RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000425660.5

ACTB-204, Transcript of actin beta, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene ACTB, Length 1,845 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cell leading edge, Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Lamellipodium, Mitochondria, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ACTB-204ENST00000425660 NISCHQ9Y2I1 1504 aa34.47■■■■□ 3.11
ACTB-204ENST00000425660 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa30.03■■■□□ 2.4
ACTB-204ENST00000425660 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP28.99■■■□□ 2.23
ACTB-204ENST00000425660 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa28.57■■■□□ 2.16
ACTB-204ENST00000425660 ABCC9O60706 1549 aa28.36■■■□□ 2.13
ACTB-204ENST00000425660 DCAF8L2P0C7V8 631 aa28.3■■■□□ 2.12
ACTB-204ENST00000425660 MYO15BQ96JP2 1530 aa28.24■■■□□ 2.11
ACTB-204ENST00000425660 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa28.02■■■□□ 2.08
ACTB-204ENST00000425660 NACADO15069 1562 aa27.97■■■□□ 2.07
ACTB-204ENST00000425660 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa27.68■■■□□ 2.02
ACTB-204ENST00000425660 SCRIBQ14160 1630 aa27.55■■■□□ 2
ACTB-204ENST00000425660 UNC13AQ9UPW8 1703 aa27.08■■□□□ 1.93
ACTB-204ENST00000425660 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP27■■□□□ 1.91
ACTB-204ENST00000425660 BICRAQ9NZM4 1560 aa26.87■■□□□ 1.89
ACTB-204ENST00000425660 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP26.77■■□□□ 1.88
ACTB-204ENST00000425660 CECR2Q9BXF3 1484 aa26.75■■□□□ 1.87
ACTB-204ENST00000425660 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.73■■□□□ 1.875e-26■□□□□ 10.8
ACTB-204ENST00000425660 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP26.62■■□□□ 1.85
ACTB-204ENST00000425660 MROH2BQ7Z745 1585 aa26.61■■□□□ 1.85
ACTB-204ENST00000425660 SMARCA4P51532 1647 aa26.47■■□□□ 1.83
ACTB-204ENST00000425660 WIZO95785 1651 aa26.36■■□□□ 1.81
ACTB-204ENST00000425660 PEG3Q9GZU2 1588 aa26.21■■□□□ 1.79
ACTB-204ENST00000425660 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP26.13■■□□□ 1.77
ACTB-204ENST00000425660 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP26.05■■□□□ 1.76
ACTB-204ENST00000425660 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa26.05■■□□□ 1.76
ACTB-204ENST00000425660 SMARCA2P51531 1590 aa26.02■■□□□ 1.76
ACTB-204ENST00000425660 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.94■■□□□ 1.74
ACTB-204ENST00000425660 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP25.87■■□□□ 1.73
ACTB-204ENST00000425660 CCDC88BA6NC98 1476 aa25.86■■□□□ 1.73
ACTB-204ENST00000425660 NCAPD3P42695 1498 aa25.84■■□□□ 1.73
ACTB-204ENST00000425660 HMGXB3Q12766 1538 aa25.8■■□□□ 1.72
ACTB-204ENST00000425660 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.67■■□□□ 1.7
ACTB-204ENST00000425660 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.62■■□□□ 1.69
ACTB-204ENST00000425660 TRIM41Q8WV44 630 aa25.42■■□□□ 1.66
ACTB-204ENST00000425660 ABCC8Q09428 1581 aa25.29■■□□□ 1.64
ACTB-204ENST00000425660 CFTRP13569 1480 aa25.27■■□□□ 1.64
ACTB-204ENST00000425660 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP25.17■■□□□ 1.623e-23■■□□□ 11.8
ACTB-204ENST00000425660 CADPSQ9ULU8 1353 aa25.15■■□□□ 1.62
ACTB-204ENST00000425660 PRDM2Q13029 1718 aa25.07■■□□□ 1.6
ACTB-204ENST00000425660 SYNJ1O43426 1573 aa25.05■■□□□ 1.6
ACTB-204ENST00000425660 TOP2BQ02880 1626 aa24.97■■□□□ 1.59
ACTB-204ENST00000425660 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa24.94■■□□□ 1.58
ACTB-204ENST00000425660 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.92■■□□□ 1.58
ACTB-204ENST00000425660 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa24.89■■□□□ 1.58
ACTB-204ENST00000425660 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP24.89■■□□□ 1.57
ACTB-204ENST00000425660 CUX1P39880 1505 aa24.88■■□□□ 1.57
ACTB-204ENST00000425660 EEA1Q15075 1411 aa24.87■■□□□ 1.57
ACTB-204ENST00000425660 NESP48681 1621 aa24.86■■□□□ 1.57
ACTB-204ENST00000425660 SOGA1O94964 1423 aa24.85■■□□□ 1.57
ACTB-204ENST00000425660 FANCD2Q9BXW9 1451 aa24.85■■□□□ 1.57
ACTB-204ENST00000425660 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa24.74■■□□□ 1.55
ACTB-204ENST00000425660 PDS5BQ9NTI5 1447 aa24.72■■□□□ 1.55
ACTB-204ENST00000425660 CEP164Q9UPV0 1460 aa24.68■■□□□ 1.54
ACTB-204ENST00000425660 CSRNP3Q8WYN3 585 aa24.68■■□□□ 1.54
ACTB-204ENST00000425660 DNMBPQ6XZF7 1577 aa24.64■■□□□ 1.54
ACTB-204ENST00000425660 FGD5Q6ZNL6 1462 aa24.59■■□□□ 1.53
ACTB-204ENST00000425660 TOPBP1Q92547 1522 aa24.59■■□□□ 1.53
ACTB-204ENST00000425660 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP24.54■■□□□ 1.52
ACTB-204ENST00000425660 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa24.54■■□□□ 1.52
ACTB-204ENST00000425660 KIF27Q86VH2 1401 aa24.53■■□□□ 1.52
ACTB-204ENST00000425660 KIF21BO75037 1637 aa24.51■■□□□ 1.51
ACTB-204ENST00000425660 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP24.49■■□□□ 1.51
ACTB-204ENST00000425660 GOLGA3Q08378 1498 aa24.49■■□□□ 1.51
ACTB-204ENST00000425660 EHMT2Q96KQ7 1210 aa24.47■■□□□ 1.51
ACTB-204ENST00000425660 TNIKQ9UKE5 1360 aa24.44■■□□□ 1.5
ACTB-204ENST00000425660 CUX2O14529 1486 aa24.43■■□□□ 1.5
ACTB-204ENST00000425660 PRXQ9BXM0 1461 aa24.42■■□□□ 1.5
ACTB-204ENST00000425660 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa24.42■■□□□ 1.5
ACTB-204ENST00000425660 MRC2Q9UBG0 1479 aa24.39■■□□□ 1.49
ACTB-204ENST00000425660 ERICH3Q5RHP9 1530 aa24.37■■□□□ 1.49
ACTB-204ENST00000425660 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa24.37■■□□□ 1.49
ACTB-204ENST00000425660 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa24.36■■□□□ 1.49
ACTB-204ENST00000425660 IGF1RP08069 1367 aa24.33■■□□□ 1.48
ACTB-204ENST00000425660 ERCC6Q03468 1493 aa24.32■■□□□ 1.48
ACTB-204ENST00000425660 UBTFP17480 764 aaKnown RBP24.31■■□□□ 1.48
ACTB-204ENST00000425660 WDR97A6NE52 1622 aa24.3■■□□□ 1.48
ACTB-204ENST00000425660 CEP162Q5TB80 1403 aa24.29■■□□□ 1.48
ACTB-204ENST00000425660 WDR62O43379 1518 aa24.29■■□□□ 1.48
ACTB-204ENST00000425660 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP24.23■■□□□ 1.47
ACTB-204ENST00000425660 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa24.2■■□□□ 1.46
ACTB-204ENST00000425660 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP24.18■■□□□ 1.46
ACTB-204ENST00000425660 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa24.18■■□□□ 1.46
ACTB-204ENST00000425660 GAPVD1Q14C86 1478 aa24.13■■□□□ 1.45
ACTB-204ENST00000425660 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP24.12■■□□□ 1.45
ACTB-204ENST00000425660 IFT140Q96RY7 1462 aa24.11■■□□□ 1.45
ACTB-204ENST00000425660 CUL7Q14999 1698 aa24.11■■□□□ 1.45
ACTB-204ENST00000425660 CLIP1P30622 1438 aa24.08■■□□□ 1.45
ACTB-204ENST00000425660 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.97■■□□□ 1.433e-16■■■■■ 37.4
ACTB-204ENST00000425660 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.95■■□□□ 1.43
ACTB-204ENST00000425660 PBRM1Q86U86 1689 aa23.94■■□□□ 1.42
ACTB-204ENST00000425660 GRIN2BQ13224 1484 aa23.94■■□□□ 1.42
ACTB-204ENST00000425660 VPS8Q8N3P4 1428 aa23.91■■□□□ 1.42
ACTB-204ENST00000425660 FHAD1B1AJZ9 1412 aa23.88■■□□□ 1.41
ACTB-204ENST00000425660 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.87■■□□□ 1.41
ACTB-204ENST00000425660 ADAMTS12P58397 1594 aa23.86■■□□□ 1.41
ACTB-204ENST00000425660 ARAP1Q96P48 1450 aa23.86■■□□□ 1.41
ACTB-204ENST00000425660 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa23.85■■□□□ 1.41
ACTB-204ENST00000425660 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP23.84■■□□□ 1.41
ACTB-204ENST00000425660 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP23.82■■□□□ 1.4
ACTB-204ENST00000425660 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 6.3 ms