RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438888.5

PRAME-208, Transcript of preferentially expressed antigen in melanoma, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 4

Gene PRAME, Length 566 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRAME-208ENST00000438888 NISCHQ9Y2I1 1504 aa30.82■■■□□ 2.52
PRAME-208ENST00000438888 ABCC9O60706 1549 aa27.81■■■□□ 2.04
PRAME-208ENST00000438888 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.63■■■□□ 2.01
PRAME-208ENST00000438888 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.36■■□□□ 1.81
PRAME-208ENST00000438888 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.17■■□□□ 1.78
PRAME-208ENST00000438888 NACADO15069 1562 aa26.14■■□□□ 1.78
PRAME-208ENST00000438888 DNAJC5BQ9UF47 199 aa26.08■■□□□ 1.77
PRAME-208ENST00000438888 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP25.9■■□□□ 1.74
PRAME-208ENST00000438888 UNC13AQ9UPW8 1703 aa25.72■■□□□ 1.71
PRAME-208ENST00000438888 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.71■■□□□ 1.71
PRAME-208ENST00000438888 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.59■■□□□ 1.69
PRAME-208ENST00000438888 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.54■■□□□ 1.68
PRAME-208ENST00000438888 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.38■■□□□ 1.65
PRAME-208ENST00000438888 SCRIBQ14160 1630 aa25.3■■□□□ 1.64
PRAME-208ENST00000438888 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.18■■□□□ 1.62
PRAME-208ENST00000438888 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.05■■□□□ 1.6
PRAME-208ENST00000438888 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.02■■□□□ 1.6
PRAME-208ENST00000438888 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.99■■□□□ 1.59
PRAME-208ENST00000438888 NCAPD3P42695 1498 aa24.13■■□□□ 1.45
PRAME-208ENST00000438888 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.1■■□□□ 1.45
PRAME-208ENST00000438888 SMARCA4P51532 1647 aa24.06■■□□□ 1.44
PRAME-208ENST00000438888 ERCC6Q03468 1493 aa24.01■■□□□ 1.43
PRAME-208ENST00000438888 SMARCA2P51531 1590 aa24.01■■□□□ 1.43
PRAME-208ENST00000438888 HMGXB3Q12766 1538 aa23.96■■□□□ 1.43
PRAME-208ENST00000438888 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.94■■□□□ 1.42
PRAME-208ENST00000438888 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.92■■□□□ 1.42
PRAME-208ENST00000438888 CUX2O14529 1486 aa23.9■■□□□ 1.42
PRAME-208ENST00000438888 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.89■■□□□ 1.42
PRAME-208ENST00000438888 NESP48681 1621 aa23.87■■□□□ 1.41
PRAME-208ENST00000438888 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.78■■□□□ 1.4
PRAME-208ENST00000438888 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.76■■□□□ 1.39
PRAME-208ENST00000438888 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.61■■□□□ 1.37
PRAME-208ENST00000438888 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.58■■□□□ 1.37
PRAME-208ENST00000438888 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa23.51■■□□□ 1.35
PRAME-208ENST00000438888 PDS5BQ9NTI5 1447 aa23.5■■□□□ 1.35
PRAME-208ENST00000438888 WIZO95785 1651 aa23.49■■□□□ 1.35
PRAME-208ENST00000438888 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.43■■□□□ 1.34
PRAME-208ENST00000438888 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.32■■□□□ 1.32
PRAME-208ENST00000438888 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.26■■□□□ 1.31
PRAME-208ENST00000438888 WDR62O43379 1518 aa23.24■■□□□ 1.31
PRAME-208ENST00000438888 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.24■■□□□ 1.31
PRAME-208ENST00000438888 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.2■■□□□ 1.3
PRAME-208ENST00000438888 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.18■■□□□ 1.3
PRAME-208ENST00000438888 CFTRP13569 1480 aa23.15■■□□□ 1.3
PRAME-208ENST00000438888 TRIM41Q8WV44 630 aa23.01■■□□□ 1.27
PRAME-208ENST00000438888 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.01■■□□□ 1.27
PRAME-208ENST00000438888 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.92■■□□□ 1.26
PRAME-208ENST00000438888 PRDM2Q13029 1718 aa22.85■■□□□ 1.25
