RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000442481.5

PRAME-210, Transcript of preferentially expressed antigen in melanoma, humanhuman

TSL 3

Gene PRAME, Length 581 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRAME-210ENST00000442481 NISCHQ9Y2I1 1504 aa29.25■■■□□ 2.27
PRAME-210ENST00000442481 ABCC9O60706 1549 aa26.73■■□□□ 1.87
PRAME-210ENST00000442481 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.39■■□□□ 1.82
PRAME-210ENST00000442481 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.4■■□□□ 1.66
PRAME-210ENST00000442481 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.26■■□□□ 1.63
PRAME-210ENST00000442481 NACADO15069 1562 aa25.01■■□□□ 1.59
PRAME-210ENST00000442481 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.84■■□□□ 1.57
PRAME-210ENST00000442481 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.81■■□□□ 1.56
PRAME-210ENST00000442481 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.73■■□□□ 1.55
PRAME-210ENST00000442481 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.61■■□□□ 1.53
PRAME-210ENST00000442481 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.59■■□□□ 1.53
PRAME-210ENST00000442481 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.24■■□□□ 1.47
PRAME-210ENST00000442481 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24.19■■□□□ 1.46
PRAME-210ENST00000442481 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP24.19■■□□□ 1.46
PRAME-210ENST00000442481 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.13■■□□□ 1.45
PRAME-210ENST00000442481 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.09■■□□□ 1.45
PRAME-210ENST00000442481 SCRIBQ14160 1630 aa24.05■■□□□ 1.44
PRAME-210ENST00000442481 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.99■■□□□ 1.43
PRAME-210ENST00000442481 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.5■■□□□ 1.35
PRAME-210ENST00000442481 CUX2O14529 1486 aa23.13■■□□□ 1.29
PRAME-210ENST00000442481 NCAPD3P42695 1498 aa23.1■■□□□ 1.29
PRAME-210ENST00000442481 ERCC6Q03468 1493 aa23.05■■□□□ 1.28
PRAME-210ENST00000442481 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23■■□□□ 1.27
PRAME-210ENST00000442481 SMARCA2P51531 1590 aa22.92■■□□□ 1.26
PRAME-210ENST00000442481 SMARCA4P51532 1647 aa22.9■■□□□ 1.26
PRAME-210ENST00000442481 HMGXB3Q12766 1538 aa22.89■■□□□ 1.26
PRAME-210ENST00000442481 NESP48681 1621 aa22.89■■□□□ 1.25
PRAME-210ENST00000442481 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.76■■□□□ 1.23
PRAME-210ENST00000442481 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.73■■□□□ 1.23
PRAME-210ENST00000442481 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
PRAME-210ENST00000442481 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.67■■□□□ 1.22
PRAME-210ENST00000442481 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.62■■□□□ 1.21
PRAME-210ENST00000442481 MROH2BQ7Z745 1585 aa22.57■■□□□ 1.2
PRAME-210ENST00000442481 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.56■■□□□ 1.2
PRAME-210ENST00000442481 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.5■■□□□ 1.19
PRAME-210ENST00000442481 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.38■■□□□ 1.17
PRAME-210ENST00000442481 TRIM41Q8WV44 630 aa22.34■■□□□ 1.17
PRAME-210ENST00000442481 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.34■■□□□ 1.17
PRAME-210ENST00000442481 WDR62O43379 1518 aa22.31■■□□□ 1.16
PRAME-210ENST00000442481 WIZO95785 1651 aa22.28■■□□□ 1.16
PRAME-210ENST00000442481 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.18■■□□□ 1.14
PRAME-210ENST00000442481 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.14■■□□□ 1.13
PRAME-210ENST00000442481 CFTRP13569 1480 aa22.07■■□□□ 1.12
PRAME-210ENST00000442481 OSCARQ8IYS5 282 aa22.01■■□□□ 1.11
PRAME-210ENST00000442481 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
PRAME-210ENST00000442481 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP21.97■■□□□ 1.11
PRAME-210ENST00000442481 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
PRAME-210ENST00000442481 PRDM2Q13029 1718 aa21.83■■□□□ 1.08
PRAME-210ENST00000442481 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.81■■□□□ 1.08
PRAME-210ENST00000442481 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.81■■□□□ 1.08
PRAME-210ENST00000442481 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.81■■□□□ 1.08
PRAME-210ENST00000442481 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.8■■□□□ 1.08
PRAME-210ENST00000442481 IFT140Q96RY7 1462 aa21.75■■□□□ 1.07
PRAME-210ENST00000442481 CCDC88BA6NC98 1476 aa21.71■■□□□ 1.07
PRAME-210ENST00000442481 ARHGEF11O15085 1522 aa21.7■■□□□ 1.06
PRAME-210ENST00000442481 TOPBP1Q92547 1522 aa21.7■■□□□ 1.06
PRAME-210ENST00000442481 ABCC8Q09428 1581 aa21.67■■□□□ 1.06
PRAME-210ENST00000442481 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.64■■□□□ 1.05
PRAME-210ENST00000442481 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.57■■□□□ 1.04
PRAME-210ENST00000442481 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.54■■□□□ 1.04
PRAME-210ENST00000442481 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.53■■□□□ 1.042e-41■■■■■ 43.9
PRAME-210ENST00000442481 CHD1O14646 1710 aa21.53■■□□□ 1.04
PRAME-210ENST00000442481 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.53■■□□□ 1.04
PRAME-210ENST00000442481 ARAP1Q96P48 1450 aa21.47■■□□□ 1.03
PRAME-210ENST00000442481 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.45■■□□□ 1.02
PRAME-210ENST00000442481 FBLN2P98095 1184 aa21.42■■□□□ 1.02
PRAME-210ENST00000442481 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.39■■□□□ 1.02
PRAME-210ENST00000442481 TRHP20396 242 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
PRAME-210ENST00000442481 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.35■■□□□ 1.01
PRAME-210ENST00000442481 WDR97A6NE52 1622 aa21.33■■□□□ 1.01
PRAME-210ENST00000442481 SOGA1O94964 1423 aa21.33■■□□□ 1.01
PRAME-210ENST00000442481 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.31■■□□□ 1
PRAME-210ENST00000442481 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.29■■□□□ 1
PRAME-210ENST00000442481 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.26■□□□□ 0.99
PRAME-210ENST00000442481 CUX1P39880 1505 aa21.22■□□□□ 0.99
PRAME-210ENST00000442481 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.21■□□□□ 0.99
PRAME-210ENST00000442481 SYNJ1O43426 1573 aa21.2■□□□□ 0.98
PRAME-210ENST00000442481 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.2■□□□□ 0.98
PRAME-210ENST00000442481 GRIN2BQ13224 1484 aa21.18■□□□□ 0.98
PRAME-210ENST00000442481 SYNJ2O15056 1496 aa21.14■□□□□ 0.98
PRAME-210ENST00000442481 PBRM1Q86U86 1689 aa21.09■□□□□ 0.97
PRAME-210ENST00000442481 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.07■□□□□ 0.96
PRAME-210ENST00000442481 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa21.02■□□□□ 0.96
PRAME-210ENST00000442481 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa21■□□□□ 0.95
PRAME-210ENST00000442481 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP20.97■□□□□ 0.95
PRAME-210ENST00000442481 ERCC6L2Q5T890 1561 aa20.97■□□□□ 0.95
PRAME-210ENST00000442481 GRIN2AQ12879 1464 aa20.91■□□□□ 0.94
PRAME-210ENST00000442481 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP20.89■□□□□ 0.94
PRAME-210ENST00000442481 CEP170Q5SW79 1584 aa20.89■□□□□ 0.93
PRAME-210ENST00000442481 ADAMTS12P58397 1594 aa20.88■□□□□ 0.93
PRAME-210ENST00000442481 NUP160Q12769 1436 aa20.87■□□□□ 0.93
PRAME-210ENST00000442481 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP20.83■□□□□ 0.93
PRAME-210ENST00000442481 SHROOM2Q13796 1616 aa20.82■□□□□ 0.92
PRAME-210ENST00000442481 FHAD1B1AJZ9 1412 aa20.78■□□□□ 0.92
PRAME-210ENST00000442481 TOP2BQ02880 1626 aa20.78■□□□□ 0.92
PRAME-210ENST00000442481 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa20.78■□□□□ 0.92
PRAME-210ENST00000442481 ERICH3Q5RHP9 1530 aa20.75■□□□□ 0.91
PRAME-210ENST00000442481 KIF13AQ9H1H9 1805 aa20.71■□□□□ 0.91
PRAME-210ENST00000442481 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.68■□□□□ 0.9
PRAME-210ENST00000442481 JPH4Q96JJ6 628 aa20.63■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.7 ms