RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000411819.1

MSH6-202, Transcript of mutS homolog 6, humanhuman

TSL 4

Gene MSH6, Length 548 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH6-202ENST00000411819 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.45■■■■■ 6.47
MSH6-202ENST00000411819 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.69■■■■■ 5.55
MSH6-202ENST00000411819 ABCC9O60706 1549 aa49.37■■■■■ 5.49
MSH6-202ENST00000411819 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.13■■■■■ 5.14
MSH6-202ENST00000411819 NACADO15069 1562 aa46.85■■■■■ 5.09
MSH6-202ENST00000411819 DCAF8L2P0C7V8 631 aa46.7■■■■■ 5.07
MSH6-202ENST00000411819 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.26■■■■■ 5
MSH6-202ENST00000411819 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.11■■■■■ 4.97
MSH6-202ENST00000411819 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.05■■■■■ 4.96
MSH6-202ENST00000411819 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.96■■■■■ 4.95
MSH6-202ENST00000411819 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.89■■■■■ 4.94
MSH6-202ENST00000411819 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.8■■■■■ 4.92
MSH6-202ENST00000411819 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.71■■■■■ 4.91
MSH6-202ENST00000411819 SCRIBQ14160 1630 aa45.34■■■■■ 4.85
MSH6-202ENST00000411819 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.13■■■■■ 4.82
MSH6-202ENST00000411819 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.61■■■■■ 4.73
MSH6-202ENST00000411819 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.59■■■■■ 4.73
MSH6-202ENST00000411819 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.42■■■■■ 4.7
MSH6-202ENST00000411819 SMARCA4P51532 1647 aa43.24■■■■■ 4.51
MSH6-202ENST00000411819 NCAPD3P42695 1498 aa43.19■■■■■ 4.51
MSH6-202ENST00000411819 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.14■■■■■ 4.5
MSH6-202ENST00000411819 SMARCA2P51531 1590 aa43.08■■■■■ 4.49
MSH6-202ENST00000411819 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.06■■■■■ 4.48
MSH6-202ENST00000411819 HMGXB3Q12766 1538 aa42.97■■■■■ 4.47
MSH6-202ENST00000411819 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.8■■■■■ 4.44
MSH6-202ENST00000411819 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.77■■■■■ 4.44
MSH6-202ENST00000411819 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.74■■■■■ 4.43
MSH6-202ENST00000411819 ERCC6Q03468 1493 aa42.64■■■■■ 4.42
MSH6-202ENST00000411819 NESP48681 1621 aa42.49■■■■■ 4.39
MSH6-202ENST00000411819 CUX2O14529 1486 aa42.39■■■■■ 4.38
MSH6-202ENST00000411819 WIZO95785 1651 aa42.29■■■■■ 4.36
MSH6-202ENST00000411819 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.25■■■■■ 4.35
MSH6-202ENST00000411819 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.02■■■■■ 4.32
MSH6-202ENST00000411819 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.02■■■■■ 4.32
MSH6-202ENST00000411819 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.96■■■■■ 4.31
MSH6-202ENST00000411819 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP41.94■■■■■ 4.3
MSH6-202ENST00000411819 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.92■■■■■ 4.3
MSH6-202ENST00000411819 CADPSQ9ULU8 1353 aa41.91■■■■■ 4.3
MSH6-202ENST00000411819 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.77■■■■■ 4.28
MSH6-202ENST00000411819 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.61■■■■■ 4.25
MSH6-202ENST00000411819 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.53■■■■■ 4.24
MSH6-202ENST00000411819 CFTRP13569 1480 aa41.51■■■■■ 4.24
MSH6-202ENST00000411819 WDR62O43379 1518 aa41.49■■■■■ 4.23
MSH6-202ENST00000411819 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.49■■■■■ 4.23
MSH6-202ENST00000411819 PRDM2Q13029 1718 aa41.26■■■■■ 4.2
MSH6-202ENST00000411819 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.24■■■■■ 4.19
MSH6-202ENST00000411819 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.12■■■■■ 4.17
MSH6-202ENST00000411819 TOPBP1Q92547 1522 aa40.74■■■■■ 4.11
