Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBK2

PPARGC1A, Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 798 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PPARGC1AQ9UBK2 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
PPARGC1AQ9UBK2 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
PPARGC1AQ9UBK2 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PPARGC1AQ9UBK2 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PPARGC1AQ9UBK2 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
PPARGC1AQ9UBK2 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
PPARGC1AQ9UBK2 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms