RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000598808.5

IRF3-221, Transcript of interferon regulatory factor 3, human

TSL 5 BASIC

Gene IRF3, Length 1,468 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
IRF3-221	ENST00000598808	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		48.05	■■■■■ 5.28
IRF3-221	ENST00000598808	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		42.61	■■■■■ 4.41
IRF3-221	ENST00000598808	ABCC9	O60706	1549 aa		41.74	■■■■■ 4.27
IRF3-221	ENST00000598808	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		40.26	■■■■■ 4.03
IRF3-221	ENST00000598808	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	40.1	■■■■■ 4.01
IRF3-221	ENST00000598808	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		40.01	■■■■□ 3.99
IRF3-221	ENST00000598808	NACAD	O15069	1562 aa		39.98	■■■■□ 3.99
IRF3-221	ENST00000598808	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		39.72	■■■■□ 3.95
IRF3-221	ENST00000598808	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		39.68	■■■■□ 3.94
IRF3-221	ENST00000598808	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		39.2	■■■■□ 3.87
IRF3-221	ENST00000598808	SCRIB	Q14160	1630 aa		39.05	■■■■□ 3.84
IRF3-221	ENST00000598808	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	38.92	■■■■□ 3.82	2e-7	■■■■□ 22.6
IRF3-221	ENST00000598808	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		38.9	■■■■□ 3.82
IRF3-221	ENST00000598808	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		38.57	■■■■□ 3.76
IRF3-221	ENST00000598808	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		38.38	■■■■□ 3.74
IRF3-221	ENST00000598808	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	37.85	■■■■□ 3.65
IRF3-221	ENST00000598808	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		37.76	■■■■□ 3.64
IRF3-221	ENST00000598808	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		37.51	■■■■□ 3.6
IRF3-221	ENST00000598808	SMARCA4	P51532	1647 aa		37.28	■■■■□ 3.56
IRF3-221	ENST00000598808	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	37.26	■■■■□ 3.56
IRF3-221	ENST00000598808	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		37.07	■■■■□ 3.53
IRF3-221	ENST00000598808	SMARCA2	P51531	1590 aa		36.96	■■■■□ 3.51
IRF3-221	ENST00000598808	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		36.96	■■■■□ 3.51
IRF3-221	ENST00000598808	NCAPD3	P42695	1498 aa		36.83	■■■■□ 3.49
IRF3-221	ENST00000598808	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		36.79	■■■■□ 3.48
IRF3-221	ENST00000598808	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	36.75	■■■■□ 3.47
IRF3-221	ENST00000598808	WIZ	O95785	1651 aa		36.74	■■■■□ 3.47
IRF3-221	ENST00000598808	HMGXB3	Q12766	1538 aa		36.73	■■■■□ 3.47
IRF3-221	ENST00000598808	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	36.72	■■■■□ 3.47
IRF3-221	ENST00000598808	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	36.34	■■■■□ 3.41
IRF3-221	ENST00000598808	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	36.2	■■■■□ 3.39
IRF3-221	ENST00000598808	NES	P48681	1621 aa		36.07	■■■■□ 3.36
IRF3-221	ENST00000598808	ERCC6	Q03468	1493 aa		35.94	■■■■□ 3.34
IRF3-221	ENST00000598808	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		35.9	■■■■□ 3.34
IRF3-221	ENST00000598808	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		35.89	■■■■□ 3.34
IRF3-221	ENST00000598808	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		35.83	■■■■□ 3.33
IRF3-221	ENST00000598808	CUX2	O14529	1486 aa		35.69	■■■■□ 3.3
IRF3-221	ENST00000598808	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		35.66	■■■■□ 3.3
IRF3-221	ENST00000598808	CFTR	P13569	1480 aa		35.66	■■■■□ 3.3
IRF3-221	ENST00000598808	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		35.66	■■■■□ 3.3
IRF3-221	ENST00000598808	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	35.61	■■■■□ 3.29
IRF3-221	ENST00000598808	PRDM2	Q13029	1718 aa		35.5	■■■■□ 3.27
IRF3-221	ENST00000598808	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		35.48	■■■■□ 3.27
IRF3-221	ENST00000598808	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		35.43	■■■■□ 3.26
IRF3-221	ENST00000598808	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		35.32	■■■■□ 3.24
IRF3-221	ENST00000598808	WDR62	O43379	1518 aa		35.25	■■■■□ 3.23
IRF3-221	ENST00000598808	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	35.08	■■■■□ 3.21
IRF3-221	ENST00000598808	TOPBP1	Q92547	1522 aa		34.93	■■■■□ 3.18
IRF3-221	ENST00000598808	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		34.92	■■■■□ 3.18
IRF3-221	ENST00000598808	ABCC8	Q09428	1581 aa		34.9	■■■■□ 3.18
IRF3-221	ENST00000598808	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		34.87	■■■■□ 3.17
IRF3-221	ENST00000598808	CUX1	P39880	1505 aa		34.78	■■■■□ 3.16
IRF3-221	ENST00000598808	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	34.68	■■■■□ 3.14
IRF3-221	ENST00000598808	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	34.65	■■■■□ 3.14
IRF3-221	ENST00000598808	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		34.64	■■■■□ 3.14
IRF3-221	ENST00000598808	IFT140	Q96RY7	1462 aa		34.63	■■■■□ 3.13
IRF3-221	ENST00000598808	SYNJ1	O43426	1573 aa		34.59	■■■■□ 3.13
IRF3-221	ENST00000598808	TOP2B	Q02880	1626 aa		34.54	■■■■□ 3.12
IRF3-221	ENST00000598808	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		34.54	■■■■□ 3.12
IRF3-221	ENST00000598808	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		34.54	■■■■□ 3.12
IRF3-221	ENST00000598808	SOGA1	O94964	1423 aa		34.53	■■■■□ 3.12
IRF3-221	ENST00000598808	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	34.49	■■■■□ 3.11
IRF3-221	ENST00000598808	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	34.49	■■■■□ 3.11
IRF3-221	ENST00000598808	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	34.39	■■■■□ 3.1
IRF3-221	ENST00000598808	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	34.32	■■■■□ 3.08	2e-7	■■■■■ 27
IRF3-221	ENST00000598808	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	34.31	■■■■□ 3.08
IRF3-221	ENST00000598808	WDR97	A6NE52	1622 aa		34.3	■■■■□ 3.08
IRF3-221	ENST00000598808	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		34.26	■■■■□ 3.07
IRF3-221	ENST00000598808	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		34.14	■■■■□ 3.06
IRF3-221	ENST00000598808	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		34.13	■■■■□ 3.05
IRF3-221	ENST00000598808	TRIM41	Q8WV44	630 aa		34.13	■■■■□ 3.05
IRF3-221	ENST00000598808	PBRM1	Q86U86	1689 aa		34.1	■■■■□ 3.05
IRF3-221	ENST00000598808	GRIN2B	Q13224	1484 aa		34.09	■■■■□ 3.05
IRF3-221	ENST00000598808	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		34.08	■■■■□ 3.05
IRF3-221	ENST00000598808	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		34.05	■■■■□ 3.04
IRF3-221	ENST00000598808	FBLN2	P98095	1184 aa		33.98	■■■■□ 3.03
IRF3-221	ENST00000598808	CHD1	O14646	1710 aa		33.97	■■■■□ 3.03
IRF3-221	ENST00000598808	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	33.95	■■■■□ 3.02
IRF3-221	ENST00000598808	KIF27	Q86VH2	1401 aa		33.94	■■■■□ 3.02
IRF3-221	ENST00000598808	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		33.86	■■■■□ 3.01
IRF3-221	ENST00000598808	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	33.85	■■■■□ 3.01
IRF3-221	ENST00000598808	ADAMTS12	P58397	1594 aa		33.82	■■■■□ 3
IRF3-221	ENST00000598808	SYNJ2	O15056	1496 aa		33.82	■■■■□ 3
IRF3-221	ENST00000598808	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		33.82	■■■■□ 3
IRF3-221	ENST00000598808	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		33.73	■■■□□ 2.99
IRF3-221	ENST00000598808	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		33.71	■■■□□ 2.99
IRF3-221	ENST00000598808	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		33.69	■■■□□ 2.98
IRF3-221	ENST00000598808	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		33.69	■■■□□ 2.98
IRF3-221	ENST00000598808	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		33.69	■■■□□ 2.98
IRF3-221	ENST00000598808	IGF1R	P08069	1367 aa		33.68	■■■□□ 2.98
IRF3-221	ENST00000598808	CUL7	Q14999	1698 aa		33.67	■■■□□ 2.98
IRF3-221	ENST00000598808	GRIN2A	Q12879	1464 aa		33.65	■■■□□ 2.98
IRF3-221	ENST00000598808	ARHGEF11	O15085	1522 aa		33.63	■■■□□ 2.97
IRF3-221	ENST00000598808	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		33.61	■■■□□ 2.97
IRF3-221	ENST00000598808	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		33.55	■■■□□ 2.96
IRF3-221	ENST00000598808	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	33.51	■■■□□ 2.96
IRF3-221	ENST00000598808	CEP170	Q5SW79	1584 aa		33.48	■■■□□ 2.95
IRF3-221	ENST00000598808	EEA1	Q15075	1411 aa		33.43	■■■□□ 2.94
IRF3-221	ENST00000598808	NUP160	Q12769	1436 aa		33.43	■■■□□ 2.94
IRF3-221	ENST00000598808	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		33.39	■■■□□ 2.94

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