Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ZNF540Q8NDQ6 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
ZNF540Q8NDQ6 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
ZNF540Q8NDQ6 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
ZNF540Q8NDQ6 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms