Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 FBRSL1-206ENST00000542306 1246 ntTSL 518.35■□□□□ 0.534e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.55e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 GRAMD1A-212ENST00000600231 2534 ntTSL 222.56■■□□□ 1.25e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.455e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MCF2L-230ENST00000491028 573 ntTSL 417.66■□□□□ 0.429e-9■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MCF2L-217ENST00000441756 370 ntTSL 315.33■□□□□ 0.049e-9■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.567e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 TSC2-226ENST00000569930 2621 ntTSL 220.36■□□□□ 0.857e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PMS1-214ENST00000446877 560 ntTSL 420.05■□□□□ 0.87e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PMS1-211ENST00000424766 831 ntTSL 319.08■□□□□ 0.647e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.57e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 TSC2-225ENST00000569110 1687 ntTSL 516.3■□□□□ 0.27e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PSMD2-202ENST00000417952 721 ntTSL 315.92■□□□□ 0.147e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 NUP160-201ENST00000378460 5376 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.017e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 RECQL4-201ENST00000301323 781 ntTSL 314.39□□□□□ -0.117e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PSMD2-205ENST00000435761 2574 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.187e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYL6B-202ENST00000548548 887 ntTSL 213.28□□□□□ -0.287e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 CCNT2-210ENST00000475094 606 ntTSL 212.16□□□□□ -0.467e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 SUPT5H-216ENST00000599335 3796 ntTSL 212.1□□□□□ -0.477e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 SAR1A-203ENST00000373239 468 ntTSL 312.01□□□□□ -0.497e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PSMD2-206ENST00000439383 2633 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.547e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 CCNT2-203ENST00000417175 811 ntTSL 311.39□□□□□ -0.597e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYL6B-204ENST00000549178 971 ntTSL 510.96□□□□□ -0.657e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYL6B-211ENST00000553066 1305 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.76□□□□□ -0.697e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYL6B-208ENST00000550550 322 ntTSL 210.7□□□□□ -0.77e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 NUP160-211ENST00000532773 593 ntTSL 510.46□□□□□ -0.737e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYL6B-207ENST00000550443 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.787e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYL6B-210ENST00000552568 703 ntTSL 5 BASIC10.15□□□□□ -0.787e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 RECQL4-203ENST00000529424 324 ntTSL 29.96□□□□□ -0.827e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 TRMT2A-213ENST00000480339 762 ntTSL 29.78□□□□□ -0.847e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PSMD2-214ENST00000485937 603 ntTSL 29.73□□□□□ -0.857e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 AP003716.1-203ENST00000533670 613 ntTSL 3 BASIC9.51□□□□□ -0.897e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 RPL19-203ENST00000577759 564 nt8.85□□□□□ -0.997e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PSMD2-207ENST00000445558 825 ntTSL 58.73□□□□□ -1.017e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 GNAS-231ENST00000475610 493 ntTSL 1 (best)8.27□□□□□ -1.097e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 RPL19-202ENST00000577741 1303 ntTSL 28.07□□□□□ -1.127e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PSMD2-217ENST00000491149 895 ntTSL 28.04□□□□□ -1.127e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 DDX39B-218ENST00000478365 439 ntTSL 27.04□□□□□ -1.287e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 NUP160-209ENST00000530326 4811 ntAPPRIS ALT2 TSL 56.41□□□□□ -1.387e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 SAR1A-208ENST00000477464 529 ntTSL 25.6□□□□□ -1.517e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PMS1-207ENST00000420421 331 ntTSL 34.91□□□□□ -1.627e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PMS1-202ENST00000374826 948 ntTSL 1 (best) BASIC4.61□□□□□ -1.677e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PMS1-216ENST00000447734 570 ntTSL 54.19□□□□□ -1.747e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 RNU6-46P-201ENST00000383860 107 ntBASIC-0.16□□□□□ -2.447e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 KDM3A-213ENST00000488971 975 ntTSL 34.43□□□□□ -1.72e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 COL27A1-207ENST00000494090 5329 ntTSL 1 (best)20.87■□□□□ 0.932e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.712e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 SORBS3-217ENST00000523402 889 ntTSL 313.75□□□□□ -0.216e-13■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 ATG4B-216ENST00000475195 762 ntTSL 214.72□□□□□ -0.054e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 ATG4B-218ENST00000479554 556 ntTSL 413.03□□□□□ -0.324e-8■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PHRF1-204ENST00000532550 748 ntTSL 315.14■□□□□ 0.012e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 FLNA-217ENST00000498411 368 ntTSL 314.87□□□□□ -0.032e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 CARD10-210ENST00000494166 560 ntTSL 518.77■□□□□ 0.62e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.437e-27■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 ASMTL-AS1-204ENST00000443929 574 ntTSL 214.71□□□□□ -0.057e-27■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 ASMTL-AS1-202ENST00000420411 697 ntTSL 1 (best)10.45□□□□□ -0.747e-27■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.664e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.624e-7■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 GOLGA2-203ENST00000458730 704 ntTSL 516.82■□□□□ 0.282e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 GOLGA2-202ENST00000450617 1439 ntTSL 513.5□□□□□ -0.252e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYO19-204ENST00000610992 5743 ntTSL 215.45■□□□□ 0.061e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYO19-203ENST00000610930 3271 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.211e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYO19-226ENST00000621550 4299 ntTSL 513.03□□□□□ -0.321e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 MYO19-213ENST00000614623 4054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13□□□□□ -0.331e-6■■■■□ 25.4
SF3A3Q12874 PCBP2-217ENST00000550520 753 ntTSL 39.96□□□□□ -0.821e-9■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 PCBP2-221ENST00000551104 681 ntTSL 37.58□□□□□ -1.21e-9■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 PFKL-207ENST00000474114 6007 ntTSL 1 (best)20.45■□□□□ 0.866e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 DUS1L-204ENST00000542088 1040 ntTSL 315.14■□□□□ 0.017e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 DUS1L-212ENST00000579854 657 ntTSL 212.53□□□□□ -0.47e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 CPSF4-212ENST00000482251 574 ntTSL 29.2□□□□□ -0.946e-9■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SPAG4-204ENST00000462896 368 ntTSL 39.02□□□□□ -0.975e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 CPSF4-211ENST00000471455 569 ntTSL 57.43□□□□□ -1.226e-9■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SUGP1-211ENST00000590439 764 ntTSL 515.79■□□□□ 0.122e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SUGP1-202ENST00000535070 1094 ntTSL 214.79□□□□□ -0.042e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SUGP1-215ENST00000606725 728 ntTSL 314.76□□□□□ -0.052e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SUGP1-207ENST00000587716 559 ntTSL 414.33□□□□□ -0.122e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SUGP1-213ENST00000591350 601 ntTSL 49.2□□□□□ -0.942e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 ATXN2L-226ENST00000570284 701 ntTSL 514.89□□□□□ -0.035e-29■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 UNK-205ENST00000589666 3925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.011e-7■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 PCNT-205ENST00000480896 10485 ntTSL 1 (best)11.96□□□□□ -0.492e-6■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 PCNT-201ENST00000359568 10560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.532e-6■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SLC2A4RG-208ENST00000496425 502 ntTSL 215.06■□□□□ 02e-11■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 COQ8A-207ENST00000485462 2141 ntTSL 1 (best)16.67■□□□□ 0.266e-9■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 RHOT2-221ENST00000569358 1273 ntTSL 517.44■□□□□ 0.381e-6■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SF3B3-206ENST00000565990 967 ntTSL 212.08□□□□□ -0.482e-9■■■■□ 25.3
SF3A3Q12874 SMPD4-211ENST00000449159 635 ntTSL 59.88□□□□□ -0.832e-9■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 NARFL-205ENST00000562862 1659 ntTSL 1 (best)20.04■□□□□ 0.83e-8■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 MYO18A-207ENST00000530254 6479 ntTSL 1 (best)14.58□□□□□ -0.088e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 MYO18A-223ENST00000628822 7501 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.448e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 MYO18A-209ENST00000531253 7504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.448e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 MYO18A-214ENST00000533112 7522 ntTSL 1 (best) BASIC12.13□□□□□ -0.478e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 MYO18A-202ENST00000527372 9992 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.578e-7■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 RPS21-203ENST00000370592 401 ntTSL 210.88□□□□□ -0.679e-9■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 MOV10-215ENST00000494319 720 ntTSL 210.07□□□□□ -0.81e-8■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ENOSF1-216ENST00000583973 2057 ntTSL 510.9□□□□□ -0.661e-8■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ENOSF1-214ENST00000582745 1096 ntTSL 26.52□□□□□ -1.371e-8■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 PDXK-208ENST00000461123 637 ntTSL 313.96□□□□□ -0.172e-9■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 EIF4G2-201ENST00000339995 3978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.68□□□□□ -0.75e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 EIF4G2-225ENST00000532383 6769 ntTSL 1 (best)10.59□□□□□ -0.715e-6■■■■□ 25.2
SF3A3Q12874 ENO2-204ENST00000535275 724 ntTSL 39.57□□□□□ -0.884e-7■■■■□ 25.2
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