Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms