Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSH2P43246 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH2P43246 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSH2P43246 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH2P43246 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH2P43246 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH2P43246 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH2P43246 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH2P43246 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH2P43246 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH2P43246 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
MSH2P43246 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
MSH2P43246 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSH2P43246 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSH2P43246 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSH2P43246 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSH2P43246 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSH2P43246 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSH2P43246 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSH2P43246 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSH2P43246 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH2P43246 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH2P43246 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH2P43246 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH2P43246 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
MSH2P43246 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH2P43246 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH2P43246 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH2P43246 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH2P43246 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH2P43246 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH2P43246 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH2P43246 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH2P43246 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSH2P43246 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSH2P43246 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSH2P43246 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
MSH2P43246 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
MSH2P43246 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSH2P43246 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSH2P43246 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSH2P43246 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSH2P43246 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSH2P43246 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSH2P43246 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSH2P43246 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
MSH2P43246 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
MSH2P43246 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSH2P43246 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSH2P43246 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSH2P43246 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
MSH2P43246 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
MSH2P43246 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
MSH2P43246 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
MSH2P43246 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
MSH2P43246 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
MSH2P43246 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
MSH2P43246 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
MSH2P43246 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
MSH2P43246 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
MSH2P43246 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
MSH2P43246 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSH2P43246 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSH2P43246 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSH2P43246 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSH2P43246 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSH2P43246 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSH2P43246 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
MSH2P43246 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
MSH2P43246 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
MSH2P43246 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
MSH2P43246 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
MSH2P43246 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MSH2P43246 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
MSH2P43246 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MSH2P43246 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
MSH2P43246 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MSH2P43246 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
MSH2P43246 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MSH2P43246 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
MSH2P43246 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MSH2P43246 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
MSH2P43246 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSH2P43246 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSH2P43246 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSH2P43246 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms