Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
SCN1BQ07699 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SCN1BQ07699 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN1BQ07699 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN1BQ07699 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SCN1BQ07699 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SCN1BQ07699 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN1BQ07699 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN1BQ07699 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN1BQ07699 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN1BQ07699 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN1BQ07699 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN1BQ07699 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN1BQ07699 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN1BQ07699 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
SCN1BQ07699 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SCN1BQ07699 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN1BQ07699 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SCN1BQ07699 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN1BQ07699 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN1BQ07699 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN1BQ07699 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SCN1BQ07699 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SCN1BQ07699 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN1BQ07699 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN1BQ07699 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN1BQ07699 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SCN1BQ07699 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SCN1BQ07699 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN1BQ07699 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SCN1BQ07699 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SCN1BQ07699 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SCN1BQ07699 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SCN1BQ07699 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SCN1BQ07699 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN1BQ07699 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN1BQ07699 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN1BQ07699 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN1BQ07699 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SCN1BQ07699 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN1BQ07699 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SCN1BQ07699 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SCN1BQ07699 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SCN1BQ07699 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SCN1BQ07699 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SCN1BQ07699 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SCN1BQ07699 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SCN1BQ07699 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SCN1BQ07699 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN1BQ07699 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN1BQ07699 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN1BQ07699 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN1BQ07699 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCN1BQ07699 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SCN1BQ07699 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SCN1BQ07699 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN1BQ07699 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SCN1BQ07699 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SCN1BQ07699 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN1BQ07699 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN1BQ07699 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SCN1BQ07699 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN1BQ07699 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN1BQ07699 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN1BQ07699 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.76
SCN1BQ07699 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SCN1BQ07699 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SCN1BQ07699 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SCN1BQ07699 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SCN1BQ07699 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SCN1BQ07699 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SCN1BQ07699 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SCN1BQ07699 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SCN1BQ07699 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SCN1BQ07699 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SCN1BQ07699 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SCN1BQ07699 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN1BQ07699 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN1BQ07699 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN1BQ07699 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN1BQ07699 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN1BQ07699 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SCN1BQ07699 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SCN1BQ07699 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN1BQ07699 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN1BQ07699 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN1BQ07699 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN1BQ07699 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SCN1BQ07699 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SCN1BQ07699 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SCN1BQ07699 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SCN1BQ07699 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN1BQ07699 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN1BQ07699 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN1BQ07699 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN1BQ07699 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.68
SCN1BQ07699 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
SCN1BQ07699 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN1BQ07699 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN1BQ07699 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms