RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000451154.5

USP42-204, Transcript of ubiquitin specific peptidase 42, humanhuman

TSL 5

Gene USP42, Length 520 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP42-204ENST00000451154 NISCHQ9Y2I1 1504 aa67.56■■■■■ 8.41
USP42-204ENST00000451154 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa60.42■■■■■ 7.26
USP42-204ENST00000451154 ABCC9O60706 1549 aa60.42■■■■■ 7.26
USP42-204ENST00000451154 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa57.49■■■■■ 6.79
USP42-204ENST00000451154 DCAF8L2P0C7V8 631 aa57.19■■■■■ 6.75
USP42-204ENST00000451154 NACADO15069 1562 aa57.14■■■■■ 6.74
USP42-204ENST00000451154 DNAJC5BQ9UF47 199 aa56.62■■■■■ 6.65
USP42-204ENST00000451154 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP56.39■■■■■ 6.62
USP42-204ENST00000451154 MYO15BQ96JP2 1530 aa56.37■■■■■ 6.61
USP42-204ENST00000451154 UNC13AQ9UPW8 1703 aa56.22■■■■■ 6.59
USP42-204ENST00000451154 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP55.99■■■■■ 6.55
USP42-204ENST00000451154 BICRAQ9NZM4 1560 aa55.84■■■■■ 6.53
USP42-204ENST00000451154 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa55.74■■■■■ 6.51
USP42-204ENST00000451154 SCRIBQ14160 1630 aa55.2■■■■■ 6.43
USP42-204ENST00000451154 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa54.98■■■■■ 6.39
USP42-204ENST00000451154 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa54.53■■■■■ 6.32
USP42-204ENST00000451154 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP54.44■■■■■ 6.31
USP42-204ENST00000451154 CECR2Q9BXF3 1484 aa54.37■■■■■ 6.29
USP42-204ENST00000451154 NCAPD3P42695 1498 aa52.8■■■■■ 6.04
USP42-204ENST00000451154 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa52.69■■■■■ 6.02
USP42-204ENST00000451154 SMARCA4P51532 1647 aa52.63■■■■■ 6.02
USP42-204ENST00000451154 SMARCA2P51531 1590 aa52.49■■■■■ 5.99
USP42-204ENST00000451154 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP52.39■■■■■ 5.98
USP42-204ENST00000451154 HMGXB3Q12766 1538 aa52.35■■■■■ 5.97
USP42-204ENST00000451154 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP52.17■■■■■ 5.94
USP42-204ENST00000451154 ERCC6Q03468 1493 aa52.12■■■■■ 5.93
USP42-204ENST00000451154 MROH2BQ7Z745 1585 aa52.1■■■■■ 5.93
USP42-204ENST00000451154 PEG3Q9GZU2 1588 aa52.08■■■■■ 5.93
USP42-204ENST00000451154 NESP48681 1621 aa51.97■■■■■ 5.91
USP42-204ENST00000451154 CUX2O14529 1486 aa51.89■■■■■ 5.9
USP42-204ENST00000451154 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa51.79■■■■■ 5.88
USP42-204ENST00000451154 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa51.53■■■■■ 5.84
USP42-204ENST00000451154 WIZO95785 1651 aa51.49■■■■■ 5.83
USP42-204ENST00000451154 PDS5BQ9NTI5 1447 aa51.29■■■■■ 5.8
USP42-204ENST00000451154 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP51.28■■■■■ 5.8
USP42-204ENST00000451154 CADPSQ9ULU8 1353 aa51.24■■■■■ 5.79
USP42-204ENST00000451154 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa51.23■■■■■ 5.79
USP42-204ENST00000451154 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP51.11■■■■■ 5.77
USP42-204ENST00000451154 MRC2Q9UBG0 1479 aa50.8■■■■■ 5.72
USP42-204ENST00000451154 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP50.77■■■■■ 5.72
USP42-204ENST00000451154 CFTRP13569 1480 aa50.65■■■■■ 5.7
USP42-204ENST00000451154 CEP164Q9UPV0 1460 aa50.65■■■■■ 5.7
USP42-204ENST00000451154 FANCD2Q9BXW9 1451 aa50.64■■■■■ 5.7
USP42-204ENST00000451154 WDR62O43379 1518 aa50.63■■■■■ 5.7
USP42-204ENST00000451154 CCDC88BA6NC98 1476 aa50.3■■■■■ 5.64
USP42-204ENST00000451154 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP50.21■■■■■ 5.63
USP42-204ENST00000451154 PRDM2Q13029 1718 aa50.08■■■■■ 5.61
USP42-204ENST00000451154 OSCARQ8IYS5 282 aa49.71■■■■■ 5.55
USP42-204ENST00000451154 TOPBP1Q92547 1522 aa49.7■■■■■ 5.55
USP42-204ENST00000451154 TRIM41Q8WV44 630 aa49.66■■■■■ 5.54
USP42-204ENST00000451154 IFT140Q96RY7 1462 aa49.63■■■■■ 5.54
USP42-204ENST00000451154 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP49.6■■■■■ 5.53
USP42-204ENST00000451154 ABCC8Q09428 1581 aa49.57■■■■■ 5.53
USP42-204ENST00000451154 DNMBPQ6XZF7 1577 aa49.49■■■■■ 5.51
USP42-204ENST00000451154 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP49.24■■■■■ 5.47
USP42-204ENST00000451154 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP49.21■■■■■ 5.47
USP42-204ENST00000451154 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP49.2■■■■■ 5.47
USP42-204ENST00000451154 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP49.19■■■■■ 5.47
USP42-204ENST00000451154 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP49.15■■■■■ 5.46
USP42-204ENST00000451154 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa49.08■■■■■ 5.45
USP42-204ENST00000451154 SOGA1O94964 1423 aa49.04■■■■■ 5.44
USP42-204ENST00000451154 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP48.96■■■■■ 5.43
USP42-204ENST00000451154 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa48.94■■■■■ 5.42
USP42-204ENST00000451154 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa48.94■■■■■ 5.42
USP42-204ENST00000451154 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa48.94■■■■■ 5.42
USP42-204ENST00000451154 CUX1P39880 1505 aa48.93■■■■■ 5.42
USP42-204ENST00000451154 FGD5Q6ZNL6 1462 aa48.93■■■■■ 5.42
USP42-204ENST00000451154 FBLN2P98095 1184 aa48.92■■■■■ 5.42
USP42-204ENST00000451154 CHD1O14646 1710 aa48.86■■■■■ 5.41
USP42-204ENST00000451154 ARHGEF11O15085 1522 aa48.79■■■■■ 5.4
USP42-204ENST00000451154 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa48.64■■■■■ 5.38
USP42-204ENST00000451154 WDR97A6NE52 1622 aa48.62■■■■■ 5.37
USP42-204ENST00000451154 CYB5RLQ6IPT4 315 aa48.58■■■■■ 5.37
USP42-204ENST00000451154 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP48.55■■■■■ 5.36
USP42-204ENST00000451154 GRIN2BQ13224 1484 aa48.53■■■■■ 5.36
USP42-204ENST00000451154 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP48.48■■■■■ 5.35
USP42-204ENST00000451154 GAPVD1Q14C86 1478 aa48.42■■■■■ 5.34
USP42-204ENST00000451154 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa48.36■■■■■ 5.33
USP42-204ENST00000451154 ARAP1Q96P48 1450 aa48.35■■■■■ 5.33
USP42-204ENST00000451154 SYNJ2O15056 1496 aa48.33■■■■■ 5.33
USP42-204ENST00000451154 PBRM1Q86U86 1689 aa48.31■■■■■ 5.32
USP42-204ENST00000451154 CLASP1Q7Z460 1538 aa48.28■■■■■ 5.32
USP42-204ENST00000451154 SYNJ1O43426 1573 aa48.28■■■■■ 5.32
USP42-204ENST00000451154 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP48.24■■■■■ 5.31
USP42-204ENST00000451154 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa48.22■■■■■ 5.31
USP42-204ENST00000451154 TOP2BQ02880 1626 aa48.15■■■■■ 5.3
USP42-204ENST00000451154 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa48.13■■■■■ 5.3
USP42-204ENST00000451154 TRHP20396 242 aaPredicted RBP47.98■■■■■ 5.27
USP42-204ENST00000451154 GRIN2AQ12879 1464 aa47.9■■■■■ 5.26
USP42-204ENST00000451154 ADAMTS12P58397 1594 aa47.85■■■■■ 5.25
USP42-204ENST00000451154 FHAD1B1AJZ9 1412 aa47.79■■■■■ 5.24
USP42-204ENST00000451154 ERICH3Q5RHP9 1530 aa47.73■■■■■ 5.23
USP42-204ENST00000451154 NUP160Q12769 1436 aa47.73■■■■■ 5.23
USP42-204ENST00000451154 CEP170Q5SW79 1584 aa47.71■■■■■ 5.23
USP42-204ENST00000451154 ERCC6L2Q5T890 1561 aa47.63■■■■■ 5.22
USP42-204ENST00000451154 SHROOM2Q13796 1616 aa47.45■■■■■ 5.19
USP42-204ENST00000451154 JPH4Q96JJ6 628 aa47.38■■■■■ 5.18
USP42-204ENST00000451154 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP47.31■■■■■ 5.16
USP42-204ENST00000451154 IGF1RP08069 1367 aa47.3■■■■■ 5.16
USP42-204ENST00000451154 KIF27Q86VH2 1401 aa47.27■■■■■ 5.16
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 71.5 ms