Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHOX2O60902 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHOX2O60902 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHOX2O60902 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHOX2O60902 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms