RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, humanhuman

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4-208ENST00000460289 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.23■■■■■ 6.59
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PTPN4-208ENST00000460289 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.38■■■■■ 5.18
PTPN4-208ENST00000460289 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.27■■■■■ 5.16
PTPN4-208ENST00000460289 NACADO15069 1562 aa47.25■■■■■ 5.15
PTPN4-208ENST00000460289 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.87■■■■■ 5.09
PTPN4-208ENST00000460289 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.74■■■■■ 5.07
PTPN4-208ENST00000460289 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa46.52■■■■■ 5.04
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PTPN4-208ENST00000460289 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.17■■■■■ 4.98
PTPN4-208ENST00000460289 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.89■■■■■ 4.94
PTPN4-208ENST00000460289 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.69■■■■■ 4.9
PTPN4-208ENST00000460289 SCRIBQ14160 1630 aa45.67■■■■■ 4.9
PTPN4-208ENST00000460289 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.46■■■■■ 4.87
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PTPN4-208ENST00000460289 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.64■■■■■ 4.74
PTPN4-208ENST00000460289 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.46■■■■■ 4.71
PTPN4-208ENST00000460289 SMARCA4P51532 1647 aa43.66■■■■■ 4.58
PTPN4-208ENST00000460289 NCAPD3P42695 1498 aa43.64■■■■■ 4.58
PTPN4-208ENST00000460289 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.62■■■■■ 4.57
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PTPN4-208ENST00000460289 SMARCA2P51531 1590 aa43.5■■■■■ 4.55
PTPN4-208ENST00000460289 HMGXB3Q12766 1538 aa43.32■■■■■ 4.53
PTPN4-208ENST00000460289 MROH2BQ7Z745 1585 aa43.3■■■■■ 4.52
PTPN4-208ENST00000460289 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.27■■■■■ 4.52
PTPN4-208ENST00000460289 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.2■■■■■ 4.51
PTPN4-208ENST00000460289 WIZO95785 1651 aa42.79■■■■■ 4.44
PTPN4-208ENST00000460289 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.73■■■■■ 4.43
PTPN4-208ENST00000460289 ERCC6Q03468 1493 aa42.64■■■■■ 4.42
PTPN4-208ENST00000460289 NESP48681 1621 aa42.62■■■■■ 4.41
PTPN4-208ENST00000460289 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.49■■■■■ 4.39
PTPN4-208ENST00000460289 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.37■■■■■ 4.37
PTPN4-208ENST00000460289 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP42.35■■■■■ 4.37
PTPN4-208ENST00000460289 CUX2O14529 1486 aa42.31■■■■■ 4.36
PTPN4-208ENST00000460289 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.29■■■■■ 4.36
PTPN4-208ENST00000460289 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.05■■■■■ 4.32
PTPN4-208ENST00000460289 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.01■■■■■ 4.32
PTPN4-208ENST00000460289 CFTRP13569 1480 aa42■■■■■ 4.31
PTPN4-208ENST00000460289 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.89■■■■■ 4.3
PTPN4-208ENST00000460289 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.83■■■■■ 4.29
PTPN4-208ENST00000460289 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.82■■■■■ 4.29
PTPN4-208ENST00000460289 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.81■■■■■ 4.28
PTPN4-208ENST00000460289 WDR62O43379 1518 aa41.66■■■■■ 4.26
PTPN4-208ENST00000460289 PRDM2Q13029 1718 aa41.52■■■■■ 4.24
PTPN4-208ENST00000460289 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.49■■■■■ 4.23
PTPN4-208ENST00000460289 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP41.46■■■■■ 4.23
PTPN4-208ENST00000460289 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.39■■■■■ 4.22
PTPN4-208ENST00000460289 ABCC8Q09428 1581 aa41.16■■■■■ 4.18
PTPN4-208ENST00000460289 TOPBP1Q92547 1522 aa41.1■■■■■ 4.17
PTPN4-208ENST00000460289 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.01■■■■■ 4.16
PTPN4-208ENST00000460289 IFT140Q96RY7 1462 aa40.96■■■■■ 4.15
PTPN4-208ENST00000460289 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.77■■■■■ 4.12
PTPN4-208ENST00000460289 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.73■■■■■ 4.11
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PTPN4-208ENST00000460289 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.57■■■■■ 4.08
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PTPN4-208ENST00000460289 WDR97A6NE52 1622 aa40.34■■■■■ 4.05
PTPN4-208ENST00000460289 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.32■■■■■ 4.04
PTPN4-208ENST00000460289 TOP2BQ02880 1626 aa40.21■■■■■ 4.03
PTPN4-208ENST00000460289 FBLN2P98095 1184 aa40.2■■■■■ 4.03
PTPN4-208ENST00000460289 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.18■■■■■ 4.02
PTPN4-208ENST00000460289 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.18■■■■■ 4.02
PTPN4-208ENST00000460289 GRIN2BQ13224 1484 aa40.16■■■■■ 4.02
PTPN4-208ENST00000460289 SYNJ1O43426 1573 aa40.15■■■■■ 4.02
PTPN4-208ENST00000460289 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.13■■■■■ 4.01
PTPN4-208ENST00000460289 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.12■■■■■ 4.01
PTPN4-208ENST00000460289 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.08■■■■■ 4.01
PTPN4-208ENST00000460289 CHD1O14646 1710 aa40.08■■■■■ 4.01
PTPN4-208ENST00000460289 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.05■■■■■ 4
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PTPN4-208ENST00000460289 PBRM1Q86U86 1689 aa39.95■■■■□ 3.99
PTPN4-208ENST00000460289 SYNJ2O15056 1496 aa39.94■■■■□ 3.98
PTPN4-208ENST00000460289 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.82■■■■□ 3.96
PTPN4-208ENST00000460289 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.82■■■■□ 3.96
PTPN4-208ENST00000460289 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.82■■■■□ 3.96
PTPN4-208ENST00000460289 ARHGEF11O15085 1522 aa39.81■■■■□ 3.96
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PTPN4-208ENST00000460289 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.68■■■■□ 3.94
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PTPN4-208ENST00000460289 ADAMTS12P58397 1594 aa39.64■■■■□ 3.94
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PTPN4-208ENST00000460289 CEP170Q5SW79 1584 aa39.38■■■■□ 3.9
PTPN4-208ENST00000460289 CUL7Q14999 1698 aa39.24■■■■□ 3.87
PTPN4-208ENST00000460289 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa39.18■■■■□ 3.86
PTPN4-208ENST00000460289 SHROOM2Q13796 1616 aa39.15■■■■□ 3.86
PTPN4-208ENST00000460289 JPH4Q96JJ6 628 aa39.15■■■■□ 3.86
PTPN4-208ENST00000460289 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.08■■■■□ 3.85
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