Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SCN2AQ99250 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN2AQ99250 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN2AQ99250 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN2AQ99250 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms