Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS41P49754 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
VPS41P49754 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS41P49754 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS41P49754 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS41P49754 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS41P49754 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS41P49754 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS41P49754 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS41P49754 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS41P49754 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS41P49754 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS41P49754 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS41P49754 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS41P49754 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS41P49754 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS41P49754 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS41P49754 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS41P49754 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS41P49754 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
VPS41P49754 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
VPS41P49754 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS41P49754 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS41P49754 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS41P49754 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS41P49754 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS41P49754 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS41P49754 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS41P49754 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS41P49754 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS41P49754 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS41P49754 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS41P49754 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS41P49754 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS41P49754 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS41P49754 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS41P49754 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS41P49754 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS41P49754 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS41P49754 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS41P49754 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS41P49754 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS41P49754 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS41P49754 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS41P49754 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS41P49754 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS41P49754 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS41P49754 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS41P49754 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS41P49754 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS41P49754 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS41P49754 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS41P49754 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS41P49754 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS41P49754 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS41P49754 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS41P49754 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS41P49754 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS41P49754 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS41P49754 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS41P49754 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS41P49754 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS41P49754 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS41P49754 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS41P49754 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS41P49754 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS41P49754 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS41P49754 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS41P49754 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS41P49754 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS41P49754 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS41P49754 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS41P49754 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS41P49754 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS41P49754 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS41P49754 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS41P49754 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS41P49754 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS41P49754 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS41P49754 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS41P49754 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS41P49754 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS41P49754 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS41P49754 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS41P49754 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS41P49754 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS41P49754 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS41P49754 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS41P49754 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS41P49754 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS41P49754 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS41P49754 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS41P49754 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms