RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000451893.5

C9orf3-208, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 514 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-208ENST00000451893 NISCHQ9Y2I1 1504 aa53.18■■■■■ 6.1
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C9orf3-208ENST00000451893 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa45.22■■■■■ 4.83
C9orf3-208ENST00000451893 DCAF8L2P0C7V8 631 aa45■■■■■ 4.79
C9orf3-208ENST00000451893 NACADO15069 1562 aa44.94■■■■■ 4.78
C9orf3-208ENST00000451893 MYO15BQ96JP2 1530 aa44.34■■■■■ 4.69
C9orf3-208ENST00000451893 UNC13AQ9UPW8 1703 aa44.15■■■■■ 4.66
C9orf3-208ENST00000451893 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP44.15■■■■■ 4.66
C9orf3-208ENST00000451893 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP44.09■■■■■ 4.65
C9orf3-208ENST00000451893 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa43.91■■■■■ 4.62
C9orf3-208ENST00000451893 DNAJC5BQ9UF47 199 aa43.84■■■■■ 4.61
C9orf3-208ENST00000451893 BICRAQ9NZM4 1560 aa43.71■■■■■ 4.59
C9orf3-208ENST00000451893 SCRIBQ14160 1630 aa43.5■■■■■ 4.55
C9orf3-208ENST00000451893 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa43.25■■■■■ 4.51
C9orf3-208ENST00000451893 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa42.73■■■■■ 4.43
C9orf3-208ENST00000451893 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP42.71■■■■■ 4.43
C9orf3-208ENST00000451893 CECR2Q9BXF3 1484 aa42.57■■■■■ 4.41
C9orf3-208ENST00000451893 SMARCA4P51532 1647 aa41.46■■■■■ 4.23
C9orf3-208ENST00000451893 NCAPD3P42695 1498 aa41.4■■■■■ 4.22
C9orf3-208ENST00000451893 SMARCA2P51531 1590 aa41.36■■■■■ 4.21
C9orf3-208ENST00000451893 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa41.35■■■■■ 4.21
C9orf3-208ENST00000451893 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP41.34■■■■■ 4.21
C9orf3-208ENST00000451893 HMGXB3Q12766 1538 aa41.19■■■■■ 4.18
C9orf3-208ENST00000451893 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP41.09■■■■■ 4.17
C9orf3-208ENST00000451893 MROH2BQ7Z745 1585 aa40.97■■■■■ 4.15
C9orf3-208ENST00000451893 PEG3Q9GZU2 1588 aa40.96■■■■■ 4.15
C9orf3-208ENST00000451893 ERCC6Q03468 1493 aa40.95■■■■■ 4.15
C9orf3-208ENST00000451893 NESP48681 1621 aa40.67■■■■■ 4.1
C9orf3-208ENST00000451893 CUX2O14529 1486 aa40.61■■■■■ 4.09
C9orf3-208ENST00000451893 WIZO95785 1651 aa40.57■■■■■ 4.09
C9orf3-208ENST00000451893 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa40.52■■■■■ 4.08
C9orf3-208ENST00000451893 PDS5BQ9NTI5 1447 aa40.3■■■■■ 4.04
C9orf3-208ENST00000451893 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa40.25■■■■■ 4.03
C9orf3-208ENST00000451893 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP40.24■■■■■ 4.03
C9orf3-208ENST00000451893 CADPSQ9ULU8 1353 aa40.22■■■■■ 4.03
C9orf3-208ENST00000451893 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP40.2■■■■■ 4.03
C9orf3-208ENST00000451893 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa40.1■■■■■ 4.01
C9orf3-208ENST00000451893 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP40.08■■■■■ 4.01
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C9orf3-208ENST00000451893 CEP164Q9UPV0 1460 aa39.86■■■■□ 3.97
C9orf3-208ENST00000451893 FANCD2Q9BXW9 1451 aa39.81■■■■□ 3.96
C9orf3-208ENST00000451893 CFTRP13569 1480 aa39.8■■■■□ 3.96
C9orf3-208ENST00000451893 WDR62O43379 1518 aa39.74■■■■□ 3.95
C9orf3-208ENST00000451893 PRDM2Q13029 1718 aa39.6■■■■□ 3.93
C9orf3-208ENST00000451893 CCDC88BA6NC98 1476 aa39.58■■■■□ 3.93
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C9orf3-208ENST00000451893 ABCC8Q09428 1581 aa39.07■■■■□ 3.84
C9orf3-208ENST00000451893 TOPBP1Q92547 1522 aa39.06■■■■□ 3.84
C9orf3-208ENST00000451893 IFT140Q96RY7 1462 aa39.02■■■■□ 3.84
C9orf3-208ENST00000451893 DNMBPQ6XZF7 1577 aa38.99■■■■□ 3.83
C9orf3-208ENST00000451893 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP38.95■■■■□ 3.83
C9orf3-208ENST00000451893 OSCARQ8IYS5 282 aa38.86■■■■□ 3.81
C9orf3-208ENST00000451893 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP38.84■■■■□ 3.81
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C9orf3-208ENST00000451893 TRIM41Q8WV44 630 aa38.7■■■■□ 3.79
C9orf3-208ENST00000451893 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP38.67■■■■□ 3.78
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C9orf3-208ENST00000451893 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP38.58■■■■□ 3.779e-7■■■□□ 14.6
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C9orf3-208ENST00000451893 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa38.54■■■■□ 3.76
C9orf3-208ENST00000451893 FGD5Q6ZNL6 1462 aa38.53■■■■□ 3.76
C9orf3-208ENST00000451893 CUX1P39880 1505 aa38.49■■■■□ 3.75
C9orf3-208ENST00000451893 FBLN2P98095 1184 aa38.44■■■■□ 3.74
C9orf3-208ENST00000451893 CHD1O14646 1710 aa38.42■■■■□ 3.74
C9orf3-208ENST00000451893 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP38.41■■■■□ 3.74
C9orf3-208ENST00000451893 WDR97A6NE52 1622 aa38.36■■■■□ 3.73
C9orf3-208ENST00000451893 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa38.29■■■■□ 3.72
C9orf3-208ENST00000451893 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa38.29■■■■□ 3.72
C9orf3-208ENST00000451893 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa38.29■■■■□ 3.72
C9orf3-208ENST00000451893 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa38.24■■■■□ 3.71
C9orf3-208ENST00000451893 GRIN2BQ13224 1484 aa38.19■■■■□ 3.7
C9orf3-208ENST00000451893 ARHGEF11O15085 1522 aa38.18■■■■□ 3.7
C9orf3-208ENST00000451893 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP38.16■■■■□ 3.7
C9orf3-208ENST00000451893 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP38.15■■■■□ 3.7
C9orf3-208ENST00000451893 PBRM1Q86U86 1689 aa38.13■■■■□ 3.69
C9orf3-208ENST00000451893 GAPVD1Q14C86 1478 aa38.1■■■■□ 3.69
C9orf3-208ENST00000451893 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa38.07■■■■□ 3.69
C9orf3-208ENST00000451893 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP38.06■■■■□ 3.68
C9orf3-208ENST00000451893 SYNJ1O43426 1573 aa38.02■■■■□ 3.68
C9orf3-208ENST00000451893 TOP2BQ02880 1626 aa38.02■■■■□ 3.68
C9orf3-208ENST00000451893 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa38.02■■■■□ 3.68
C9orf3-208ENST00000451893 SYNJ2O15056 1496 aa38■■■■□ 3.67
C9orf3-208ENST00000451893 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa37.99■■■■□ 3.67
C9orf3-208ENST00000451893 CYB5RLQ6IPT4 315 aa37.95■■■■□ 3.67
C9orf3-208ENST00000451893 CLASP1Q7Z460 1538 aa37.86■■■■□ 3.65
C9orf3-208ENST00000451893 ARAP1Q96P48 1450 aa37.8■■■■□ 3.64
C9orf3-208ENST00000451893 ADAMTS12P58397 1594 aa37.71■■■■□ 3.63
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C9orf3-208ENST00000451893 ERICH3Q5RHP9 1530 aa37.63■■■■□ 3.61
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C9orf3-208ENST00000451893 TRHP20396 242 aaPredicted RBP37.54■■■■□ 3.6
C9orf3-208ENST00000451893 CEP170Q5SW79 1584 aa37.5■■■■□ 3.59
C9orf3-208ENST00000451893 NUP160Q12769 1436 aa37.46■■■■□ 3.59
C9orf3-208ENST00000451893 KIF27Q86VH2 1401 aa37.36■■■■□ 3.57
C9orf3-208ENST00000451893 ERCC6L2Q5T890 1561 aa37.29■■■■□ 3.56
C9orf3-208ENST00000451893 SHROOM2Q13796 1616 aa37.28■■■■□ 3.56
C9orf3-208ENST00000451893 CUL7Q14999 1698 aa37.24■■■■□ 3.55
C9orf3-208ENST00000451893 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP37.17■■■■□ 3.54
C9orf3-208ENST00000451893 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa37.16■■■■□ 3.54
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