RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000433271.6

TMEM248-205, Transcript of transmembrane protein 248, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM248, Length 1,610 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM248-205ENST00000433271 NISCHQ9Y2I1 1504 aa61.78■■■■■ 7.48
TMEM248-205ENST00000433271 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa54.29■■■■■ 6.28
TMEM248-205ENST00000433271 ABCC9O60706 1549 aa51.97■■■■■ 5.91
TMEM248-205ENST00000433271 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP51.72■■■■■ 5.87
TMEM248-205ENST00000433271 DCAF8L2P0C7V8 631 aa51.2■■■■■ 5.79
TMEM248-205ENST00000433271 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa51.16■■■■■ 5.78
TMEM248-205ENST00000433271 MYO15BQ96JP2 1530 aa50.9■■■■■ 5.74
TMEM248-205ENST00000433271 NACADO15069 1562 aa50.79■■■■■ 5.72
TMEM248-205ENST00000433271 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa50.52■■■■■ 5.68
TMEM248-205ENST00000433271 SCRIBQ14160 1630 aa49.69■■■■■ 5.54
TMEM248-205ENST00000433271 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa49.65■■■■■ 5.54
TMEM248-205ENST00000433271 UNC13AQ9UPW8 1703 aa49.36■■■■■ 5.49
TMEM248-205ENST00000433271 BICRAQ9NZM4 1560 aa48.96■■■■■ 5.43
TMEM248-205ENST00000433271 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP48.84■■■■■ 5.41
TMEM248-205ENST00000433271 CECR2Q9BXF3 1484 aa48■■■■■ 5.28
TMEM248-205ENST00000433271 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP47.78■■■■■ 5.24
TMEM248-205ENST00000433271 MROH2BQ7Z745 1585 aa47.65■■■■■ 5.22
TMEM248-205ENST00000433271 SMARCA4P51532 1647 aa47.64■■■■■ 5.22
TMEM248-205ENST00000433271 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP47.59■■■■■ 5.21
TMEM248-205ENST00000433271 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP47.56■■■■■ 5.2
TMEM248-205ENST00000433271 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP47.41■■■■■ 5.18
TMEM248-205ENST00000433271 WIZO95785 1651 aa47.18■■■■■ 5.14
TMEM248-205ENST00000433271 PEG3Q9GZU2 1588 aa47.15■■■■■ 5.14
TMEM248-205ENST00000433271 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa47.1■■■■■ 5.13
TMEM248-205ENST00000433271 SMARCA2P51531 1590 aa47.08■■■■■ 5.13
TMEM248-205ENST00000433271 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa47.05■■■■■ 5.12
TMEM248-205ENST00000433271 NCAPD3P42695 1498 aa46.88■■■■■ 5.1
TMEM248-205ENST00000433271 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP46.76■■■■■ 5.08
TMEM248-205ENST00000433271 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP46.74■■■■■ 5.07
TMEM248-205ENST00000433271 HMGXB3Q12766 1538 aa46.72■■■■■ 5.07
TMEM248-205ENST00000433271 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.6■■■■■ 5.05
TMEM248-205ENST00000433271 CCDC88BA6NC98 1476 aa46.23■■■■■ 4.99
TMEM248-205ENST00000433271 CADPSQ9ULU8 1353 aa45.6■■■■■ 4.89
TMEM248-205ENST00000433271 CFTRP13569 1480 aa45.58■■■■■ 4.89
TMEM248-205ENST00000433271 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa45.4■■■■■ 4.86
TMEM248-205ENST00000433271 NESP48681 1621 aa45.36■■■■■ 4.85
TMEM248-205ENST00000433271 PRDM2Q13029 1718 aa45.24■■■■■ 4.83
TMEM248-205ENST00000433271 PDS5BQ9NTI5 1447 aa45.09■■■■■ 4.81
TMEM248-205ENST00000433271 FANCD2Q9BXW9 1451 aa45.05■■■■■ 4.8
TMEM248-205ENST00000433271 CHIC1Q5VXU3 224 aa44.99■■■■■ 4.79
TMEM248-205ENST00000433271 ABCC8Q09428 1581 aa44.92■■■■■ 4.78
TMEM248-205ENST00000433271 CEP164Q9UPV0 1460 aa44.86■■■■■ 4.77
TMEM248-205ENST00000433271 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP44.82■■■■■ 4.77
TMEM248-205ENST00000433271 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa44.81■■■■■ 4.76
TMEM248-205ENST00000433271 TRIM41Q8WV44 630 aa44.71■■■■■ 4.75
TMEM248-205ENST00000433271 ERCC6Q03468 1493 aa44.7■■■■■ 4.75
TMEM248-205ENST00000433271 SYNJ1O43426 1573 aa44.61■■■■■ 4.73
TMEM248-205ENST00000433271 CUX1P39880 1505 aa44.61■■■■■ 4.73
TMEM248-205ENST00000433271 TOP2BQ02880 1626 aa44.56■■■■■ 4.72
TMEM248-205ENST00000433271 MRC2Q9UBG0 1479 aa44.53■■■■■ 4.72
TMEM248-205ENST00000433271 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa44.52■■■■■ 4.72
TMEM248-205ENST00000433271 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP44.52■■■■■ 4.72
TMEM248-205ENST00000433271 DNMBPQ6XZF7 1577 aa44.51■■■■■ 4.72
TMEM248-205ENST00000433271 TOPBP1Q92547 1522 aa44.47■■■■■ 4.71
TMEM248-205ENST00000433271 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP44.33■■■■■ 4.69
TMEM248-205ENST00000433271 WDR62O43379 1518 aa44.33■■■■■ 4.69
TMEM248-205ENST00000433271 FGD5Q6ZNL6 1462 aa44.26■■■■■ 4.68
TMEM248-205ENST00000433271 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP44.19■■■■■ 4.66
TMEM248-205ENST00000433271 SOGA1O94964 1423 aa44.05■■■■■ 4.64
TMEM248-205ENST00000433271 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa44■■■■■ 4.63
TMEM248-205ENST00000433271 CUX2O14529 1486 aa43.98■■■■■ 4.63
TMEM248-205ENST00000433271 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa43.9■■■■■ 4.62
TMEM248-205ENST00000433271 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP43.88■■■■■ 4.61
TMEM248-205ENST00000433271 IFT140Q96RY7 1462 aa43.87■■■■■ 4.61
TMEM248-205ENST00000433271 EEA1Q15075 1411 aa43.8■■■■■ 4.6
TMEM248-205ENST00000433271 KIF27Q86VH2 1401 aa43.8■■■■■ 4.6
TMEM248-205ENST00000433271 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa43.79■■■■■ 4.6
TMEM248-205ENST00000433271 WDR97A6NE52 1622 aa43.78■■■■■ 4.6
TMEM248-205ENST00000433271 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP43.76■■■■■ 4.6
TMEM248-205ENST00000433271 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP43.66■■■■■ 4.58
TMEM248-205ENST00000433271 CSRNP3Q8WYN3 585 aa43.6■■■■■ 4.57
TMEM248-205ENST00000433271 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP43.58■■■■■ 4.57
TMEM248-205ENST00000433271 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.57■■■■■ 4.57
TMEM248-205ENST00000433271 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.56■■■■■ 4.56
TMEM248-205ENST00000433271 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP43.52■■■■■ 4.562e-6■□□□□ 11.3
TMEM248-205ENST00000433271 IGF1RP08069 1367 aa43.49■■■■■ 4.55
TMEM248-205ENST00000433271 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP43.42■■■■■ 4.54
TMEM248-205ENST00000433271 ERICH3Q5RHP9 1530 aa43.39■■■■■ 4.54
TMEM248-205ENST00000433271 GRIN2BQ13224 1484 aa43.36■■■■■ 4.53
TMEM248-205ENST00000433271 PBRM1Q86U86 1689 aa43.31■■■■■ 4.52
TMEM248-205ENST00000433271 PRXQ9BXM0 1461 aa43.27■■■■■ 4.52
TMEM248-205ENST00000433271 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa43.25■■■■■ 4.51
TMEM248-205ENST00000433271 CUL7Q14999 1698 aa43.21■■■■■ 4.51
TMEM248-205ENST00000433271 KIF21BO75037 1637 aa43.21■■■■■ 4.51
TMEM248-205ENST00000433271 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa43.18■■■■■ 4.5
TMEM248-205ENST00000433271 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa43.11■■■■■ 4.49
TMEM248-205ENST00000433271 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa43.11■■■■■ 4.49
TMEM248-205ENST00000433271 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP43.1■■■■■ 4.49
TMEM248-205ENST00000433271 FHAD1B1AJZ9 1412 aa43.1■■■■■ 4.49
TMEM248-205ENST00000433271 EHMT2Q96KQ7 1210 aa43.09■■■■■ 4.49
TMEM248-205ENST00000433271 GOLGA3Q08378 1498 aa43.09■■■■■ 4.49
TMEM248-205ENST00000433271 ADAMTS12P58397 1594 aa43.06■■■■■ 4.48
TMEM248-205ENST00000433271 UBTFP17480 764 aaKnown RBP42.93■■■■■ 4.46
TMEM248-205ENST00000433271 SYNJ2O15056 1496 aa42.92■■■■■ 4.46
TMEM248-205ENST00000433271 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP42.86■■■■■ 4.45
TMEM248-205ENST00000433271 TNIKQ9UKE5 1360 aa42.82■■■■■ 4.45
TMEM248-205ENST00000433271 GRIN2AQ12879 1464 aa42.8■■■■■ 4.44
TMEM248-205ENST00000433271 FBLN2P98095 1184 aa42.79■■■■■ 4.44
TMEM248-205ENST00000433271 CHD1O14646 1710 aa42.61■■■■■ 4.41
TMEM248-205ENST00000433271 NUP160Q12769 1436 aa42.56■■■■■ 4.4
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.3 ms