Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LDLRP01130 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LDLRP01130 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LDLRP01130 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LDLRP01130 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LDLRP01130 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LDLRP01130 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LDLRP01130 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LDLRP01130 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LDLRP01130 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LDLRP01130 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LDLRP01130 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LDLRP01130 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LDLRP01130 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LDLRP01130 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LDLRP01130 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LDLRP01130 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LDLRP01130 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LDLRP01130 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LDLRP01130 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDLRP01130 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDLRP01130 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDLRP01130 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDLRP01130 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDLRP01130 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LDLRP01130 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDLRP01130 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDLRP01130 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDLRP01130 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LDLRP01130 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
LDLRP01130 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LDLRP01130 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LDLRP01130 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LDLRP01130 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LDLRP01130 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LDLRP01130 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LDLRP01130 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDLRP01130 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDLRP01130 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDLRP01130 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LDLRP01130 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LDLRP01130 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LDLRP01130 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LDLRP01130 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDLRP01130 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDLRP01130 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDLRP01130 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LDLRP01130 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDLRP01130 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDLRP01130 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDLRP01130 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDLRP01130 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LDLRP01130 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LDLRP01130 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LDLRP01130 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LDLRP01130 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LDLRP01130 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LDLRP01130 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LDLRP01130 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LDLRP01130 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LDLRP01130 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
LDLRP01130 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LDLRP01130 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
LDLRP01130 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDLRP01130 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDLRP01130 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LDLRP01130 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LDLRP01130 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LDLRP01130 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LDLRP01130 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LDLRP01130 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LDLRP01130 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 550.3 ms