RNA–Protein interactions for RNA: YHR088W

RPF1, Transcript of Protein involved in assembly and export of the large ribosomal subunit, yeast

Gene RPF1, Length 888 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RPF1	YHR088W	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	AFR1	P33304	620 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	CTF13	P35203	478 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	DAS1	P47005	663 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	STB4	P50104	949 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	SLU7	Q02775	382 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	JIP5	Q06214	492 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	IRC10	Q08118	586 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	SWM1	Q12379	170 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	SEC21	P32074	935 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	DLT1	Q04216	342 aa		4.6	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	REC104	P33323	182 aa		4.59	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	YKL069W	P36088	180 aa		4.59	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	SPF1	P39986	1215 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	YIL108W	P40483	696 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	JSN1	P47135	1091 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.59	□□□□□ -1.67	not detected
RPF1	YHR088W	YKR011C	Q02209	353 aa		4.59	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	BUL2	Q03758	920 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	SSL1	Q04673	461 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	PRI2	P20457	528 aa		4.58	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	HBT1	Q07653	1046 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	YHL017W	P38745	532 aa		4.57	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	TDA5	Q06417	326 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	FRE5	Q08908	694 aa		4.57	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	TUB3	P09734	445 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	URA1	P28272	314 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	NGG1	P32494	702 aa		4.56	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	YHR078W	P38799	552 aa		4.56	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	ELO3	P40319	345 aa		4.56	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	ATF1	P40353	525 aa		4.56	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	SNU71	P53207	620 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	RPS9A	O13516	197 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	MPH2	P0CD99	609 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	CAF20	P12962	161 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	HBS1	P32769	611 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	MTH1	P35198	433 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	VAC8	P39968	578 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	TOK1	P40310	691 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	CEP3	P40969	608 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	AMA1	P50082	593 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	UTP8	P53276	713 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	HDA1	P53973	706 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	ADY4	Q05955	493 aa		4.55	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	RPD3	P32561	433 aa		4.54	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	YMR206W	Q03695	313 aa		4.54	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	SPO75	Q07798	868 aa		4.54	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	STE5	P32917	917 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	CUE2	P36075	443 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	SPC42	P36094	363 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	YBR184W	P38299	523 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	RPP1	P38786	293 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	SDS3	P40505	327 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	PFD1	P46988	109 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	NIT3	P49954	291 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	PUS2	P53167	370 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	NOG2	P53742	486 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	ASI2	P53895	289 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	ALD6	P54115	500 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	MUK1	Q02866	612 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	TRM13	Q12383	476 aa		4.53	□□□□□ -1.68
RPF1	YHR088W	ERP6	P53198	216 aa		4.52	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	GND2	P53319	492 aa		4.52	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	BDF2	Q07442	638 aa		4.52	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	FMP25	Q08023	583 aa		4.52	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	PET10	P36139	283 aa		4.51	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	ALR2	P43553	858 aa		4.51	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	PKH1	Q03407	766 aa		4.51	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	NDJ1	Q12366	352 aa		4.51	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	PPS1	P38148	807 aa		4.5	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	PZF1	P39933	429 aa		4.5	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	VHR1	P40522	640 aa		4.5	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	FKH2	P41813	862 aa		4.5	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	RIA1	P53893	1110 aa		4.5	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	ENV7	Q12003	364 aa		4.5	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	MSL5	Q12186	476 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.5	□□□□□ -1.69	not detected
RPF1	YHR088W	GFA1	P14742	717 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	CYS3	P31373	394 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	MUP1	P50276	574 aa		4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	DUS1	P53759	423 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	NAN1	Q02931	896 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	EAF1	Q06337	982 aa		4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	WRS1	Q12109	432 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	YPR071W	Q12346	211 aa		4.49	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	ILV6	P25605	309 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	YIR042C	P40586	236 aa		4.48	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	YJL163C	P46996	555 aa		4.48	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	OSH2	Q12451	1283 aa		4.48	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	ATG11	Q12527	1178 aa		4.48	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	CDC43	P18898	376 aa		4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	GRX1	P25373	110 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	RPL8B	P29453	256 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	ERT1	P38140	529 aa		4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	YBR053C	P38235	358 aa		4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	DAM1	P53267	343 aa		4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	CRR1	Q05790	422 aa		4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	MRH1	Q12117	320 aa	Predicted RBP	4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	SSF2	Q12153	453 aa	Predicted RBP	4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	HBN1	Q96VH4	193 aa		4.47	□□□□□ -1.69
RPF1	YHR088W	YLR415C	O13578	112 aa		4.46	□□□□□ -1.7
RPF1	YHR088W	LAT1	P12695	482 aa	Known RBP	4.46	□□□□□ -1.7

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