Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms