Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC42Q96M95 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC42Q96M95 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC42Q96M95 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC42Q96M95 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC42Q96M95 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC42Q96M95 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms