Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSH2P43246 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MSH2P43246 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
MSH2P43246 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
MSH2P43246 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
MSH2P43246 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
MSH2P43246 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
MSH2P43246 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
MSH2P43246 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
MSH2P43246 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
MSH2P43246 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH2P43246 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH2P43246 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH2P43246 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH2P43246 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH2P43246 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MSH2P43246 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH2P43246 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH2P43246 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH2P43246 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH2P43246 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
MSH2P43246 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
MSH2P43246 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
MSH2P43246 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
MSH2P43246 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
MSH2P43246 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
MSH2P43246 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
MSH2P43246 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
MSH2P43246 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
MSH2P43246 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH2P43246 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH2P43246 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH2P43246 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH2P43246 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
MSH2P43246 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.76
MSH2P43246 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH2P43246 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH2P43246 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH2P43246 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
MSH2P43246 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH2P43246 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH2P43246 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH2P43246 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH2P43246 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
MSH2P43246 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
MSH2P43246 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
MSH2P43246 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
MSH2P43246 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
MSH2P43246 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
MSH2P43246 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
MSH2P43246 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH2P43246 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
MSH2P43246 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
MSH2P43246 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26■■□□□ 1.75
MSH2P43246 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
MSH2P43246 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
MSH2P43246 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH2P43246 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH2P43246 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH2P43246 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH2P43246 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH2P43246 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH2P43246 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH2P43246 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH2P43246 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH2P43246 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
MSH2P43246 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
MSH2P43246 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
MSH2P43246 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
MSH2P43246 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
MSH2P43246 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
MSH2P43246 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH2P43246 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH2P43246 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH2P43246 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH2P43246 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH2P43246 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH2P43246 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH2P43246 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
MSH2P43246 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
MSH2P43246 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
MSH2P43246 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
MSH2P43246 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
MSH2P43246 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSH2P43246 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSH2P43246 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSH2P43246 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSH2P43246 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSH2P43246 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH2P43246 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH2P43246 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH2P43246 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 126.7 ms