Protein–RNA interactions for Protein: O60840

CACNA1F, Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1F, humanhuman

Predictions only

Length 1,977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CACNA1FO60840 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC43.82■■■■■ 4.61
CACNA1FO60840 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
CACNA1FO60840 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.69■■■■■ 4.42
CACNA1FO60840 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC42.66■■■■■ 4.42
CACNA1FO60840 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.56■■■■■ 4.4
CACNA1FO60840 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
CACNA1FO60840 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC42.31■■■■■ 4.36
CACNA1FO60840 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC42.01■■■■■ 4.32
CACNA1FO60840 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.65■■■■■ 4.26
CACNA1FO60840 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC41.62■■■■■ 4.25
CACNA1FO60840 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC41.5■■■■■ 4.23
CACNA1FO60840 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.27■■■■■ 4.2
CACNA1FO60840 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC41.18■■■■■ 4.18
CACNA1FO60840 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.99■■■■■ 4.15
CACNA1FO60840 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC40.99■■■■■ 4.15
CACNA1FO60840 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC40.77■■■■■ 4.12
CACNA1FO60840 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC40.7■■■■■ 4.11
CACNA1FO60840 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.68■■■■■ 4.1
CACNA1FO60840 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
CACNA1FO60840 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC40.44■■■■■ 4.07
CACNA1FO60840 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.19■■■■■ 4.02
CACNA1FO60840 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
CACNA1FO60840 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
CACNA1FO60840 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.77■■■■□ 3.96
CACNA1FO60840 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
CACNA1FO60840 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.63■■■■□ 3.93
CACNA1FO60840 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.56■■■■□ 3.92
CACNA1FO60840 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
CACNA1FO60840 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC39.43■■■■□ 3.9
CACNA1FO60840 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
CACNA1FO60840 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
CACNA1FO60840 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC39.29■■■■□ 3.88
CACNA1FO60840 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
CACNA1FO60840 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC39.2■■■■□ 3.87
CACNA1FO60840 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.05■■■■□ 3.84
CACNA1FO60840 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.04■■■■□ 3.84
CACNA1FO60840 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC39.04■■■■□ 3.84
CACNA1FO60840 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39■■■■□ 3.83
CACNA1FO60840 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.93■■■■□ 3.82
CACNA1FO60840 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC38.88■■■■□ 3.82
CACNA1FO60840 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC38.86■■■■□ 3.81
CACNA1FO60840 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.84■■■■□ 3.81
CACNA1FO60840 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.79■■■■□ 3.8
CACNA1FO60840 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC38.77■■■■□ 3.8
CACNA1FO60840 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.76■■■■□ 3.8
CACNA1FO60840 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC38.7■■■■□ 3.79
CACNA1FO60840 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC38.69■■■■□ 3.78
CACNA1FO60840 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
CACNA1FO60840 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC38.49■■■■□ 3.75
CACNA1FO60840 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.39■■■■□ 3.74
CACNA1FO60840 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.38■■■■□ 3.74
CACNA1FO60840 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.37■■■■□ 3.73
CACNA1FO60840 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC38.35■■■■□ 3.73
CACNA1FO60840 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC38.32■■■■□ 3.73
CACNA1FO60840 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC38.29■■■■□ 3.72
CACNA1FO60840 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.29■■■■□ 3.72
CACNA1FO60840 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
CACNA1FO60840 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC38.21■■■■□ 3.71
CACNA1FO60840 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
CACNA1FO60840 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
CACNA1FO60840 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
CACNA1FO60840 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC38■■■■□ 3.67
CACNA1FO60840 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
CACNA1FO60840 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.93■■■■□ 3.66
CACNA1FO60840 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
CACNA1FO60840 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CACNA1FO60840 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
CACNA1FO60840 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CACNA1FO60840 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC37.75■■■■□ 3.63
CACNA1FO60840 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
CACNA1FO60840 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.59■■■■□ 3.61
CACNA1FO60840 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC37.59■■■■□ 3.61
CACNA1FO60840 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
CACNA1FO60840 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
CACNA1FO60840 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CACNA1FO60840 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CACNA1FO60840 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC37.37■■■■□ 3.57
CACNA1FO60840 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
CACNA1FO60840 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CACNA1FO60840 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CACNA1FO60840 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CACNA1FO60840 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CACNA1FO60840 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CACNA1FO60840 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CACNA1FO60840 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CACNA1FO60840 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CACNA1FO60840 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CACNA1FO60840 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.26■■■■□ 3.55
CACNA1FO60840 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC37.25■■■■□ 3.55
CACNA1FO60840 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CACNA1FO60840 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CACNA1FO60840 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CACNA1FO60840 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CACNA1FO60840 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CACNA1FO60840 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
CACNA1FO60840 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
CACNA1FO60840 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC37.04■■■■□ 3.52
CACNA1FO60840 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.03■■■■□ 3.52
CACNA1FO60840 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
CACNA1FO60840 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC37.02■■■■□ 3.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms