Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQQ7

RTP3, Receptor-transporting protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTP3Q9BQQ7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
RTP3Q9BQQ7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
RTP3Q9BQQ7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
RTP3Q9BQQ7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.26■■□□□ 1.96
RTP3Q9BQQ7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RTP3Q9BQQ7 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8 ms