RNA–Protein interactions for RNA: YLL039C

UBI4, Transcript of Ubiquitin, yeast

Gene UBI4, Length 1,146 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBI4	YLL039C	YJL045W	P47052	634 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VPS25	P47142	202 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PUS2	P53167	370 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	HOP2	P53187	214 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	ERG5	P54781	538 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	GPD1	Q00055	391 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	OPY2	Q06810	360 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PUS7	Q08647	676 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	APL4	Q12028	832 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	HRT3	Q12347	344 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YBL113C	Q7M4S9	792 aa		4.73	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	CCH1	P50077	2039 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YMR084W	A2P2R3	262 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	JIP3	O13555	125 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SPE1	P08432	466 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MRPS28	P21771	286 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	LRE1	P25579	583 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NFU1	P32860	256 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YBR056W	P38081	501 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	AIM3	P38266	947 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	NEM1	P38757	446 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YTA12	P40341	825 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	MOB1	P40484	314 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SHQ1	P40486	507 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	GTS1	P40956	396 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PXA1	P41909	870 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	ASG7	P46993	209 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	JSN1	P47135	1091 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.72	□□□□□ -1.65	not detected
UBI4	YLL039C	MON1	P53129	644 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	SLG1	P54867	378 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YMR102C	Q03177	834 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	PRM6	Q04705	352 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VPS38	Q05919	439 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	YCG1	Q06680	1035 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	VPS54	Q12071	889 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	DAP1	Q12091	152 aa		4.72	□□□□□ -1.65
UBI4	YLL039C	BI2	P03873	423 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BI4	P03879	638 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	HMG2	P12684	1045 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	APE1	P14904	514 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	VMA4	P22203	233 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PDE1	P22434	369 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	GYP6	P32806	458 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MRP4	P32902	394 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ABZ1	P37254	787 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PCH2	P38126	564 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	CBR1	P38626	284 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	QNS1	P38795	714 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PEX28	P38848	579 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YEL075C	P39972	122 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PFD1	P46988	109 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MRPL22	P53881	309 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ALF1	P53904	254 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	CEG1	Q01159	459 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	HER2	Q03557	464 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ARO80	Q04052	950 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	UTP5	Q04177	643 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ERV41	Q04651	352 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YDR222W	Q04925	415 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RCL1	Q08096	367 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DIS3	Q08162	1001 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	APC5	Q08683	685 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SPE3	Q12074	293 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	NBP2	Q12163	236 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BI3	Q9ZZW7	517 aa		4.71	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MTF2	P10849	440 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	EST1	P17214	699 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	AEP2	P22136	580 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DPB3	P27344	201 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RPS0A	P32905	252 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YKL050C	P35736	922 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RDH54	P38086	958 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RIM4	P38741	713 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	TDA3	P38758	523 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SET5	P38890	526 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	FHL1	P39521	936 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BTT1	P40314	149 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RPT2	P40327	437 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	CDC1	P40986	491 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	GUF1	P46943	645 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YGR021W	P53212	290 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YGR111W	P53265	400 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	TPP1	Q03796	238 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	TAF9	Q05027	157 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YSH1	Q06224	779 aa	Predicted RBP	4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	HDA2	Q06629	674 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	OMS1	Q06668	471 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DDC1	Q08949	612 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DAS2	Q12084	232 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RRD2	Q12461	358 aa		4.7	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SEC14	P24280	304 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PEX34	P25584	144 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RAD16	P31244	790 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	HXT1	P32465	570 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DSS4	P32601	143 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YKL077W	P36081	392 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MUD2	P36084	527 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YKR051W	P36142	418 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YBR053C	P38235	358 aa		4.69	□□□□□ -1.66

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