Protein–RNA interactions for Protein: Q6P087

RPUSD3, Mitochondrial mRNA pseudouridine synthase RPUSD3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 351 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD3Q6P087 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RPUSD3Q6P087 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RPUSD3Q6P087 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RPUSD3Q6P087 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPUSD3Q6P087 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
RPUSD3Q6P087 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RPUSD3Q6P087 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPUSD3Q6P087 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms