RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		56.23	■■■■■ 6.59
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.09	■■■■■ 5.61
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCC9	O60706	1549 aa		49.4	■■■■■ 5.5
PTPN4-208	ENST00000460289	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.38	■■■■■ 5.18
PTPN4-208	ENST00000460289	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		47.27	■■■■■ 5.16
PTPN4-208	ENST00000460289	NACAD	O15069	1562 aa		47.25	■■■■■ 5.15
PTPN4-208	ENST00000460289	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		46.87	■■■■■ 5.09
PTPN4-208	ENST00000460289	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	46.74	■■■■■ 5.07
PTPN4-208	ENST00000460289	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		46.52	■■■■■ 5.04
PTPN4-208	ENST00000460289	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.17	■■■■■ 4.98
PTPN4-208	ENST00000460289	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		46.17	■■■■■ 4.98
PTPN4-208	ENST00000460289	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		45.89	■■■■■ 4.94
PTPN4-208	ENST00000460289	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		45.69	■■■■■ 4.9
PTPN4-208	ENST00000460289	SCRIB	Q14160	1630 aa		45.67	■■■■■ 4.9
PTPN4-208	ENST00000460289	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		45.46	■■■■■ 4.87
PTPN4-208	ENST00000460289	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	44.75	■■■■■ 4.75
PTPN4-208	ENST00000460289	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		44.64	■■■■■ 4.74
PTPN4-208	ENST00000460289	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.46	■■■■■ 4.71
PTPN4-208	ENST00000460289	SMARCA4	P51532	1647 aa		43.66	■■■■■ 4.58
PTPN4-208	ENST00000460289	NCAPD3	P42695	1498 aa		43.64	■■■■■ 4.58
PTPN4-208	ENST00000460289	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	43.62	■■■■■ 4.57
PTPN4-208	ENST00000460289	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.57	■■■■■ 4.57
PTPN4-208	ENST00000460289	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.5	■■■■■ 4.55
PTPN4-208	ENST00000460289	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.32	■■■■■ 4.53
PTPN4-208	ENST00000460289	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.3	■■■■■ 4.52
PTPN4-208	ENST00000460289	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.27	■■■■■ 4.52
PTPN4-208	ENST00000460289	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.2	■■■■■ 4.51
PTPN4-208	ENST00000460289	WIZ	O95785	1651 aa		42.79	■■■■■ 4.44
PTPN4-208	ENST00000460289	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	42.73	■■■■■ 4.43
PTPN4-208	ENST00000460289	ERCC6	Q03468	1493 aa		42.64	■■■■■ 4.42
PTPN4-208	ENST00000460289	NES	P48681	1621 aa		42.62	■■■■■ 4.41
PTPN4-208	ENST00000460289	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		42.49	■■■■■ 4.39
PTPN4-208	ENST00000460289	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.37	■■■■■ 4.37
PTPN4-208	ENST00000460289	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.35	■■■■■ 4.37
PTPN4-208	ENST00000460289	CUX2	O14529	1486 aa		42.31	■■■■■ 4.36
PTPN4-208	ENST00000460289	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.29	■■■■■ 4.36
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.05	■■■■■ 4.32
PTPN4-208	ENST00000460289	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.01	■■■■■ 4.32
PTPN4-208	ENST00000460289	CFTR	P13569	1480 aa		42	■■■■■ 4.31
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		41.89	■■■■■ 4.3
PTPN4-208	ENST00000460289	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		41.83	■■■■■ 4.29
PTPN4-208	ENST00000460289	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		41.82	■■■■■ 4.29
PTPN4-208	ENST00000460289	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		41.81	■■■■■ 4.28
PTPN4-208	ENST00000460289	WDR62	O43379	1518 aa		41.66	■■■■■ 4.26
PTPN4-208	ENST00000460289	PRDM2	Q13029	1718 aa		41.52	■■■■■ 4.24
PTPN4-208	ENST00000460289	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		41.49	■■■■■ 4.23
PTPN4-208	ENST00000460289	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	41.46	■■■■■ 4.23
PTPN4-208	ENST00000460289	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.39	■■■■■ 4.22
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.16	■■■■■ 4.18
PTPN4-208	ENST00000460289	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.1	■■■■■ 4.17
