Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC4Q9NPD3 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC4Q9NPD3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC4Q9NPD3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
EXOSC4Q9NPD3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
EXOSC4Q9NPD3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
EXOSC4Q9NPD3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
EXOSC4Q9NPD3 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
EXOSC4Q9NPD3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
EXOSC4Q9NPD3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms