Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF540Q8NDQ6 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF540Q8NDQ6 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF540Q8NDQ6 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.3 ms