PRAME-208ENST00000438888 OSCARQ8IYS5 282 aa22.82■■□□□ 1.24
PRAME-208ENST00000438888 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.76■■□□□ 1.23
PRAME-208ENST00000438888 IFT140Q96RY7 1462 aa22.74■■□□□ 1.23
PRAME-208ENST00000438888 TOPBP1Q92547 1522 aa22.74■■□□□ 1.23
PRAME-208ENST00000438888 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.65■■□□□ 1.22
PRAME-208ENST00000438888 ABCC8Q09428 1581 aa22.63■■□□□ 1.21
PRAME-208ENST00000438888 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP22.61■■□□□ 1.21
PRAME-208ENST00000438888 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.54■■□□□ 1.22e-40■■■■■ 46.8
PRAME-208ENST00000438888 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa22.54■■□□□ 1.2
PRAME-208ENST00000438888 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa22.54■■□□□ 1.2
PRAME-208ENST00000438888 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa22.54■■□□□ 1.2
PRAME-208ENST00000438888 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP22.52■■□□□ 1.2
PRAME-208ENST00000438888 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.52■■□□□ 1.2
PRAME-208ENST00000438888 ARHGEF11O15085 1522 aa22.48■■□□□ 1.19
PRAME-208ENST00000438888 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.47■■□□□ 1.19
PRAME-208ENST00000438888 FBLN2P98095 1184 aa22.46■■□□□ 1.19
PRAME-208ENST00000438888 CHD1O14646 1710 aa22.43■■□□□ 1.18
PRAME-208ENST00000438888 SOGA1O94964 1423 aa22.41■■□□□ 1.18
PRAME-208ENST00000438888 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.4■■□□□ 1.18
PRAME-208ENST00000438888 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.39■■□□□ 1.17
PRAME-208ENST00000438888 CYB5RLQ6IPT4 315 aa22.35■■□□□ 1.17
PRAME-208ENST00000438888 CUX1P39880 1505 aa22.35■■□□□ 1.17
PRAME-208ENST00000438888 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.32■■□□□ 1.16
PRAME-208ENST00000438888 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.31■■□□□ 1.16
PRAME-208ENST00000438888 ARAP1Q96P48 1450 aa22.27■■□□□ 1.16
PRAME-208ENST00000438888 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.23■■□□□ 1.15
PRAME-208ENST00000438888 WDR97A6NE52 1622 aa22.23■■□□□ 1.15
PRAME-208ENST00000438888 GRIN2BQ13224 1484 aa22.22■■□□□ 1.15
PRAME-208ENST00000438888 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.2■■□□□ 1.14
PRAME-208ENST00000438888 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.16■■□□□ 1.14
PRAME-208ENST00000438888 SYNJ1O43426 1573 aa22.16■■□□□ 1.14
PRAME-208ENST00000438888 TRHP20396 242 aaPredicted RBP22.15■■□□□ 1.14
PRAME-208ENST00000438888 SYNJ2O15056 1496 aa22.15■■□□□ 1.14
PRAME-208ENST00000438888 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.15■■□□□ 1.14
PRAME-208ENST00000438888 PBRM1Q86U86 1689 aa22.11■■□□□ 1.13
PRAME-208ENST00000438888 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.09■■□□□ 1.13
PRAME-208ENST00000438888 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.06■■□□□ 1.12
PRAME-208ENST00000438888 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.01■■□□□ 1.11
PRAME-208ENST00000438888 GRIN2AQ12879 1464 aa21.94■■□□□ 1.1
PRAME-208ENST00000438888 TOP2BQ02880 1626 aa21.94■■□□□ 1.1
PRAME-208ENST00000438888 ADAMTS12P58397 1594 aa21.93■■□□□ 1.1
PRAME-208ENST00000438888 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa21.93■■□□□ 1.1
PRAME-208ENST00000438888 CEP170Q5SW79 1584 aa21.87■■□□□ 1.09
PRAME-208ENST00000438888 ERCC6L2Q5T890 1561 aa21.87■■□□□ 1.09
PRAME-208ENST00000438888 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.84■■□□□ 1.09
PRAME-208ENST00000438888 NUP160Q12769 1436 aa21.84■■□□□ 1.09
PRAME-208ENST00000438888 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.8■■□□□ 1.08
PRAME-208ENST00000438888 SHROOM2Q13796 1616 aa21.72■■□□□ 1.07
PRAME-208ENST00000438888 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP21.68■■□□□ 1.06
PRAME-208ENST00000438888 JPH4Q96JJ6 628 aa21.63■■□□□ 1.05
PRAME-208ENST00000438888 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa21.61■■□□□ 1.05
PRAME-208ENST00000438888 KIF27Q86VH2 1401 aa21.55■■□□□ 1.04
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