PTPN4-208	ENST00000460289	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.01	■■■■■ 4.16
PTPN4-208	ENST00000460289	IFT140	Q96RY7	1462 aa		40.96	■■■■■ 4.15
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	40.77	■■■■■ 4.12
PTPN4-208	ENST00000460289	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.73	■■■■■ 4.11
PTPN4-208	ENST00000460289	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.64	■■■■■ 4.1
PTPN4-208	ENST00000460289	CUX1	P39880	1505 aa		40.64	■■■■■ 4.1
PTPN4-208	ENST00000460289	SOGA1	O94964	1423 aa		40.62	■■■■■ 4.09
PTPN4-208	ENST00000460289	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.61	■■■■■ 4.09
PTPN4-208	ENST00000460289	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.58	■■■■■ 4.09
PTPN4-208	ENST00000460289	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.57	■■■■■ 4.08
PTPN4-208	ENST00000460289	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	40.55	■■■■■ 4.08
PTPN4-208	ENST00000460289	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.54	■■■■■ 4.08
PTPN4-208	ENST00000460289	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.43	■■■■■ 4.06
PTPN4-208	ENST00000460289	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.34	■■■■■ 4.05
PTPN4-208	ENST00000460289	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	40.32	■■■■■ 4.04
PTPN4-208	ENST00000460289	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.21	■■■■■ 4.03
PTPN4-208	ENST00000460289	FBLN2	P98095	1184 aa		40.2	■■■■■ 4.03
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.18	■■■■■ 4.02
PTPN4-208	ENST00000460289	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.18	■■■■■ 4.02
PTPN4-208	ENST00000460289	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PTPN4-208	ENST00000460289	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.15	■■■■■ 4.02
PTPN4-208	ENST00000460289	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.13	■■■■■ 4.01
PTPN4-208	ENST00000460289	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.12	■■■■■ 4.01
PTPN4-208	ENST00000460289	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.08	■■■■■ 4.01
PTPN4-208	ENST00000460289	CHD1	O14646	1710 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PTPN4-208	ENST00000460289	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	40.05	■■■■■ 4
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		39.99	■■■■□ 3.99
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM41	Q8WV44	630 aa		39.97	■■■■□ 3.99
PTPN4-208	ENST00000460289	PBRM1	Q86U86	1689 aa		39.95	■■■■□ 3.99
PTPN4-208	ENST00000460289	SYNJ2	O15056	1496 aa		39.94	■■■■□ 3.98
PTPN4-208	ENST00000460289	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		39.82	■■■■□ 3.96
PTPN4-208	ENST00000460289	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		39.82	■■■■□ 3.96
PTPN4-208	ENST00000460289	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		39.82	■■■■□ 3.96
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGEF11	O15085	1522 aa		39.81	■■■■□ 3.96
PTPN4-208	ENST00000460289	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		39.7	■■■■□ 3.95
PTPN4-208	ENST00000460289	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		39.68	■■■■□ 3.94
PTPN4-208	ENST00000460289	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.65	■■■■□ 3.94
PTPN4-208	ENST00000460289	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.64	■■■■□ 3.94
PTPN4-208	ENST00000460289	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.62	■■■■□ 3.93
PTPN4-208	ENST00000460289	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		39.57	■■■■□ 3.93
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF27	Q86VH2	1401 aa		39.53	■■■■□ 3.92
PTPN4-208	ENST00000460289	NUP160	Q12769	1436 aa		39.47	■■■■□ 3.91
PTPN4-208	ENST00000460289	ARAP1	Q96P48	1450 aa		39.45	■■■■□ 3.91
PTPN4-208	ENST00000460289	IGF1R	P08069	1367 aa		39.42	■■■■□ 3.9
PTPN4-208	ENST00000460289	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.38	■■■■□ 3.9
PTPN4-208	ENST00000460289	CUL7	Q14999	1698 aa		39.24	■■■■□ 3.87
PTPN4-208	ENST00000460289	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		39.18	■■■■□ 3.86
PTPN4-208	ENST00000460289	SHROOM2	Q13796	1616 aa		39.15	■■■■□ 3.86
PTPN4-208	ENST00000460289	JPH4	Q96JJ6	628 aa		39.15	■■■■□ 3.86
PTPN4-208	ENST00000460289	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		39.08	■■■■□ 3.85

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 104.6 ms