MSH6-202ENST00000411819 IFT140Q96RY7 1462 aa40.66■■■■■ 4.1
MSH6-202ENST00000411819 ABCC8Q09428 1581 aa40.65■■■■■ 4.1
MSH6-202ENST00000411819 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.65■■■■■ 4.1
MSH6-202ENST00000411819 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.56■■■■■ 4.08
MSH6-202ENST00000411819 OSCARQ8IYS5 282 aa40.46■■■■■ 4.07
MSH6-202ENST00000411819 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.42■■■■■ 4.06
MSH6-202ENST00000411819 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.38■■■■■ 4.05
MSH6-202ENST00000411819 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.35■■■■■ 4.05
MSH6-202ENST00000411819 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.35■■■■■ 4.05
MSH6-202ENST00000411819 TRIM41Q8WV44 630 aa40.33■■■■■ 4.05
MSH6-202ENST00000411819 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.22■■■■■ 4.038e-7■■■□□ 19
MSH6-202ENST00000411819 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.19■■■■■ 4.02
MSH6-202ENST00000411819 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.15■■■■■ 4.02
MSH6-202ENST00000411819 CUX1P39880 1505 aa40.15■■■■■ 4.02
MSH6-202ENST00000411819 SOGA1O94964 1423 aa40.14■■■■■ 4.02
MSH6-202ENST00000411819 CHD1O14646 1710 aa40.08■■■■■ 4.01
MSH6-202ENST00000411819 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.03■■■■■ 4
MSH6-202ENST00000411819 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.99■■■■□ 3.99
MSH6-202ENST00000411819 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.99■■■■□ 3.99
MSH6-202ENST00000411819 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.99■■■■□ 3.99
MSH6-202ENST00000411819 WDR97A6NE52 1622 aa39.98■■■■□ 3.99
MSH6-202ENST00000411819 FBLN2P98095 1184 aa39.94■■■■□ 3.98
MSH6-202ENST00000411819 ARHGEF11O15085 1522 aa39.88■■■■□ 3.97
MSH6-202ENST00000411819 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa39.88■■■■□ 3.97
MSH6-202ENST00000411819 GRIN2BQ13224 1484 aa39.78■■■■□ 3.96
MSH6-202ENST00000411819 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.75■■■■□ 3.95
MSH6-202ENST00000411819 PBRM1Q86U86 1689 aa39.73■■■■□ 3.95
MSH6-202ENST00000411819 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.69■■■■□ 3.94
MSH6-202ENST00000411819 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.68■■■■□ 3.94
MSH6-202ENST00000411819 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP39.66■■■■□ 3.94
MSH6-202ENST00000411819 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.64■■■■□ 3.94
MSH6-202ENST00000411819 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.63■■■■□ 3.93
MSH6-202ENST00000411819 SYNJ2O15056 1496 aa39.62■■■■□ 3.93
MSH6-202ENST00000411819 SYNJ1O43426 1573 aa39.61■■■■□ 3.93
MSH6-202ENST00000411819 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.61■■■■□ 3.93
MSH6-202ENST00000411819 TOP2BQ02880 1626 aa39.61■■■■□ 3.93
MSH6-202ENST00000411819 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.55■■■■□ 3.92
MSH6-202ENST00000411819 CYB5RLQ6IPT4 315 aa39.52■■■■□ 3.92
MSH6-202ENST00000411819 ARAP1Q96P48 1450 aa39.5■■■■□ 3.91
MSH6-202ENST00000411819 ADAMTS12P58397 1594 aa39.33■■■■□ 3.89
MSH6-202ENST00000411819 GRIN2AQ12879 1464 aa39.28■■■■□ 3.88
MSH6-202ENST00000411819 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.21■■■■□ 3.87
MSH6-202ENST00000411819 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.18■■■■□ 3.86
MSH6-202ENST00000411819 CEP170Q5SW79 1584 aa39.14■■■■□ 3.86
MSH6-202ENST00000411819 NUP160Q12769 1436 aa39.1■■■■□ 3.85
MSH6-202ENST00000411819 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.04■■■■□ 3.84
MSH6-202ENST00000411819 ERCC6L2Q5T890 1561 aa38.97■■■■□ 3.83
MSH6-202ENST00000411819 SHROOM2Q13796 1616 aa38.92■■■■□ 3.82
MSH6-202ENST00000411819 KIF27Q86VH2 1401 aa38.83■■■■□ 3.81
MSH6-202ENST00000411819 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa38.79■■■■□ 3.8
MSH6-202ENST00000411819 CUL7Q14999 1698 aa38.75■■■■□ 3.79
MSH6-202ENST00000411819 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP38.72■■■■□ 3.79
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