Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
HOXC4P09017 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC4P09017 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC4P09017 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXC4P09017 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXC4P09017 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms