Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP28Q96RU2 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.26■■■□□ 2.28
USP28Q96RU2 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP28Q96RU2 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms