Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 VARS-226ENST00000483275 450 ntTSL 311.71□□□□□ -0.532e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-207ENST00000588542 1297 ntTSL 318.46■□□□□ 0.554e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-209ENST00000589318 1903 ntTSL 1 (best)15.56■□□□□ 0.084e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-208ENST00000588692 1478 ntTSL 512.62□□□□□ -0.394e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-202ENST00000324340 1355 ntTSL 1 (best)12.5□□□□□ -0.414e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-201ENST00000242776 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.42□□□□□ -0.424e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-213ENST00000590315 566 ntTSL 512.09□□□□□ -0.474e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 SEMA4G-210ENST00000519756 728 ntTSL 511.03□□□□□ -0.647e-9■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-210ENST00000589675 829 ntTSL 39.47□□□□□ -0.894e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DDX39A-203ENST00000454233 922 ntTSL 3 BASIC9.35□□□□□ -0.914e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.781e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.951e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.491e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 FBXW5-206ENST00000483559 2392 ntTSL 228.53■■■□□ 2.162e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 FBXW5-204ENST00000459905 2339 ntTSL 226.81■■□□□ 1.882e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.422e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 FBXW5-205ENST00000480818 1442 ntTSL 516.14■□□□□ 0.172e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 METTL22-201ENST00000163678 1510 ntTSL 1 (best)18.13■□□□□ 0.494e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 METTL22-216ENST00000568967 1672 ntTSL 216.96■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 METTL22-203ENST00000561758 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.444e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 METTL22-202ENST00000381920 4984 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.594e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC21.4■■□□□ 1.022e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 AFG3L1P-211ENST00000436447 3003 ntTSL 520.59■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 AFG3L1P-215ENST00000457926 2919 ntTSL 220.33■□□□□ 0.852e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 AFG3L1P-212ENST00000437774 3134 ntTSL 214.83□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 AFG3L1P-202ENST00000388970 1466 ntTSL 1 (best)12.67□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 CDK18-209ENST00000478560 782 ntTSL 517.69■□□□□ 0.421e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 CDK18-202ENST00000419301 949 ntTSL 514.16□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 HGS-206ENST00000571647 2401 nt16.74■□□□□ 0.279e-15■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 HGS-211ENST00000573949 461 ntTSL 512.43□□□□□ -0.429e-15■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.271e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 SUN2-201ENST00000405018 4022 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.071e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 SUN2-202ENST00000405510 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.211e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.371e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.021e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.81e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PTOV1-209ENST00000597793 1716 ntTSL 1 (best)19.11■□□□□ 0.651e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.041e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PTOV1-210ENST00000598325 1438 ntTSL 514.75□□□□□ -0.051e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.211e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PTOV1-218ENST00000601612 1480 ntTSL 212.99□□□□□ -0.331e-12■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.931e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.71e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 E4F1-209ENST00000569796 5931 ntTSL 218.66■□□□□ 0.583e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 GK-211ENST00000487652 565 ntTSL 413.27□□□□□ -0.296e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.326e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 GK-208ENST00000471362 420 ntTSL 310.18□□□□□ -0.786e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 GK-209ENST00000479048 582 ntTSL 46.89□□□□□ -1.316e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.493e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 REEP4-204ENST00000519074 1212 ntTSL 216.62■□□□□ 0.253e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 REEP4-203ENST00000518664 996 ntTSL 216.62■□□□□ 0.253e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.143e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC13.83□□□□□ -0.23e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 SLC12A4-215ENST00000575857 588 ntTSL 39.97□□□□□ -0.814e-8■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 CCNL2-210ENST00000473872 557 ntTSL 211.05□□□□□ -0.643e-13■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 PFKL-210ENST00000496824 1063 ntTSL 516.57■□□□□ 0.246e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-201ENST00000323926 8708 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.322e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-202ENST00000336916 8435 ntTSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.372e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-206ENST00000359671 8524 ntTSL 5 BASIC12.53□□□□□ -0.42e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-212ENST00000446046 7952 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.442e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-203ENST00000354785 8905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.492e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-211ENST00000443816 7762 ntTSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.52e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-204ENST00000356005 7846 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.532e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-207ENST00000421182 8103 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.552e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-205ENST00000357867 7898 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.552e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 FN1-209ENST00000432072 7759 ntTSL 1 (best) BASIC10.6□□□□□ -0.712e-10■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 SH3TC1-210ENST00000506360 5829 ntTSL 217.88■□□□□ 0.452e-6■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 SH3TC1-206ENST00000502669 3484 ntTSL 1 (best)16.36■□□□□ 0.212e-6■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 SH3TC1-225ENST00000515682 4293 ntTSL 215.25■□□□□ 0.032e-6■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 SH3TC1-201ENST00000245105 4226 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.032e-6■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 CYBA-202ENST00000561972 464 ntTSL 314.62□□□□□ -0.075e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 KIZ-204ENST00000451772 536 ntTSL 38.45□□□□□ -1.061e-6■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 KIZ-201ENST00000419359 517 ntTSL 23.98□□□□□ -1.771e-6■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 UNC13D-205ENST00000586147 589 ntTSL 512.37□□□□□ -0.433e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 ENO1-206ENST00000497492 647 ntTSL 211.04□□□□□ -0.642e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.645e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.45e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 HSF1-210ENST00000532338 3451 ntTSL 214.64□□□□□ -0.075e-7■■■■□ 26.7
SF3A3Q12874 ZNF207-205ENST00000394679 847 ntTSL 33.99□□□□□ -1.779e-8■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 FUS-205ENST00000487045 952 ntTSL 211.08□□□□□ -0.642e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 COPE-208ENST00000598969 1770 ntTSL 520.45■□□□□ 0.861e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 COPE-204ENST00000593827 601 ntTSL 317.71■□□□□ 0.431e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.241e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.241e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.191e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC12.38□□□□□ -0.431e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 VEGFA-211ENST00000476772 1683 ntTSL 1 (best)28.4■■■□□ 2.141e-11■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 VEGFA-217ENST00000518538 535 ntTSL 219.99■□□□□ 0.791e-11■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 TRABD-205ENST00000463233 2404 ntTSL 1 (best)21.35■■□□□ 1.011e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.81e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.791e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.731e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.491e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 EHMT1-224ENST00000630754 709 ntTSL 315.76■□□□□ 0.114e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 EHMT1-202ENST00000460486 818 ntTSL 515.68■□□□□ 0.14e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 EHMT1-220ENST00000626216 558 ntTSL 312.49□□□□□ -0.414e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 FTSJ3-213ENST00000583901 867 ntTSL 210.48□□□□□ -0.734e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 EHMT1-215ENST00000492232 710 ntTSL 310.42□□□□□ -0.744e-6■■■■□ 26.6
SF3A3Q12874 EHMT1-222ENST00000629417 882 ntTSL 39.8□□□□□ -0.844e-6■■■■□ 26.6
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 220.7 ms