Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CHMP3Q9Y3E7 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
CHMP3Q9Y3E7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC32.01■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC31.98■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC31.97■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CHMP3Q9Y3E7 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC31.94■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP3Q9Y3E7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP3Q9Y3E7 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC31.83■■■□□ 2.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms