Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TNFP01375 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFP01375 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFP01375 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFP01375 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFP01375 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TNFP01375 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TNFP01375 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TNFP01375 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TNFP01375 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TNFP01375 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TNFP01375 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TNFP01375 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TNFP01375 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TNFP01375 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TNFP01375 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TNFP01375 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TNFP01375 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TNFP01375 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFP01375 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFP01375 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFP01375 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFP01375 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TNFP01375 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
TNFP01375 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TNFP01375 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TNFP01375 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TNFP01375 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TNFP01375 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TNFP01375 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFP01375 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFP01375 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFP01375 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TNFP01375 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TNFP01375 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TNFP01375 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TNFP01375 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TNFP01375 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TNFP01375 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TNFP01375 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TNFP01375 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TNFP01375 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TNFP01375 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TNFP01375 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TNFP01375 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFP01375 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFP01375 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TNFP01375 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFP01375 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFP01375 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFP01375 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFP01375 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFP01375 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TNFP01375 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFP01375 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFP01375 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TNFP01375 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TNFP01375 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TNFP01375 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFP01375 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFP01375 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFP01375 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFP01375 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TNFP01375 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TNFP01375 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TNFP01375 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TNFP01375 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TNFP01375 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFP01375 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFP01375 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFP01375 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TNFP01375 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TNFP01375 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFP01375 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFP01375 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TNFP01375 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TNFP01375 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFP01375 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFP01375 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TNFP01375 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TNFP01375 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TNFP01375 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TNFP01375 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TNFP01375 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TNFP01375 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TNFP01375 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TNFP01375 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TNFP01375 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TNFP01375 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TNFP01375 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms