Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms