RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000395682.3

SHMT1-204, Transcript of serine hydroxymethyltransferase 1, humanhuman

TSL 2

Gene SHMT1, Length 570 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1-204ENST00000395682 NISCHQ9Y2I1 1504 aa57.68■■■■■ 6.82
SHMT1-204ENST00000395682 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa51.27■■■■■ 5.8
SHMT1-204ENST00000395682 ABCC9O60706 1549 aa50.52■■■■■ 5.68
SHMT1-204ENST00000395682 DCAF8L2P0C7V8 631 aa48.49■■■■■ 5.35
SHMT1-204ENST00000395682 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa48.43■■■■■ 5.34
SHMT1-204ENST00000395682 NACADO15069 1562 aa48.33■■■■■ 5.33
SHMT1-204ENST00000395682 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP47.96■■■■■ 5.27
SHMT1-204ENST00000395682 MYO15BQ96JP2 1530 aa47.93■■■■■ 5.26
SHMT1-204ENST00000395682 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa47.66■■■■■ 5.22
SHMT1-204ENST00000395682 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP47.27■■■■■ 5.16
SHMT1-204ENST00000395682 UNC13AQ9UPW8 1703 aa47.26■■■■■ 5.16
SHMT1-204ENST00000395682 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.98■■■■■ 5.11
SHMT1-204ENST00000395682 SCRIBQ14160 1630 aa46.84■■■■■ 5.09
SHMT1-204ENST00000395682 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.66■■■■■ 5.06
SHMT1-204ENST00000395682 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa46.4■■■■■ 5.02
SHMT1-204ENST00000395682 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.75■■■■■ 4.92
SHMT1-204ENST00000395682 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.63■■■■■ 4.9
SHMT1-204ENST00000395682 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.41■■■■■ 4.86
SHMT1-204ENST00000395682 SMARCA4P51532 1647 aa44.76■■■■■ 4.76
SHMT1-204ENST00000395682 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP44.69■■■■■ 4.75
SHMT1-204ENST00000395682 NCAPD3P42695 1498 aa44.65■■■■■ 4.74
SHMT1-204ENST00000395682 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa44.63■■■■■ 4.73
SHMT1-204ENST00000395682 SMARCA2P51531 1590 aa44.53■■■■■ 4.72
SHMT1-204ENST00000395682 MROH2BQ7Z745 1585 aa44.46■■■■■ 4.71
SHMT1-204ENST00000395682 HMGXB3Q12766 1538 aa44.33■■■■■ 4.69
SHMT1-204ENST00000395682 PEG3Q9GZU2 1588 aa44.31■■■■■ 4.68
SHMT1-204ENST00000395682 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP44.25■■■■■ 4.67
SHMT1-204ENST00000395682 WIZO95785 1651 aa43.95■■■■■ 4.63
SHMT1-204ENST00000395682 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP43.91■■■■■ 4.62
SHMT1-204ENST00000395682 NESP48681 1621 aa43.66■■■■■ 4.58
SHMT1-204ENST00000395682 ERCC6Q03468 1493 aa43.56■■■■■ 4.56
SHMT1-204ENST00000395682 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP43.45■■■■■ 4.55
SHMT1-204ENST00000395682 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.44■■■■■ 4.54
SHMT1-204ENST00000395682 CADPSQ9ULU8 1353 aa43.36■■■■■ 4.53
SHMT1-204ENST00000395682 PDS5BQ9NTI5 1447 aa43.23■■■■■ 4.51
SHMT1-204ENST00000395682 CUX2O14529 1486 aa43.13■■■■■ 4.49
SHMT1-204ENST00000395682 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa43.04■■■■■ 4.48
SHMT1-204ENST00000395682 CFTRP13569 1480 aa43.02■■■■■ 4.48
SHMT1-204ENST00000395682 CCDC88BA6NC98 1476 aa43.01■■■■■ 4.48
SHMT1-204ENST00000395682 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.93■■■■■ 4.46
SHMT1-204ENST00000395682 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.83■■■■■ 4.45
SHMT1-204ENST00000395682 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.78■■■■■ 4.44
SHMT1-204ENST00000395682 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.76■■■■■ 4.44
SHMT1-204ENST00000395682 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP42.76■■■■■ 4.44
SHMT1-204ENST00000395682 WDR62O43379 1518 aa42.59■■■■■ 4.41
SHMT1-204ENST00000395682 PRDM2Q13029 1718 aa42.53■■■■■ 4.4
SHMT1-204ENST00000395682 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.41■■■■■ 4.38
SHMT1-204ENST00000395682 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.19■■■■■ 4.34
SHMT1-204ENST00000395682 TOPBP1Q92547 1522 aa42.11■■■■■ 4.33
SHMT1-204ENST00000395682 ABCC8Q09428 1581 aa42.1■■■■■ 4.33
SHMT1-204ENST00000395682 DNMBPQ6XZF7 1577 aa42.01■■■■■ 4.32
SHMT1-204ENST00000395682 IFT140Q96RY7 1462 aa41.91■■■■■ 4.3
SHMT1-204ENST00000395682 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.76■■■■■ 4.28
SHMT1-204ENST00000395682 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP41.73■■■■■ 4.27
SHMT1-204ENST00000395682 CUX1P39880 1505 aa41.72■■■■■ 4.27
SHMT1-204ENST00000395682 SOGA1O94964 1423 aa41.63■■■■■ 4.26
SHMT1-204ENST00000395682 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP41.63■■■■■ 4.26
SHMT1-204ENST00000395682 FGD5Q6ZNL6 1462 aa41.61■■■■■ 4.25
SHMT1-204ENST00000395682 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa41.61■■■■■ 4.25
SHMT1-204ENST00000395682 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP41.53■■■■■ 4.24
SHMT1-204ENST00000395682 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP41.5■■■■■ 4.23
SHMT1-204ENST00000395682 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.45■■■■■ 4.23
SHMT1-204ENST00000395682 OSCARQ8IYS5 282 aa41.44■■■■■ 4.22
SHMT1-204ENST00000395682 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.4■■■■■ 4.22
SHMT1-204ENST00000395682 TOP2BQ02880 1626 aa41.27■■■■■ 4.2
SHMT1-204ENST00000395682 SYNJ1O43426 1573 aa41.26■■■■■ 4.2
SHMT1-204ENST00000395682 WDR97A6NE52 1622 aa41.23■■■■■ 4.19
SHMT1-204ENST00000395682 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa41.23■■■■■ 4.19
SHMT1-204ENST00000395682 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa41.18■■■■■ 4.18
SHMT1-204ENST00000395682 FBLN2P98095 1184 aa41.16■■■■■ 4.18
SHMT1-204ENST00000395682 GRIN2BQ13224 1484 aa41.11■■■■■ 4.17
SHMT1-204ENST00000395682 GAPVD1Q14C86 1478 aa41.11■■■■■ 4.17
SHMT1-204ENST00000395682 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa41.09■■■■■ 4.17
SHMT1-204ENST00000395682 CHD1O14646 1710 aa41.01■■■■■ 4.16
SHMT1-204ENST00000395682 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP41■■■■■ 4.15
SHMT1-204ENST00000395682 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.99■■■■■ 4.15
SHMT1-204ENST00000395682 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.98■■■■■ 4.15
SHMT1-204ENST00000395682 PBRM1Q86U86 1689 aa40.93■■■■■ 4.14
SHMT1-204ENST00000395682 SYNJ2O15056 1496 aa40.87■■■■■ 4.13
SHMT1-204ENST00000395682 TRIM41Q8WV44 630 aa40.75■■■■■ 4.11
SHMT1-204ENST00000395682 ERICH3Q5RHP9 1530 aa40.67■■■■■ 4.1
SHMT1-204ENST00000395682 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.66■■■■■ 4.1
SHMT1-204ENST00000395682 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.66■■■■■ 4.1
SHMT1-204ENST00000395682 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.66■■■■■ 4.1
SHMT1-204ENST00000395682 ARHGEF11O15085 1522 aa40.64■■■■■ 4.1
SHMT1-204ENST00000395682 FHAD1B1AJZ9 1412 aa40.62■■■■■ 4.09
SHMT1-204ENST00000395682 ADAMTS12P58397 1594 aa40.61■■■■■ 4.09
SHMT1-204ENST00000395682 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.58■■■■■ 4.09
SHMT1-204ENST00000395682 GRIN2AQ12879 1464 aa40.58■■■■■ 4.09
SHMT1-204ENST00000395682 KIF27Q86VH2 1401 aa40.56■■■■■ 4.08
SHMT1-204ENST00000395682 IGF1RP08069 1367 aa40.47■■■■■ 4.07
SHMT1-204ENST00000395682 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.43■■■■■ 4.06
SHMT1-204ENST00000395682 NUP160Q12769 1436 aa40.41■■■■■ 4.06
SHMT1-204ENST00000395682 CEP170Q5SW79 1584 aa40.35■■■■■ 4.05
SHMT1-204ENST00000395682 ARAP1Q96P48 1450 aa40.31■■■■■ 4.04
SHMT1-204ENST00000395682 CUL7Q14999 1698 aa40.22■■■■■ 4.03
SHMT1-204ENST00000395682 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa40.22■■■■■ 4.03
SHMT1-204ENST00000395682 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa40.15■■■■■ 4.02
SHMT1-204ENST00000395682 JPH4Q96JJ6 628 aa40.11■■■■■ 4.01
SHMT1-204ENST00000395682 SHROOM2Q13796 1616 aa40.06■■■■■ 4
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