■■■■ 4.23
USP4-208	ENST00000464168	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		41.41	■■■■■ 4.22
USP4-208	ENST00000464168	SOGA1	O94964	1423 aa		41.38	■■■■■ 4.22
USP4-208	ENST00000464168	FBLN2	P98095	1184 aa		41.35	■■■■■ 4.21
USP4-208	ENST00000464168	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	41.34	■■■■■ 4.21
USP4-208	ENST00000464168	CHD1	O14646	1710 aa		41.32	■■■■■ 4.21
USP4-208	ENST00000464168	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		41.27	■■■■■ 4.2
USP4-208	ENST00000464168	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		41.25	■■■■■ 4.19
USP4-208	ENST00000464168	CUX1	P39880	1505 aa		41.21	■■■■■ 4.19
USP4-208	ENST00000464168	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		41.12	■■■■■ 4.17
USP4-208	ENST00000464168	WDR97	A6NE52	1622 aa		41.11	■■■■■ 4.17
USP4-208	ENST00000464168	ARAP1	Q96P48	1450 aa		41.09	■■■■■ 4.17
USP4-208	ENST00000464168	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	41.03	■■■■■ 4.16
USP4-208	ENST00000464168	GRIN2B	Q13224	1484 aa		41.01	■■■■■ 4.16
USP4-208	ENST00000464168	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	41	■■■■■ 4.15
USP4-208	ENST00000464168	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	40.98	■■■■■ 4.15
USP4-208	ENST00000464168	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		40.93	■■■■■ 4.14
USP4-208	ENST00000464168	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.88	■■■■■ 4.13
USP4-208	ENST00000464168	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.86	■■■■■ 4.13
USP4-208	ENST00000464168	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.85	■■■■■ 4.13
USP4-208	ENST00000464168	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	40.82	■■■■■ 4.13
USP4-208	ENST00000464168	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.79	■■■■■ 4.12
USP4-208	ENST00000464168	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.72	■■■■■ 4.11
USP4-208	ENST00000464168	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.69	■■■■■ 4.1
USP4-208	ENST00000464168	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	40.62	■■■■■ 4.09
USP4-208	ENST00000464168	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.48	■■■■■ 4.07
USP4-208	ENST00000464168	GRIN2A	Q12879	1464 aa		40.47	■■■■■ 4.07
USP4-208	ENST00000464168	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.45	■■■■■ 4.07
USP4-208	ENST00000464168	ADAMTS12	P58397	1594 aa		40.39	■■■■■ 4.06
USP4-208	ENST00000464168	NUP160	Q12769	1436 aa		40.36	■■■■■ 4.05
USP4-208	ENST00000464168	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		40.33	■■■■■ 4.05
USP4-208	ENST00000464168	CEP170	Q5SW79	1584 aa		40.31	■■■■■ 4.04
USP4-208	ENST00000464168	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		40.31	■■■■■ 4.04
USP4-208	ENST00000464168	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.26	■■■■■ 4.03
USP4-208	ENST00000464168	SHROOM2	Q13796	1616 aa		40.13	■■■■■ 4.02
USP4-208	ENST00000464168	JPH4	Q96JJ6	628 aa		40.01	■■■■■ 4
USP4-208	ENST00000464168	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	39.99	■■■■□ 3.99
USP4-208	ENST00000464168	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		39.81	■■■■□ 3.96
USP4-208	ENST00000464168	IGF1R	P08069	1367 aa		39.81	■■■■□ 3.96

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