RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000440293.5

HDAC7-213, Transcript of histone deacetylase 7, human

TSL 4

Gene HDAC7, Length 580 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC7-213	ENST00000440293	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.39	■■■■■ 4.7
HDAC7-213	ENST00000440293	ABCC9	O60706	1549 aa		40.01	■■■■■ 4
HDAC7-213	ENST00000440293	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.91	■■■■□ 3.98
HDAC7-213	ENST00000440293	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		38.11	■■■■□ 3.69
HDAC7-213	ENST00000440293	NACAD	O15069	1562 aa		37.85	■■■■□ 3.65
HDAC7-213	ENST00000440293	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		37.75	■■■■□ 3.63
HDAC7-213	ENST00000440293	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.45	■■■■□ 3.59
HDAC7-213	ENST00000440293	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.38	■■■■□ 3.57
HDAC7-213	ENST00000440293	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	37.22	■■■■□ 3.55
HDAC7-213	ENST00000440293	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		37.05	■■■■□ 3.52
HDAC7-213	ENST00000440293	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.94	■■■■□ 3.5
HDAC7-213	ENST00000440293	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.77	■■■■□ 3.48
HDAC7-213	ENST00000440293	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	36.73	■■■■□ 3.47
HDAC7-213	ENST00000440293	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.66	■■■■□ 3.46
HDAC7-213	ENST00000440293	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.19	■■■■□ 3.38
HDAC7-213	ENST00000440293	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		36.16	■■■■□ 3.38
HDAC7-213	ENST00000440293	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		36.15	■■■■□ 3.38
HDAC7-213	ENST00000440293	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	36.07	■■■■□ 3.37
HDAC7-213	ENST00000440293	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.98	■■■■□ 3.19
HDAC7-213	ENST00000440293	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		34.97	■■■■□ 3.19
HDAC7-213	ENST00000440293	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.77	■■■■□ 3.16
HDAC7-213	ENST00000440293	CUX2	O14529	1486 aa		34.74	■■■■□ 3.15
HDAC7-213	ENST00000440293	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.69	■■■■□ 3.14
HDAC7-213	ENST00000440293	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.65	■■■■□ 3.14
HDAC7-213	ENST00000440293	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.62	■■■■□ 3.13
HDAC7-213	ENST00000440293	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.61	■■■■□ 3.13
HDAC7-213	ENST00000440293	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.49	■■■■□ 3.11
HDAC7-213	ENST00000440293	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.4	■■■■□ 3.1
HDAC7-213	ENST00000440293	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.39	■■■■□ 3.1
HDAC7-213	ENST00000440293	NES	P48681	1621 aa		34.28	■■■■□ 3.08
HDAC7-213	ENST00000440293	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		34.17	■■■■□ 3.06
HDAC7-213	ENST00000440293	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.12	■■■■□ 3.05
HDAC7-213	ENST00000440293	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		34.03	■■■■□ 3.04
HDAC7-213	ENST00000440293	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	34.02	■■■■□ 3.04
HDAC7-213	ENST00000440293	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.88	■■■■□ 3.01
HDAC7-213	ENST00000440293	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.8	■■■■□ 3
HDAC7-213	ENST00000440293	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.67	■■■□□ 2.98
HDAC7-213	ENST00000440293	WIZ	O95785	1651 aa		33.64	■■■□□ 2.98
HDAC7-213	ENST00000440293	WDR62	O43379	1518 aa		33.59	■■■□□ 2.97
HDAC7-213	ENST00000440293	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.48	■■■□□ 2.95
HDAC7-213	ENST00000440293	CFTR	P13569	1480 aa		33.44	■■■□□ 2.94
HDAC7-213	ENST00000440293	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.42	■■■□□ 2.94
HDAC7-213	ENST00000440293	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33.41	■■■□□ 2.94
HDAC7-213	ENST00000440293	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.31	■■■□□ 2.92
HDAC7-213	ENST00000440293	TRIM41	Q8WV44	630 aa		33.16	■■■□□ 2.9
HDAC7-213	ENST00000440293	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		33.14	■■■□□ 2.9
HDAC7-213	ENST00000440293	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
HDAC7-213	ENST00000440293	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		32.93	■■■□□ 2.86
HDAC7-213	ENST00000440293	PRDM2	Q13029	1718 aa		32.93	■■■□□ 2.86
HDAC7-213	ENST00000440293	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.87	■■■□□ 2.85
HDAC7-213	ENST00000440293	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.83	■■■□□ 2.85
HDAC7-213	ENST00000440293	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.76	■■■□□ 2.83
HDAC7-213	ENST00000440293	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.72	■■■□□ 2.83
HDAC7-213	ENST00000440293	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.62	■■■□□ 2.81
HDAC7-213	ENST00000440293	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		32.55	■■■□□ 2.8
HDAC7-213	ENST00000440293	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		32.55	■■■□□ 2.8
HDAC7-213	ENST00000440293	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		32.55	■■■□□ 2.8
HDAC7-213	ENST00000440293	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.51	■■■□□ 2.79
HDAC7-213	ENST00000440293	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	32.49	■■■□□ 2.79
HDAC7-213	ENST00000440293	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.48	■■■□□ 2.79
HDAC7-213	ENST00000440293	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.46	■■■□□ 2.79
HDAC7-213	ENST00000440293	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.42	■■■□□ 2.78	9e-7	■■■■□ 23.5
HDAC7-213	ENST00000440293	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.41	■■■□□ 2.78
HDAC7-213	ENST00000440293	SOGA1	O94964	1423 aa		32.3	■■■□□ 2.76
HDAC7-213	ENST00000440293	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		32.27	■■■□□ 2.76
HDAC7-213	ENST00000440293	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.26	■■■□□ 2.76
HDAC7-213	ENST00000440293	FBLN2	P98095	1184 aa		32.25	■■■□□ 2.75
HDAC7-213	ENST00000440293	CHD1	O14646	1710 aa		32.24	■■■□□ 2.75
HDAC7-213	ENST00000440293	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.23	■■■□□ 2.75
HDAC7-213	ENST00000440293	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.2	■■■□□ 2.75
HDAC7-213	ENST00000440293	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.15	■■■□□ 2.74
HDAC7-213	ENST00000440293	ARAP1	Q96P48	1450 aa		32.13	■■■□□ 2.73
HDAC7-213	ENST00000440293	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	32.1	■■■□□ 2.73
HDAC7-213	ENST00000440293	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		32.08	■■■□□ 2.73
HDAC7-213	ENST00000440293	CUX1	P39880	1505 aa		32.07	■■■□□ 2.72
HDAC7-213	ENST00000440293	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	32.07	■■■□□ 2.72
HDAC7-213	ENST00000440293	GRIN2B	Q13224	1484 aa		32.05	■■■□□ 2.72
HDAC7-213	ENST00000440293	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		32	■■■□□ 2.71
HDAC7-213	ENST00000440293	SYNJ1	O43426	1573 aa		31.99	■■■□□ 2.71
HDAC7-213	ENST00000440293	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.97	■■■□□ 2.71
HDAC7-213	ENST00000440293	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	31.96	■■■□□ 2.71
HDAC7-213	ENST00000440293	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.89	■■■□□ 2.7
HDAC7-213	ENST00000440293	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.85	■■■□□ 2.69
HDAC7-213	ENST00000440293	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.75	■■■□□ 2.67
HDAC7-213	ENST00000440293	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.75	■■■□□ 2.67
HDAC7-213	ENST00000440293	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.7	■■■□□ 2.67	5e-6	■■■■■ 29.2
HDAC7-213	ENST00000440293	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.6	■■■□□ 2.65
HDAC7-213	ENST00000440293	NUP160	Q12769	1436 aa		31.55	■■■□□ 2.64
HDAC7-213	ENST00000440293	TOP2B	Q02880	1626 aa		31.54	■■■□□ 2.64
HDAC7-213	ENST00000440293	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.52	■■■□□ 2.64
HDAC7-213	ENST00000440293	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		31.52	■■■□□ 2.64
HDAC7-213	ENST00000440293	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.5	■■■□□ 2.63
HDAC7-213	ENST00000440293	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.46	■■■□□ 2.63
HDAC7-213	ENST00000440293	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.43	■■■□□ 2.62
HDAC7-213	ENST00000440293	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.38	■■■□□ 2.61
HDAC7-213	ENST00000440293	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.37	■■■□□ 2.61
HDAC7-213	ENST00000440293	JPH4	Q96JJ6	628 aa		31.25	■■■□□ 2.59
HDAC7-213	ENST00000440293	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	31.23	■■■□□ 2.59
HDAC7-213	ENST00000440293	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	31.22	■■■□□ 2.59
HDAC7-213	ENST00000440293	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.06	■■■□□ 2.56

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