Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC112Q8NEF3 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC112Q8NEF3 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms