Protein–RNA interactions for Protein: Q12071

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, yeastyeast

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Length 889 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (RIP-Chip)
Gene UniProt Accession Gene Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score Detected Interaction
VPS54Q12071 YML009W-BYML009W-B 477 nt21.58■■□□□ 1.05
VPS54Q12071 NSR1YGR159C 1245 nt21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q12071 NOP1YDL014W 984 nt20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q12071 YKL036CYKL036C 393 nt19.41■□□□□ 0.7
VPS54Q12071 MDJ1YFL016C 1536 nt18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q12071 Q0297Q0297 156 nt18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q12071 SRX1YKL086W 384 nt18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q12071 YJL027CYJL027C 417 nt18.14■□□□□ 0.49
VPS54Q12071 SCS3YGL126W 1143 nt17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q12071 YCR051WYCR051W 669 nt17.42■□□□□ 0.38
VPS54Q12071 YOL085CYOL085C 342 nt16.84■□□□□ 0.29
VPS54Q12071 DBP2YNL112W 1641 nt16.82■□□□□ 0.28
VPS54Q12071 PKP1YIL042C 1185 nt16.61■□□□□ 0.25
VPS54Q12071 TRN1tP(UGG)A 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 SUF9tP(UGG)F 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 SUF8tP(UGG)H 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 tP(UGG)LtP(UGG)L 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 SUF7tP(UGG)M 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 tP(UGG)N1tP(UGG)N1 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 tP(UGG)N2tP(UGG)N2 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 tP(UGG)O1tP(UGG)O1 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 SUF11tP(UGG)O2 72 nt16.56■□□□□ 0.24
VPS54Q12071 RPP1BYDL130W 321 nt16.5■□□□□ 0.23
VPS54Q12071 CCC1YLR220W 969 nt16.42■□□□□ 0.22
VPS54Q12071 YBR190WYBR190W 312 nt16.12■□□□□ 0.17
VPS54Q12071 ATS1YAL020C 1002 nt15.85■□□□□ 0.13
VPS54Q12071 PET122YER153C 765 nt15.79■□□□□ 0.12
VPS54Q12071 RTC3YHR087W 336 nt15.78■□□□□ 0.12
VPS54Q12071 SCJ1YMR214W 1134 nt15.77■□□□□ 0.12
VPS54Q12071 RVS167YDR388W 1449 nt15.75■□□□□ 0.11
VPS54Q12071 tP(UGG)O3tP(UGG)O3 72 nt15.69■□□□□ 0.1
VPS54Q12071 SCR1SCR1 522 nt15.58■□□□□ 0.08
VPS54Q12071 RRN5YLR141W 1092 nt15.34■□□□□ 0.05
VPS54Q12071 SHR5YOL110W 714 nt15.24■□□□□ 0.03
VPS54Q12071 YDJ1YNL064C 1230 nt15.14■□□□□ 0.01
VPS54Q12071 YER088W-BYER088W-B 147 nt15.03■□□□□ -0
VPS54Q12071 RSB1YOR049C 1065 nt15.02■□□□□ -0
VPS54Q12071 GAR1YHR089C 618 nt14.84□□□□□ -0.03
VPS54Q12071 DEP1YAL013W 1218 nt14.84□□□□□ -0.03
VPS54Q12071 URN1YPR152C 1398 nt14.8□□□□□ -0.04
VPS54Q12071 PST2YDR032C 597 nt14.68□□□□□ -0.06
VPS54Q12071 PUT4YOR348C 1884 nt14.63□□□□□ -0.07
VPS54Q12071 SSA3YBL075C 1950 nt14.6□□□□□ -0.07
VPS54Q12071 OPI9YLR338W 858 nt14.56□□□□□ -0.08
VPS54Q12071 YNL208WYNL208W 600 nt14.56□□□□□ -0.08
VPS54Q12071 RPN10YHR200W 807 nt14.54□□□□□ -0.08
VPS54Q12071 SAH1YER043C 1350 nt14.49□□□□□ -0.09
VPS54Q12071 ARE1YCR048W 1833 nt14.39□□□□□ -0.11
VPS54Q12071 TIR1YER011W 765 nt14.33□□□□□ -0.12
VPS54Q12071 YHR049C-AYHR049C-A 297 nt14.19□□□□□ -0.14
VPS54Q12071 POA1YBR022W 534 nt14.18□□□□□ -0.14
VPS54Q12071 SSA1YAL005C 1929 nt14.17□□□□□ -0.14
VPS54Q12071 YJR018WYJR018W 363 nt14.12□□□□□ -0.15
VPS54Q12071 PUN1YLR414C 792 nt14.12□□□□□ -0.15
VPS54Q12071 YKL097CYKL097C 411 nt14.11□□□□□ -0.15
VPS54Q12071 SHU1YHL006C 453 nt14.09□□□□□ -0.15
VPS54Q12071 SRB2YHR041C 633 nt14□□□□□ -0.17
VPS54Q12071 PTC2YER089C 1395 nt13.97□□□□□ -0.17
VPS54Q12071 YJR120WYJR120W 351 nt13.96□□□□□ -0.17
VPS54Q12071 YAL037C-BYAL037C-B 975 nt13.89□□□□□ -0.19
VPS54Q12071 BUD23YCR047C 828 nt13.87□□□□□ -0.19
VPS54Q12071 BSC6YOL137W 1494 nt13.86□□□□□ -0.19
VPS54Q12071 RPP2BYDR382W 333 nt13.81□□□□□ -0.2
VPS54Q12071 NAB2YGL122C 1578 nt13.75□□□□□ -0.21
VPS54Q12071 WWM1YFL010C 636 nt13.74□□□□□ -0.21
VPS54Q12071 YGR021WYGR021W 873 nt13.6□□□□□ -0.23
VPS54Q12071 FIS1YIL065C 468 nt13.6□□□□□ -0.23
VPS54Q12071 HOM6YJR139C 1080 nt13.6□□□□□ -0.23
VPS54Q12071 DAL1YIR027C 1383 nt13.59□□□□□ -0.23
VPS54Q12071 FPR4YLR449W 1179 nt13.59□□□□□ -0.23
VPS54Q12071 INM2YDR287W 879 nt13.58□□□□□ -0.24
VPS54Q12071 MNP1YGL068W 585 nt13.58□□□□□ -0.24
VPS54Q12071 YOR139CYOR139C 393 nt13.58□□□□□ -0.24
VPS54Q12071 BDH2YAL061W 1254 nt13.57□□□□□ -0.24
VPS54Q12071 PHO4YFR034C 939 nt13.48□□□□□ -0.25
VPS54Q12071 YBL100CYBL100C 315 nt13.48□□□□□ -0.25
VPS54Q12071 YFL021C-AYFL021C-A 855 nt13.46□□□□□ -0.25
VPS54Q12071 NPL3YDR432W 1245 nt13.4□□□□□ -0.26
VPS54Q12071 RKM5YLR137W 1104 nt13.4□□□□□ -0.26
VPS54Q12071 LSM3YLR438C-A 270 nt13.39□□□□□ -0.27
VPS54Q12071 FUN26YAL022C 1554 nt13.33□□□□□ -0.28
VPS54Q12071 YOL037CYOL037C 354 nt13.31□□□□□ -0.28
VPS54Q12071 TRM9YML014W 840 nt13.3□□□□□ -0.28
VPS54Q12071 YPS1YLR120C 1710 nt13.19□□□□□ -0.3
VPS54Q12071 CCT6YDR188W 1641 nt13.17□□□□□ -0.3
VPS54Q12071 SPT5YML010W 3192 nt13.16□□□□□ -0.3
VPS54Q12071 YDR095CYDR095C 411 nt13.12□□□□□ -0.31
VPS54Q12071 ALF1YNL148C 765 nt13.11□□□□□ -0.31
VPS54Q12071 tM(CAU)CtM(CAU)C 72 nt13.04□□□□□ -0.32
VPS54Q12071 IMT4tM(CAU)E 72 nt13.04□□□□□ -0.32
VPS54Q12071 IMT3tM(CAU)J3 72 nt13.04□□□□□ -0.32
VPS54Q12071 IMT1tM(CAU)O1 72 nt13.04□□□□□ -0.32
VPS54Q12071 IMT2tM(CAU)P 72 nt13.04□□□□□ -0.32
VPS54Q12071 YHR165W-AYHR165W-A 312 nt13.04□□□□□ -0.32
VPS54Q12071 YLR281CYLR281C 468 nt13.03□□□□□ -0.32
VPS54Q12071 SUF2tP(AGG)C 72 nt13.02□□□□□ -0.33
VPS54Q12071 SUF10tP(AGG)N 72 nt13.02□□□□□ -0.33
VPS54Q12071 WHI5YOR083W 888 nt12.99□□□□□ -0.33
VPS54Q12071 MEP2YNL142W 1500 nt12.98□□□□□ -0.33
VPS54Q12071 PUS2YGL063W 1113 nt12.93□□□□□ -0.34
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