Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
SCN1BQ07699 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SCN1BQ07699 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms