RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000453341.1

TNFRSF25-208, Transcript of TNF receptor superfamily member 25, human

TSL 1 (best)

Gene TNFRSF25, Length 798 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TNFRSF25-208	ENST00000453341	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		55.65	■■■■■ 6.5
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ABCC9	O60706	1549 aa		50.87	■■■■■ 5.73
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.19	■■■■■ 5.63
TNFRSF25-208	ENST00000453341	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		48.35	■■■■■ 5.33
TNFRSF25-208	ENST00000453341	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		48.08	■■■■■ 5.29
TNFRSF25-208	ENST00000453341	NACAD	O15069	1562 aa		47.59	■■■■■ 5.21
TNFRSF25-208	ENST00000453341	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	47.27	■■■■■ 5.16
TNFRSF25-208	ENST00000453341	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		47.2	■■■■■ 5.15
TNFRSF25-208	ENST00000453341	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		47.08	■■■■■ 5.13
TNFRSF25-208	ENST00000453341	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.8	■■■■■ 5.08
TNFRSF25-208	ENST00000453341	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		46.73	■■■■■ 5.07
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	46	■■■■■ 4.95
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46	■■■■■ 4.95
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		45.92	■■■■■ 4.94
TNFRSF25-208	ENST00000453341	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		45.91	■■■■■ 4.94
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		45.87	■■■■■ 4.93
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SCRIB	Q14160	1630 aa		45.74	■■■■■ 4.91
TNFRSF25-208	ENST00000453341	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	45.67	■■■■■ 4.9
TNFRSF25-208	ENST00000453341	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		44.8	■■■■■ 4.76
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CUX2	O14529	1486 aa		44.07	■■■■■ 4.65
TNFRSF25-208	ENST00000453341	NCAPD3	P42695	1498 aa		43.97	■■■■■ 4.63
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ERCC6	Q03468	1493 aa		43.91	■■■■■ 4.62
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.76	■■■■■ 4.6
TNFRSF25-208	ENST00000453341	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.58	■■■■■ 4.57
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SMARCA4	P51532	1647 aa		43.56	■■■■■ 4.56
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.56	■■■■■ 4.56
TNFRSF25-208	ENST00000453341	NES	P48681	1621 aa		43.55	■■■■■ 4.56
TNFRSF25-208	ENST00000453341	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.28	■■■■■ 4.52
TNFRSF25-208	ENST00000453341	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	43.22	■■■■■ 4.51
TNFRSF25-208	ENST00000453341	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	43.21	■■■■■ 4.51
TNFRSF25-208	ENST00000453341	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.14	■■■■■ 4.5
TNFRSF25-208	ENST00000453341	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		43.07	■■■■■ 4.48
TNFRSF25-208	ENST00000453341	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.95	■■■■■ 4.47
TNFRSF25-208	ENST00000453341	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		42.9	■■■■■ 4.46
TNFRSF25-208	ENST00000453341	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.81	■■■■■ 4.44
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.6	■■■■■ 4.41
TNFRSF25-208	ENST00000453341	TRIM41	Q8WV44	630 aa		42.56	■■■■■ 4.4
TNFRSF25-208	ENST00000453341	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		42.53	■■■■■ 4.4
TNFRSF25-208	ENST00000453341	WDR62	O43379	1518 aa		42.46	■■■■■ 4.39
TNFRSF25-208	ENST00000453341	WIZ	O95785	1651 aa		42.35	■■■■■ 4.37
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		42.22	■■■■■ 4.35
TNFRSF25-208	ENST00000453341	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		42.13	■■■■■ 4.34
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CFTR	P13569	1480 aa		41.99	■■■■■ 4.31
TNFRSF25-208	ENST00000453341	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		41.93	■■■■■ 4.3
TNFRSF25-208	ENST00000453341	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.86	■■■■■ 4.29
TNFRSF25-208	ENST00000453341	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	41.77	■■■■■ 4.28
TNFRSF25-208	ENST00000453341	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	41.74	■■■■■ 4.27
TNFRSF25-208	ENST00000453341	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		41.52	■■■■■ 4.24
TNFRSF25-208	ENST00000453341	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		41.52	■■■■■ 4.24
TNFRSF25-208	ENST00000453341	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		41.52	■■■■■ 4.24
TNFRSF25-208	ENST00000453341	PRDM2	Q13029	1718 aa		41.5	■■■■■ 4.23
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.46	■■■■■ 4.23
TNFRSF25-208	ENST00000453341	IFT140	Q96RY7	1462 aa		41.4	■■■■■ 4.22
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ARHGEF11	O15085	1522 aa		41.32	■■■■■ 4.2
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		41.29	■■■■■ 4.2
TNFRSF25-208	ENST00000453341	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.27	■■■■■ 4.2
TNFRSF25-208	ENST00000453341	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	41.17	■■■■■ 4.18
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.05	■■■■■ 4.16
TNFRSF25-208	ENST00000453341	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.04	■■■■■ 4.16
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		41.01	■■■■■ 4.16
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CHD1	O14646	1710 aa		40.99	■■■■■ 4.15
TNFRSF25-208	ENST00000453341	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.98	■■■■■ 4.15
TNFRSF25-208	ENST00000453341	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.97	■■■■■ 4.15
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ARAP1	Q96P48	1450 aa		40.89	■■■■■ 4.14
TNFRSF25-208	ENST00000453341	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.82	■■■■■ 4.12
TNFRSF25-208	ENST00000453341	FBLN2	P98095	1184 aa		40.77	■■■■■ 4.12
TNFRSF25-208	ENST00000453341	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	40.73	■■■■■ 4.11
TNFRSF25-208	ENST00000453341	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.7	■■■■■ 4.11
TNFRSF25-208	ENST00000453341	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.61	■■■■■ 4.09
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SOGA1	O94964	1423 aa		40.58	■■■■■ 4.09
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.53	■■■■■ 4.08
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		40.52	■■■■■ 4.08
TNFRSF25-208	ENST00000453341	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.46	■■■■■ 4.07
TNFRSF25-208	ENST00000453341	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.44	■■■■■ 4.06
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.37	■■■■■ 4.05
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	40.36	■■■■■ 4.05
TNFRSF25-208	ENST00000453341	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.36	■■■■■ 4.05
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CUX1	P39880	1505 aa		40.35	■■■■■ 4.05
TNFRSF25-208	ENST00000453341	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.31	■■■■■ 4.04
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.26	■■■■■ 4.03
TNFRSF25-208	ENST00000453341	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.13	■■■■■ 4.01
TNFRSF25-208	ENST00000453341	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.09	■■■■■ 4.01
TNFRSF25-208	ENST00000453341	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	39.99	■■■■□ 3.99
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		39.98	■■■■□ 3.99
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		39.96	■■■■□ 3.99
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		39.88	■■■■□ 3.97
TNFRSF25-208	ENST00000453341	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.81	■■■■□ 3.96
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.72	■■■■□ 3.95
TNFRSF25-208	ENST00000453341	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.72	■■■■□ 3.95
TNFRSF25-208	ENST00000453341	NUP160	Q12769	1436 aa		39.71	■■■■□ 3.95
TNFRSF25-208	ENST00000453341	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	39.63	■■■■□ 3.93
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SHROOM2	Q13796	1616 aa		39.61	■■■■□ 3.93
TNFRSF25-208	ENST00000453341	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.55	■■■■□ 3.92
TNFRSF25-208	ENST00000453341	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		39.51	■■■■□ 3.91
TNFRSF25-208	ENST00000453341	TOP2B	Q02880	1626 aa		39.49	■■■■□ 3.91
TNFRSF25-208	ENST00000453341	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		39.46	■■■■□ 3.91
TNFRSF25-208	ENST00000453341	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		39.42	■■■■□ 3.9
TNFRSF25-208	ENST00000453341	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	39.39	■■■■□ 3.9
TNFRSF25-208	ENST00000453341	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	39.36	■■■■□ 3.89
TNFRSF25-208	ENST00000453341	JPH4	Q96JJ6	628 aa		39.26	■■■■□ 3.88

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