Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRPF3Q9ULD4 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRPF3Q9ULD4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms