RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000403441.1

PRAME-204, Transcript of preferentially expressed antigen in melanoma, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 3

Gene PRAME, Length 567 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRAME-204ENST00000403441 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.02■■■□□ 2.56
PRAME-204ENST00000403441 ABCC9O60706 1549 aa27.99■■■□□ 2.07
PRAME-204ENST00000403441 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.93■■■□□ 2.06
PRAME-204ENST00000403441 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.64■■□□□ 1.86
PRAME-204ENST00000403441 NACADO15069 1562 aa26.42■■□□□ 1.82
PRAME-204ENST00000403441 DNAJC5BQ9UF47 199 aa26.27■■□□□ 1.8
PRAME-204ENST00000403441 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.22■■□□□ 1.79
PRAME-204ENST00000403441 MYO15BQ96JP2 1530 aa26.02■■□□□ 1.76
PRAME-204ENST00000403441 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.01■■□□□ 1.75
PRAME-204ENST00000403441 UNC13AQ9UPW8 1703 aa25.97■■□□□ 1.75
PRAME-204ENST00000403441 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.8■■□□□ 1.72
PRAME-204ENST00000403441 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.7■■□□□ 1.7
PRAME-204ENST00000403441 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.64■■□□□ 1.7
PRAME-204ENST00000403441 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.54■■□□□ 1.68
PRAME-204ENST00000403441 SCRIBQ14160 1630 aa25.43■■□□□ 1.66
PRAME-204ENST00000403441 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.29■■□□□ 1.64
PRAME-204ENST00000403441 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.24■■□□□ 1.63
PRAME-204ENST00000403441 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.21■■□□□ 1.63
PRAME-204ENST00000403441 NCAPD3P42695 1498 aa24.36■■□□□ 1.49
PRAME-204ENST00000403441 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.27■■□□□ 1.48
PRAME-204ENST00000403441 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa24.26■■□□□ 1.47
PRAME-204ENST00000403441 SMARCA2P51531 1590 aa24.25■■□□□ 1.47
PRAME-204ENST00000403441 SMARCA4P51532 1647 aa24.24■■□□□ 1.47
PRAME-204ENST00000403441 ERCC6Q03468 1493 aa24.23■■□□□ 1.47
PRAME-204ENST00000403441 CUX2O14529 1486 aa24.21■■□□□ 1.47
PRAME-204ENST00000403441 HMGXB3Q12766 1538 aa24.2■■□□□ 1.47
PRAME-204ENST00000403441 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.12■■□□□ 1.45
PRAME-204ENST00000403441 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.07■■□□□ 1.44
PRAME-204ENST00000403441 PEG3Q9GZU2 1588 aa24■■□□□ 1.43
PRAME-204ENST00000403441 NESP48681 1621 aa23.99■■□□□ 1.43
PRAME-204ENST00000403441 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.88■■□□□ 1.41
PRAME-204ENST00000403441 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.86■■□□□ 1.41
PRAME-204ENST00000403441 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.81■■□□□ 1.4
PRAME-204ENST00000403441 PDS5BQ9NTI5 1447 aa23.74■■□□□ 1.39
PRAME-204ENST00000403441 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa23.7■■□□□ 1.39
PRAME-204ENST00000403441 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.62■■□□□ 1.37
PRAME-204ENST00000403441 WIZO95785 1651 aa23.6■■□□□ 1.37
PRAME-204ENST00000403441 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.53■■□□□ 1.36
PRAME-204ENST00000403441 WDR62O43379 1518 aa23.47■■□□□ 1.35
PRAME-204ENST00000403441 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.43■■□□□ 1.34
PRAME-204ENST00000403441 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.37■■□□□ 1.33
PRAME-204ENST00000403441 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.35■■□□□ 1.33
PRAME-204ENST00000403441 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.33■■□□□ 1.33
PRAME-204ENST00000403441 CFTRP13569 1480 aa23.33■■□□□ 1.33
PRAME-204ENST00000403441 TRIM41Q8WV44 630 aa23.17■■□□□ 1.3
PRAME-204ENST00000403441 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.16■■□□□ 1.3
PRAME-204ENST00000403441 PRDM2Q13029 1718 aa23.12■■□□□ 1.29
PRAME-204ENST00000403441 OSCARQ8IYS5 282 aa23.05■■□□□ 1.28
PRAME-204ENST00000403441 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.03■■□□□ 1.28
PRAME-204ENST00000403441 IFT140Q96RY7 1462 aa22.96■■□□□ 1.27
PRAME-204ENST00000403441 TOPBP1Q92547 1522 aa22.91■■□□□ 1.26
PRAME-204ENST00000403441 ABCC8Q09428 1581 aa22.89■■□□□ 1.25
PRAME-204ENST00000403441 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.88■■□□□ 1.25
PRAME-204ENST00000403441 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.83■■□□□ 1.25
PRAME-204ENST00000403441 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP22.8■■□□□ 1.24
PRAME-204ENST00000403441 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa22.77■■□□□ 1.24
PRAME-204ENST00000403441 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa22.77■■□□□ 1.24
PRAME-204ENST00000403441 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa22.77■■□□□ 1.24
PRAME-204ENST00000403441 ARHGEF11O15085 1522 aa22.7■■□□□ 1.22
PRAME-204ENST00000403441 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP22.7■■□□□ 1.22
PRAME-204ENST00000403441 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.66■■□□□ 1.222e-41■■■■■ 43.9
PRAME-204ENST00000403441 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.66■■□□□ 1.22
PRAME-204ENST00000403441 CHD1O14646 1710 aa22.63■■□□□ 1.21
PRAME-204ENST00000403441 FBLN2P98095 1184 aa22.57■■□□□ 1.2
PRAME-204ENST00000403441 SOGA1O94964 1423 aa22.56■■□□□ 1.2
PRAME-204ENST00000403441 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.55■■□□□ 1.2
PRAME-204ENST00000403441 WDR97A6NE52 1622 aa22.52■■□□□ 1.2
PRAME-204ENST00000403441 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.51■■□□□ 1.19
PRAME-204ENST00000403441 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.51■■□□□ 1.19
PRAME-204ENST00000403441 CYB5RLQ6IPT4 315 aa22.5■■□□□ 1.19
PRAME-204ENST00000403441 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.47■■□□□ 1.19
PRAME-204ENST00000403441 CUX1P39880 1505 aa22.47■■□□□ 1.19
PRAME-204ENST00000403441 ARAP1Q96P48 1450 aa22.46■■□□□ 1.19
PRAME-204ENST00000403441 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.42■■□□□ 1.18
PRAME-204ENST00000403441 GRIN2BQ13224 1484 aa22.4■■□□□ 1.18
PRAME-204ENST00000403441 SYNJ1O43426 1573 aa22.38■■□□□ 1.17
PRAME-204ENST00000403441 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.38■■□□□ 1.17
PRAME-204ENST00000403441 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.37■■□□□ 1.17
PRAME-204ENST00000403441 SYNJ2O15056 1496 aa22.34■■□□□ 1.17
PRAME-204ENST00000403441 TRHP20396 242 aaPredicted RBP22.32■■□□□ 1.16
PRAME-204ENST00000403441 PBRM1Q86U86 1689 aa22.3■■□□□ 1.16
PRAME-204ENST00000403441 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.29■■□□□ 1.16
PRAME-204ENST00000403441 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.26■■□□□ 1.15
PRAME-204ENST00000403441 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.24■■□□□ 1.15
PRAME-204ENST00000403441 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.24■■□□□ 1.15
PRAME-204ENST00000403441 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.16■■□□□ 1.14
PRAME-204ENST00000403441 GRIN2AQ12879 1464 aa22.1■■□□□ 1.13
PRAME-204ENST00000403441 TOP2BQ02880 1626 aa22.09■■□□□ 1.13
PRAME-204ENST00000403441 ADAMTS12P58397 1594 aa22.09■■□□□ 1.13
PRAME-204ENST00000403441 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.09■■□□□ 1.13
PRAME-204ENST00000403441 NUP160Q12769 1436 aa22.02■■□□□ 1.12
PRAME-204ENST00000403441 CEP170Q5SW79 1584 aa22.02■■□□□ 1.12
PRAME-204ENST00000403441 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.01■■□□□ 1.11
PRAME-204ENST00000403441 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.99■■□□□ 1.11
PRAME-204ENST00000403441 ERCC6L2Q5T890 1561 aa21.98■■□□□ 1.11
PRAME-204ENST00000403441 SHROOM2Q13796 1616 aa21.94■■□□□ 1.1
PRAME-204ENST00000403441 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP21.82■■□□□ 1.08
PRAME-204ENST00000403441 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa21.78■■□□□ 1.08
PRAME-204ENST00000403441 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP21.77■■□□□ 1.08
PRAME-204ENST00000403441 JPH4Q96JJ6 628 aa21.77■■□□□ 1.08
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