Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
TRIM35Q9UPQ4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
TRIM35Q9UPQ4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
TRIM35Q9UPQ4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
TRIM35Q9UPQ4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
TRIM35Q9UPQ4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC34.11■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC34.11■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
TRIM35Q9UPQ4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC34.07■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC34.04■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
TRIM35Q9UPQ4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC33.95■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.95■■■■□ 3.03
TRIM35Q9UPQ4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC33.94■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC33.93■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC33.9■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TRIM35Q9UPQ4 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
TRIM35Q9UPQ4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC33.82■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC33.82■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.81■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.81■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.81■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC33.78■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
TRIM35Q9UPQ4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms