Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SMARCAL1Q9NZC9 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SMARCAL1Q9NZC9 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCAL1Q9NZC9 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCAL1Q9NZC9 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
SMARCAL1Q9NZC9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCAL1Q9NZC9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms